100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0844 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3652  cytochrome c552  81.12 
 
 
467 aa  798    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00563536  hitchhiker  0.0000468517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0658  cytochrome c552  81.55 
 
 
473 aa  818    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.034848  normal  0.165673 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0648  cytochrome c552  79.4 
 
 
467 aa  806    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0169797  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0622  cytochrome c552  83.12 
 
 
463 aa  833    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3363  cytochrome c552  81.12 
 
 
473 aa  816    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.328864  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0659  cytochrome c552  81.12 
 
 
473 aa  816    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000892238  normal  0.264438 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0972  cytochrome c552  84.76 
 
 
466 aa  850    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0794  cytochrome c552  81.12 
 
 
467 aa  797    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00711776  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3834  cytochrome c552  81.12 
 
 
467 aa  798    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  normal  0.0322806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0844  cytochrome c552  100 
 
 
466 aa  974    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000415815  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3980  cytochrome c552  77.68 
 
 
467 aa  797    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0685  cytochrome c552  75.97 
 
 
467 aa  783    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000162376  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0831  cytochrome c552  83.26 
 
 
467 aa  825    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.01441  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3711  cytochrome c552  80.9 
 
 
467 aa  797    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000131094  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0931  cytochrome c552  89.91 
 
 
466 aa  890    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109321  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2812  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  65.93 
 
 
466 aa  619  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4529  cytochrome c552  63.01 
 
 
478 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.895576 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4622  cytochrome c552  63.01 
 
 
478 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4620  cytochrome c552  63.01 
 
 
478 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.597684  normal  0.388303 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02727  cytochrome c552  62.18 
 
 
469 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4536  cytochrome c552  62.79 
 
 
478 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.490866  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4671  cytochrome c552  63.01 
 
 
478 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2432  cytochrome c552  58.61 
 
 
477 aa  600  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3922  formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4315  cytochrome c552  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4626  cytochrome c552  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03942  nitrite reductase, formate-dependent, cytochrome  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03902  hypothetical protein  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3957  cytochrome c552  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4532  cytochrome c552  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1997  cytochrome c552  60.08 
 
 
478 aa  599  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4591  cytochrome c552  62.79 
 
 
478 aa  598  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5575  cytochrome c552  62.79 
 
 
478 aa  597  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2735  cytochrome c552  58.76 
 
 
472 aa  592  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003114  cytochrome c552 precursor  61.13 
 
 
475 aa  594  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1101  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  44.3 
 
 
488 aa  416  9.999999999999999e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1820  cytochrome c552  45.21 
 
 
498 aa  410  1e-113  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0707  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  43.24 
 
 
515 aa  399  9.999999999999999e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000210974  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2363  cytochrome c552  44.7 
 
 
477 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000178461  hitchhiker  0.000909202 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3604  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  43.5 
 
 
469 aa  388  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.357303  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3036  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  44.68 
 
 
469 aa  386  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306753  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1228  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  43.12 
 
 
469 aa  382  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0609624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0505  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  43.66 
 
 
452 aa  382  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0688  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  42.32 
 
 
464 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3653  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  37.57 
 
 
517 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3744  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  37.4 
 
 
573 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3631  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  39.53 
 
 
480 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000140973  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0701  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.33 
 
 
427 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1521  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.47 
 
 
416 aa  218  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4234  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.17 
 
 
434 aa  213  7.999999999999999e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1490  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.17 
 
 
529 aa  209  9e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1980  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.87 
 
 
476 aa  202  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.439301 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2333  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.13 
 
 
524 aa  200  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114103 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0964  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.69 
 
 
515 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.142807  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2097  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.53 
 
 
520 aa  197  3e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.397309  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0910  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  33.78 
 
 
490 aa  196  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0960  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.78 
 
 
490 aa  196  9e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.230878  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0963  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.78 
 
 
490 aa  196  9e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4608  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.79 
 
 
492 aa  195  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0955  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.78 
 
 
489 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0081  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.55 
 
 
527 aa  194  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.304883  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2385  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.41 
 
 
524 aa  193  5e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0529  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.99 
 
 
401 aa  190  5.999999999999999e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2866  cytochrome c nitrite reductase  31.09 
 
 
478 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1374  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.19 
 
 
536 aa  184  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1024  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA  28.07 
 
 
605 aa  177  5e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.140418  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1244  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.72 
 
 
607 aa  174  3.9999999999999995e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1042  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.51 
 
 
482 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0722076  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1892  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.21 
 
 
469 aa  169  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000066915  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3154  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA, putative  31.64 
 
 
490 aa  168  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1546  cytochrome c552  26.82 
 
 
610 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.421407  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0341  cytochrome c552  26.61 
 
 
610 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0605023  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1359  cytochrome c552  26.82 
 
 
610 aa  167  5e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3092  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.24 
 
 
557 aa  163  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3705  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.33 
 
 
513 aa  163  7e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2987  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.24 
 
 
557 aa  163  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.1283  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0665  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.86 
 
 
484 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00225794  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0294  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  30.72 
 
 
488 aa  161  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000431436  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2902  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  28.03 
 
 
556 aa  161  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0151335  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2398  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.39 
 
 
496 aa  157  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.890073 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0296  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  29.5 
 
 
485 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000171973  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2586  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.71 
 
 
445 aa  150  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00414644  normal  0.0377964 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1200  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.54 
 
 
487 aa  150  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.849928  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2070  cytochrome c552  29.65 
 
 
492 aa  149  9e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2929  cytochrome c552  27.61 
 
 
483 aa  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2150  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.64 
 
 
492 aa  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0211  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.82 
 
 
483 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000324038  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1296  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.57 
 
 
483 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000757773 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0129  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  25.05 
 
 
557 aa  145  2e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13420  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  28.19 
 
 
476 aa  117  5e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08100  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  25.67 
 
 
485 aa  113  7.000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.158297  hitchhiker  0.0000000773325 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4004  formate-dependent nitrite reductase periplasmic cytochrome c552 subunit-like protein  25.55 
 
 
536 aa  104  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00066664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2999  cytochrome c family protein  26.44 
 
 
534 aa  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1061  cytochrome c family protein  25.3 
 
 
541 aa  99.4  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.409799  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2946  cytochrome c family protein  25.39 
 
 
538 aa  98.2  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0357  cytochrome c family protein  23.42 
 
 
533 aa  97.4  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.412865  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1277  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  26 
 
 
538 aa  97.1  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00460  hypothetical protein  24.76 
 
 
442 aa  67.8  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  23.51 
 
 
773 aa  47  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  25 
 
 
425 aa  43.1  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>