More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1234 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1234  peptidase S41  100 
 
 		 1104 aa  2267    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00254816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1309  peptidase S41  70.56 
 
 		 1094 aa  1624    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00413627  normal  0.677768 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3411  protease, putative  70.2 
 
 		 1094 aa  1619    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2731  peptidase S41  71.17 
 
 		 1094 aa  1640    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1339  peptidase S41  72.69 
 
 		 1094 aa  1686    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0115783  normal  0.655881 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3315  peptidase S41  72.19 
 
 		 1097 aa  1665    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000987383 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1215  peptidase S41  70.81 
 
 		 1092 aa  1643    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000736755  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1232  peptidase S41  70.38 
 
 		 1094 aa  1618    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000524055  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1276  peptidase S41  70.29 
 
 		 1094 aa  1616    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000396794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1143  peptidase S41  70.47 
 
 		 1093 aa  1618    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1214  peptidase S41  70.56 
 
 		 1093 aa  1621    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.126026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1080  peptidase S41  66.67 
 
 		 1094 aa  1520    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000759167  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1144  peptidase S41  70.56 
 
 		 1093 aa  1623    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00183878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3081  peptidase S41  70.38 
 
 		 1094 aa  1620    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00024555  hitchhiker  0.00566406 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2415  protease, putative  65.49 
 
 		 1084 aa  1475    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.779539  normal  0.819629 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  30.55 
 
 		 1167 aa  446  1.0000000000000001e-124  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4060  hypothetical protein  30.7 
 
 		 1059 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00663013  normal  0.0372283 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1092  peptidase S41  29.5 
 
 		 1104 aa  416  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.588085  normal  0.0332466 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4892  peptidase S41  30.23 
 
 		 1089 aa  417  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2799  peptidase S41  29.2 
 
 		 1117 aa  418  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.38727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3891  peptidase S41  29.79 
 
 		 1079 aa  412  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0939708  hitchhiker  0.00000524124 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0926  peptidase S41  27.11 
 
 		 1075 aa  382  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0480  peptidase S41  29.73 
 
 		 1016 aa  373  1e-101  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.359611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1766  peptidase S41  27.5 
 
 		 1065 aa  359  9.999999999999999e-98  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0668  peptidase S41  27.4 
 
 		 1069 aa  342  2.9999999999999998e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1676  hypothetical protein  29.22 
 
 		 1051 aa  337  1e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.665877 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7083  peptidase S41  27.84 
 
 		 1147 aa  335  4e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.194144  normal  0.204696 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7084  peptidase S41  26.92 
 
 		 1107 aa  307  6e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.974034  normal  0.25867 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2811  peptidase S41  27.5 
 
 		 1008 aa  297  9e-79  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.16663  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1602  peptidase S41  30.62 
 
 		 1181 aa  290  1e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000100901 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1608  peptidase S41  30.9 
 
 		 1183 aa  282  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766197  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  25.29 
 
 		 1082 aa  255  4.0000000000000004e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  25.25 
 
 		 1090 aa  253  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  25.93 
 
 		 1067 aa  251  4e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46562  predicted protein  33.15 
 
 		 1545 aa  240  9e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.252798  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46565  predicted protein  32.61 
 
 		 1545 aa  239  2e-61  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.400003  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  24.04 
 
 		 1097 aa  233  1e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  25.68 
 
 		 1125 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30960  Tol biopolymer transport system, periplasmic component-related protein  30.53 
 
 		 1186 aa  214  5.999999999999999e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0089  tricorn protease  25.04 
 
 		 1084 aa  192  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000582269  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_26649  predicted protein  40.95 
 
 		 1484 aa  169  2.9999999999999998e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0147  peptidase S41  25.25 
 
 		 1193 aa  162  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2750  peptidase S41  22.07 
 
 		 1076 aa  155  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.956539  normal  0.394913 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33125  predicted protein  23.94 
 
 		 1354 aa  141  7.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.517999  normal  0.0400566 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0104  peptidase S41  26.2 
 
 		 389 aa  86.3  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2857  peptidase S41  24.7 
 
 		 482 aa  82.4  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1579  peptidase S41  22.27 
 
 		 427 aa  81.3  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603016 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0002  peptidase S41  25.12 
 
 		 465 aa  80.5  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.220655  hitchhiker  0.000027007 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0814  peptidase S41  24.05 
 
 		 425 aa  79.7  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.411583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4807  peptidase S41  23.72 
 
 		 428 aa  79.3  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1251  peptidase S41  23.82 
 
 		 483 aa  79  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.320034 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1119  peptidase S41  23.59 
 
 		 432 aa  75.1  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3957  peptidase S41  24.87 
 
 		 457 aa  74.3  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.604883  normal  0.196815 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4518  C-terminal processing peptidase-2  24.16 
 
 		 430 aa  72  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  23.02 
 
 		 1062 aa  72  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0298  carboxyl-terminal protease  27.99 
 
 		 428 aa  70.5  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.201307  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5025  carboxyl-terminal protease  23.97 
 
 		 429 aa  69.3  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.849578 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2904  carboxyl-terminal protease  26.71 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0010841  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2340  carboxyl-terminal protease  26.85 
 
 		 472 aa  68.6  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000278022  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0346  carboxyl-terminal protease  25 
 
 		 377 aa  67.4  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000371247  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0266  carboxyl-terminal protease  26.35 
 
 		 401 aa  66.2  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000503976  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03481  carboxyl-terminal protease  25.07 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3650  carboxyl-terminal protease  24.88 
 
 		 426 aa  65.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000241587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  27.49 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  24.77 
 
 		 969 aa  64.3  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  33.04 
 
 		 441 aa  64.3  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0293  carboxyl-terminal protease  27.65 
 
 		 428 aa  64.3  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0636563  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16350  carboxyl-terminal protease  26.3 
 
 		 379 aa  64.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000563274  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  21.72 
 
 		 1071 aa  62.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1489  carboxyl-terminal protease  27.38 
 
 		 489 aa  63.2  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  25.24 
 
 		 590 aa  62.8  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  32.47 
 
 		 440 aa  62.4  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0677  carboxyl-terminal protease  25.14 
 
 		 444 aa  62.4  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.994343  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4927  peptidase S41  27.99 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.966695 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1268  carboxyl-terminal protease  25.09 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  20.39 
 
 		 1069 aa  62  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  24.86 
 
 		 1042 aa  62  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0432  C-terminal processing peptidase-2  23.1 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0116039  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  24.07 
 
 		 1138 aa  61.6  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  35.79 
 
 		 434 aa  61.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6131  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  29.47 
 
 		 667 aa  61.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  31.19 
 
 		 446 aa  60.1  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  29.91 
 
 		 416 aa  60.1  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1138  C-terminal processing peptidase-2  22.95 
 
 		 412 aa  60.1  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00750441 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  25.1 
 
 		 1040 aa  59.3  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  34.74 
 
 		 434 aa  59.7  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03501  carboxyl-terminal protease  24.19 
 
 		 428 aa  60.1  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07321  carboxyl-terminal processing protease  23.58 
 
 		 444 aa  59.3  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.587372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  34.74 
 
 		 434 aa  59.3  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1798  carboxyl-terminal protease  25.84 
 
 		 397 aa  58.9  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0364  carboxyl-terminal protease  25.74 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000110985  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0180  carboxyl-terminal protease  23.64 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.941197  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1850  peptidase S41A, C-terminal protease  24.49 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.333848  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  20.43 
 
 		 1065 aa  58.5  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  21.98 
 
 		 1111 aa  58.2  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0182  carboxyl-terminal protease  23.64 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0641627  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4255  carboxyl-terminal protease  23.21 
 
 		 430 aa  58.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4316  carboxyl-terminal protease  23.21 
 
 		 430 aa  58.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000068708  hitchhiker  0.00121166 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07301  carboxyl-terminal processing protease  23.85 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4514  carboxyl-terminal protease  23.39 
 
 		 447 aa  58.2  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000295237  normal  0.684404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>