126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0646 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0646  SAF domain-containing protein  100 
 
 
298 aa  607  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.361703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0750  Flp pilus assembly protein CpaB  73.15 
 
 
298 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0706  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  62.46 
 
 
298 aa  385  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2311  Flp pilus assembly protein CpaB  29.59 
 
 
258 aa  119  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2919  putative Flp pilus assembly CpaB  29.74 
 
 
363 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0245  SAF domain-containing protein  32.09 
 
 
306 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6874  Flp pilus assembly protein CpaB  27.91 
 
 
366 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.367067  normal  0.327856 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4344  Flp pilus assembly protein CpaB  31.33 
 
 
339 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.684033  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2692  Flp pilus assembly protein CpaB  30.6 
 
 
286 aa  98.6  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000594167  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2114  SAF domain-containing protein  28.21 
 
 
234 aa  90.1  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0799  Flp pilus assembly protein CpaB  28.51 
 
 
263 aa  83.6  0.000000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.761688  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2704  SAF domain-containing protein  25.33 
 
 
291 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4357  Flp pilus assembly protein CpaB  28.35 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4247  Flp pilus assembly protein CpaB  28.35 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0800  pilus assembly protein CpaB  26.46 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1058  Flp pilus assembly protein CpaB  28.04 
 
 
291 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1837  Flp pilus assembly protein CpaB  25.11 
 
 
289 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3203  Flp pilus assembly protein CpaB  27.8 
 
 
291 aa  72  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.200873 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2318  Flp pilus assembly protein CpaB  25.66 
 
 
233 aa  71.2  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4444  Flp pilus assembly protein CpaB  27.54 
 
 
331 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3790  Flp pilus assembly protein CpaB  27.66 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1039  Flp pilus assembly protein CpaB  25.87 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5320  Flp pilus assembly protein CpaB  25.52 
 
 
282 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  hitchhiker  0.00316438 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0792  Flp pilus assembly CpaB  29.12 
 
 
286 aa  66.2  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0325336  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1518  Flp pilus assembly protein CpaB  28.26 
 
 
280 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5499  Flp pilus assembly CpaB  26.07 
 
 
279 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6785  Flp pilus assembly CpaB  26.07 
 
 
279 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0900902  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1652  Flp pilus assembly protein CpaB  27.39 
 
 
316 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.695685  normal  0.658487 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2643  Flp pilus assembly CpaB  22.05 
 
 
280 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2267  pilus assembly protein  27.01 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6291  Flp pilus assembly CpaB  27.59 
 
 
281 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5995  Flp pilus assembly protein CpaB  27.59 
 
 
281 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0325272  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4404  Flp pilus assembly protein CpaB  27.27 
 
 
305 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2799  putative signal peptide protein, CpaB like  26.12 
 
 
316 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6373  Flp pilus assembly protein CpaB  25.59 
 
 
279 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  0.913106 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4613  Flp pilus assembly protein CpaB  23.33 
 
 
269 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.310892 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1311  pilus assembly transmembrane protein  25.29 
 
 
281 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2361  Flp pilus assembly CpaB  31.16 
 
 
261 aa  63.2  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3084  putative pilus assembly protein CpaB  25.29 
 
 
281 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208838  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2959  putative pilus assembly protein CpaB  25.29 
 
 
281 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7202  Flp pilus assembly CpaB  23.08 
 
 
279 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190401  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0660  pilus assembly protein CpaB  25 
 
 
262 aa  62.8  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.216985  normal  0.0982675 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0656  pilus assembly transmembrane protein  26.32 
 
 
288 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.360259 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2020  SAF domain-containing protein  26.77 
 
 
275 aa  60.8  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0549  Flp pilus assembly protein CpaB  25.88 
 
 
283 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4872  Flp pilus assembly protein CpaB  28.66 
 
 
303 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0982615  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0648  Flp pilus assembly CpaB  21.81 
 
 
281 aa  60.1  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.420596 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3969  SAF domain-containing protein  28.03 
 
 
322 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.174798  normal  0.640767 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2742  Flp pilus assembly protein CpaB  29.56 
 
 
274 aa  58.9  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2566  Flp pilus assembly protein CpaB  26.73 
 
 
307 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1080  Flp pilus assembly CpaB  28.63 
 
 
342 aa  58.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2548  Flp pilus assembly CpaB  29.93 
 
 
284 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185177  normal  0.0976482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55930  putative pilus assembly protein  27.14 
 
 
303 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0592  Flp pilus assembly protein CpaB  22.8 
 
 
283 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.579977  normal  0.0629925 
 
 
-
 
NC_003296  RS02596  signal peptide protein  30.08 
 
 
208 aa  56.2  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.818766 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0418  Flp pilus assembly CpaB  27.04 
 
 
278 aa  56.2  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4869  SAF domain-containing protein  25.53 
 
 
332 aa  56.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2372  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  24.3 
 
 
274 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.267894  normal  0.976652 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0302  Flp pilus assembly CpaB  22.86 
 
 
275 aa  55.8  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1746  Flp pilus assembly protein CpaB  24.45 
 
 
272 aa  54.3  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2702  Flp pilus assembly protein CpaB  34.71 
 
 
261 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1513  hypothetical protein  34.38 
 
 
309 aa  54.3  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.139808 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5126  SAF domain-containing protein  23.11 
 
 
263 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0670857 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0849  Flp pilus assembly protein CpaB  29.56 
 
 
315 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2479  Flp pilus assembly protein CpaB  34.71 
 
 
261 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.801269  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2407  Flp pilus assembly protein CpaB  34.71 
 
 
260 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2359  putative pilus assembly protein CpaB  24.61 
 
 
272 aa  53.1  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.934464  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1113  SAF domain-containing protein  25.99 
 
 
272 aa  53.1  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.376133  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1767  putative pilus assembly protein CpaB  26.15 
 
 
299 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.726426  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5408  Flp pilus assembly CpaB  25.34 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002643  flp pilus assembly protein RcpC/CpaB  22.94 
 
 
251 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0069  SAF domain-containing protein  26.51 
 
 
317 aa  51.2  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.723058 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1291  hypothetical protein  25.64 
 
 
299 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1940  CpaB family Flp pilus assembly protein  25.64 
 
 
348 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0235089  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2826  Flp pilus assembly protein CpaB  30.61 
 
 
267 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1643  Flp pilus assembly CpaB  25 
 
 
299 aa  50.8  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000168863  normal  0.463494 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1779  hypothetical protein  25.64 
 
 
299 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0116  hypothetical protein  25.64 
 
 
299 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1788  putative pilus assembly protein CpaB  25.64 
 
 
299 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1049  putative pilus assembly protein CpaB  25.64 
 
 
299 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.342434  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5682  putative pilus assembly protein cpaB  25.18 
 
 
266 aa  50.8  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.212256 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1442  Flp pilus assembly protein CpaB  25.41 
 
 
311 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.257298 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2163  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  28.81 
 
 
316 aa  50.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.143104 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2345  Flp pilus assembly CpaB  24.34 
 
 
287 aa  49.7  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.358123  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1492  SAF domain-containing protein  25.64 
 
 
292 aa  50.1  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7030  putative pilus assembly protein, cpaB  30.67 
 
 
249 aa  49.7  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal  0.799048 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2012  SAF domain-containing protein  20.33 
 
 
272 aa  49.7  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2385  Flp pilus assembly protein CpaB  26.5 
 
 
268 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0504616  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0392  Flp pilus assembly CpaB  22.86 
 
 
260 aa  49.7  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.373428  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0609  putative CpaB2 pilus assembly protein  22.05 
 
 
267 aa  48.5  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.620793  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1681  Flp pilus assembly protein CpaB  29.05 
 
 
350 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0337  Flp pilus assembly CpaB  29.05 
 
 
350 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.720767  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0824  Flp pilus assembly protein CpaB  29.05 
 
 
350 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.570609  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1733  Flp pilus assembly protein CpaB  24.28 
 
 
313 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0619975  hitchhiker  0.0000143429 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3486  Flp pilus assembly protein CpaB  24.03 
 
 
292 aa  48.1  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0314928 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1728  Flp pilus assembly CpaB  22.96 
 
 
296 aa  47.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2543  CpaB family Flp pilus assembly protein  26.04 
 
 
292 aa  47.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3996  pilus assembly protein cpaB  25.96 
 
 
270 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1402  CpaB family Flp pilus assembly protein  26.16 
 
 
301 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.168447  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1872  putative pilus assembly protein CpaB  29.05 
 
 
350 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>