45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0889 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0889  hypothetical protein  100 
 
 
129 aa  264  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1023  hypothetical protein  89.38 
 
 
132 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.623609  normal  0.0122844 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0974  hypothetical protein  77.69 
 
 
135 aa  207  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000285337  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0872  hypothetical protein  72.8 
 
 
139 aa  197  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000181159  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3194  hypothetical protein  74.34 
 
 
138 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.15009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3017  hypothetical protein  75.45 
 
 
138 aa  184  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0114113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3097  hypothetical protein  75.45 
 
 
138 aa  184  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.15154 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3299  hypothetical protein  73.11 
 
 
126 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0990  hypothetical protein  73.11 
 
 
126 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1093  hypothetical protein  72.27 
 
 
126 aa  181  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.592046 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1060  hypothetical protein  72.27 
 
 
126 aa  181  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2806  hypothetical protein  68.5 
 
 
125 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0435  hypothetical protein  59.52 
 
 
126 aa  165  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3251  hypothetical protein  70.37 
 
 
117 aa  160  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05112  hypothetical protein  53.97 
 
 
128 aa  153  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0087  hypothetical protein  58.73 
 
 
129 aa  152  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00321975  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001245  GTPase  53.49 
 
 
126 aa  150  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4956  hypothetical protein  63.39 
 
 
107 aa  149  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03393  hypothetical protein  63.39 
 
 
107 aa  149  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3931  hypothetical protein  63.89 
 
 
154 aa  149  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.790566 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03442  conserved inner membrane protein  63.39 
 
 
107 aa  149  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0122  conserved hypothetical protein  63.39 
 
 
107 aa  149  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0126  hypothetical protein  63.39 
 
 
107 aa  149  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4015  hypothetical protein  63.89 
 
 
120 aa  149  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.808602  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4968  hypothetical protein  63.89 
 
 
120 aa  149  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.715689  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4096  hypothetical protein  63.89 
 
 
120 aa  149  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0114  hypothetical protein  63.89 
 
 
120 aa  149  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.545237  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3913  hypothetical protein  63.39 
 
 
107 aa  148  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03404  hypothetical protein  63.89 
 
 
120 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4084  hypothetical protein  63.39 
 
 
107 aa  148  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3804  hypothetical protein  63.89 
 
 
120 aa  149  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.968341  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3791  hypothetical protein  63.39 
 
 
107 aa  148  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0108  conserved hypothetical protein  63.89 
 
 
120 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03453  predicted inner membrane protein  63.89 
 
 
120 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0137  hypothetical protein  56.92 
 
 
118 aa  147  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3694  hypothetical protein  60.75 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.726429 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4039  hypothetical protein  64.15 
 
 
113 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3900  inner membrane protein YiaW  63.21 
 
 
120 aa  143  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0114  hypothetical protein  61.68 
 
 
107 aa  140  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3030  hypothetical protein  53.64 
 
 
115 aa  122  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.254881  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2517  hypothetical protein  29.25 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3415  hypothetical protein  41.18 
 
 
83 aa  51.6  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0542319  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1211  hypothetical protein  32.31 
 
 
81 aa  42.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4621  hypothetical protein  36.23 
 
 
130 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2978  hypothetical protein  39.53 
 
 
81 aa  40  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>