121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0904 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0904  GPR1/FUN34/yaaH family protein  100 
 
 
188 aa  373  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0999  hypothetical protein  90.86 
 
 
203 aa  342  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1050  GPR1/FUN34/yaaH family protein  87.63 
 
 
203 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3180  GPR1/FUN34/yaaH family protein  87.23 
 
 
189 aa  332  3e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3002  GPR1/FUN34/yaaH family protein  87.23 
 
 
189 aa  331  4e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0614903  normal  0.240175 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3083  GPR1/FUN34/yaaH family protein  87.23 
 
 
189 aa  330  6e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0605595  normal  0.462598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3630  GPR1/FUN34/yaaH family protein  86.02 
 
 
209 aa  330  8e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3588  gpr1/fun34/yaaH family protein  86.7 
 
 
189 aa  328  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1108  GPR1/FUN34/yaaH family protein  85.03 
 
 
187 aa  325  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01082  hypothetical protein  86.63 
 
 
197 aa  324  4.0000000000000003e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1075  GPR1/FUN34/yaaH family protein  84.49 
 
 
187 aa  323  7e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1014  GPR1/FUN34/yaaH family protein  84.49 
 
 
187 aa  323  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.264314  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0299  hypothetical protein  86.1 
 
 
197 aa  323  1e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004328  hypothetical protein  84.49 
 
 
196 aa  321  3e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0890  GPR1/FUN34/yaaH family protein  85.48 
 
 
199 aa  321  5e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.400956  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1006  GPR1/FUN34/yaaH family protein  85.03 
 
 
187 aa  300  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0753776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3283  GPR1/FUN34/yaaH family protein  85.03 
 
 
187 aa  300  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0944573 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0695  gpr1/fun34/YaaH family protein  82.35 
 
 
200 aa  294  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2076  GPR1/FUN34/yaaH family protein  71.43 
 
 
183 aa  263  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3467  hypothetical protein  67.93 
 
 
203 aa  253  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000614268  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0798  hypothetical protein  67.93 
 
 
203 aa  253  8e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000907373  normal  0.0776345 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3595  hypothetical protein  67.93 
 
 
203 aa  253  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0906121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1320  membrane protein  67.43 
 
 
183 aa  252  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0263  GPR1/FUN34/yaaH family protein  69.23 
 
 
199 aa  248  3e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.742909  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0237  Gpr1/Fun34/YaaH family protein  68.68 
 
 
183 aa  246  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1126  GPR1/FUN34/yaaH  64.17 
 
 
203 aa  243  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3660  hypothetical protein  63.49 
 
 
191 aa  241  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.444217  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0009  hypothetical protein  63.44 
 
 
188 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207704  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0009  hypothetical protein  63.44 
 
 
188 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.436891  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0009  hypothetical protein  63.44 
 
 
188 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.350527  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0009  hypothetical protein  63.44 
 
 
188 aa  241  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.396236  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0541  hypothetical protein  64.64 
 
 
190 aa  239  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.49636  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0009  hypothetical protein  62.9 
 
 
188 aa  239  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0580  hypothetical protein  64.48 
 
 
190 aa  239  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436863  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3855  hypothetical protein  62.96 
 
 
191 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.770098  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0492  GPR1/FUN34/yaaH family protein  65.92 
 
 
197 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0524  GPR1/FUN34/yaaH family protein  68.68 
 
 
196 aa  238  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0577  hypothetical protein  63.04 
 
 
188 aa  233  9e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.825629  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00010  conserved inner membrane protein associated with acetate transport  61.41 
 
 
188 aa  230  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3586  GPR1/FUN34/yaaH family protein  61.41 
 
 
188 aa  230  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0011  hypothetical protein  61.41 
 
 
188 aa  230  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.708242  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0010  hypothetical protein  61.41 
 
 
188 aa  230  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3645  hypothetical protein  61.41 
 
 
188 aa  229  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0009  hypothetical protein  61.41 
 
 
188 aa  230  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0011  hypothetical protein  61.41 
 
 
188 aa  230  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00010  hypothetical protein  61.41 
 
 
188 aa  230  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0065  GPR1/FUN34/yaaH family protein  64.61 
 
 
196 aa  229  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0010  hypothetical protein  60.87 
 
 
188 aa  228  5e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.728204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2835  GPR1/FUN34/yaaH family protein  65.22 
 
 
193 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.244228  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0605  GPR1/FUN34/yaaH family protein  63.48 
 
 
197 aa  225  4e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0755  GPR1/FUN34/yaaH  62.22 
 
 
190 aa  213  9.999999999999999e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.830173  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0552  hypothetical protein  61.08 
 
 
194 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.85069e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0634  GPR1/FUN34/yaaH  58.82 
 
 
198 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0870411  normal  0.0467455 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0724  GPR1/FUN34/yaaH  56.91 
 
 
214 aa  211  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1357  GPR1/FUN34/yaaH family protein  63.74 
 
 
194 aa  210  9e-54  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.55658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0691  hypothetical protein  61.96 
 
 
199 aa  209  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.003925  hitchhiker  0.00210263 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0761  GPR1/FUN34/yaaH family protein  56.35 
 
 
214 aa  208  4e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.444258  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0761  GPR1/FUN34/yaaH family protein  56.35 
 
 
214 aa  208  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.954499  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1410  hypothetical protein  56.38 
 
 
204 aa  206  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3478  GPR1/FUN34/yaaH family protein  56.91 
 
 
195 aa  203  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1348  GPR1/FUN34/yaaH family protein  61.8 
 
 
197 aa  201  7e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00408603 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1327  GPR1/FUN34/yaaH family protein  60.77 
 
 
197 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.39924  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2982  GPR1/FUN34/yaaH family protein  56.28 
 
 
186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.119024  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1224  transcriptional regulator  61.67 
 
 
200 aa  192  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0364  GPR1/FUN34/yaaH family protein  54.55 
 
 
186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000485253  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2772  GPR1/FUN34/yaaH family protein  43.78 
 
 
213 aa  155  4e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.713345  normal  0.632048 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1861  hypothetical protein  45.16 
 
 
211 aa  153  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1480  permease  47.31 
 
 
189 aa  150  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5595  GPR1/FUN34/yaaH family protein  43.55 
 
 
201 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626541  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1124  GPR1/FUN34/yaaH family protein  43.26 
 
 
196 aa  149  3e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.546055 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1065  putative regulatory protein  41.99 
 
 
194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1100  GPR1/FUN34/yaaH family protein  45.81 
 
 
198 aa  133  1.9999999999999998e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.679326  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0014  GPR1/FUN34/yaaH family protein  41.11 
 
 
183 aa  121  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2192  GPR1/FUN34/yaaH family protein  39.57 
 
 
201 aa  117  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00032608 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22570  predicted membrane protein  36.81 
 
 
197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.216454  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0815  GPR1/FUN34/YaaH family protein  36.56 
 
 
205 aa  114  8.999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0228  GPR1/FUN34/yaaH family protein  38.83 
 
 
209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0029  GPR1/FUN34/yaaH family protein  40.56 
 
 
223 aa  112  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4506  GPR1/FUN34/yaaH family protein  37.3 
 
 
202 aa  111  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0212  GPR1/FUN34/yaaH family protein  38.3 
 
 
209 aa  111  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0761648 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1305  GPR1/FUN34/yaaH family protein  39.23 
 
 
200 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1253  GPR1/FUN34/yaaH family protein  41.4 
 
 
194 aa  105  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.284277  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1117  GPR1/FUN34/yaaH family protein  40.86 
 
 
207 aa  101  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0710546  normal  0.454396 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2423  GPR1/FUN34/yaaH family protein  32.63 
 
 
194 aa  100  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542283  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF02960  conserved hypothetical protein  37.7 
 
 
257 aa  98.6  4e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.392793  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1352  GPR1/FUN34/yaaH family protein  36.56 
 
 
186 aa  95.1  6e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000041614  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1287  GPR1/FUN34/yaaH family protein  37.02 
 
 
255 aa  93.6  1e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  hitchhiker  0.00383069  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31420  predicted protein  36.52 
 
 
258 aa  93.6  2e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.450745  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03640  membrane protein, putative  32.98 
 
 
283 aa  92  5e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0291661  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1067  GPR1/FUN34/yaaH family protein  35.83 
 
 
206 aa  87.4  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00312411  normal  0.445935 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0666  GPR1/FUN34/yaaH family protein  35.14 
 
 
186 aa  86.7  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0435275  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_83722  Accumulation of DYads  32.43 
 
 
274 aa  80.1  0.00000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_7849  predicted protein  30.05 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.161215 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3336  hypothetical protein  31.18 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000909805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3301  GPR1/FUN34/yaaH family protein  31.18 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  6.83805e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3597  hypothetical protein  31.18 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000113907  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0383  GPR1/FUN34/YaaH family protein  31.35 
 
 
216 aa  79  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3560  hypothetical protein  31.18 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000016345  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3650  hypothetical protein  31.18 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000014703  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1667  hypothetical protein  31.18 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  hitchhiker  6.45658e-23 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>