More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0645 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0645  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 436 aa  880    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0749  type II and III secretion system protein  83.26 
 
 		 436 aa  761    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  68.32 
 
 		 423 aa  620  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2310  type II and III secretion system protein  38.11 
 
 		 443 aa  276  5e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2693  type II and III secretion system protein  32.84 
 
 		 479 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000595981  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0246  type II and III secretion system protein  34.81 
 
 		 714 aa  222  9e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4345  type II and III secretion system protein  35.02 
 
 		 451 aa  217  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2920  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  32.86 
 
 		 595 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6875  type II and III secretion system protein  32.13 
 
 		 561 aa  207  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5409  type II and III secretion system protein  31.38 
 
 		 469 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.28985  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1658  type II and III secretion system protein  31.59 
 
 		 483 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  31.34 
 
 		 482 aa  166  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  32.56 
 
 		 482 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4445  type II and III secretion system protein  31.57 
 
 		 457 aa  164  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2117  type II and III secretion system protein  31.94 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.27338  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3654  pilus assembly protein  30.05 
 
 		 473 aa  160  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  31.19 
 
 		 526 aa  159  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  28.9 
 
 		 466 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  30.1 
 
 		 464 aa  156  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  28.19 
 
 		 460 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  27.74 
 
 		 460 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_003296  RS02594  outer membrane channel signal peptide protein  30.43 
 
 		 454 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  30.32 
 
 		 492 aa  152  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  28.97 
 
 		 460 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  29.98 
 
 		 493 aa  149  9e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2798  putative outer membrane channel signal peptide protein, CpaC like  31.31 
 
 		 454 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.395631 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  30.4 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  30.4 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1653  type II and III secretion system protein  31.23 
 
 		 468 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.745375 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  30.4 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  30.4 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  30.4 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  30.4 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  31.05 
 
 		 477 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  30.6 
 
 		 517 aa  146  9e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  29.74 
 
 		 490 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2321  type II and III secretion system protein  33.33 
 
 		 452 aa  144  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278369 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  28.91 
 
 		 461 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4391  type II and III secretion system protein  31.15 
 
 		 416 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  28.84 
 
 		 484 aa  143  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  28.94 
 
 		 493 aa  143  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4358  type II and III secretion system protein  29 
 
 		 454 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.970058 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4248  type II and III secretion system protein  29 
 
 		 454 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.218711 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  29.16 
 
 		 461 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4661  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  29.76 
 
 		 443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000794738  hitchhiker  0.00340482 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1642  type II and III secretion system protein  28.34 
 
 		 453 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00375821  normal  0.501633 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1497  type II and III secretion system protein  29.27 
 
 		 443 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0318341  hitchhiker  0.0000037114 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  28.93 
 
 		 480 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1041  type II and III secretion system protein  29.27 
 
 		 443 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00604679  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1521  type II and III secretion system protein  29.27 
 
 		 443 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00384422  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  29.12 
 
 		 474 aa  140  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  28.47 
 
 		 473 aa  139  7e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2542  type II/III secretion system protein  29.67 
 
 		 441 aa  140  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2326  type II and III secretion system protein  36.82 
 
 		 478 aa  139  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.434108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2704  type II/III secretion system protein  36.82 
 
 		 478 aa  139  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  29.73 
 
 		 480 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1732  type II and III secretion system protein  42.35 
 
 		 443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793195  hitchhiker  0.00000430206 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  28.53 
 
 		 461 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  28.54 
 
 		 484 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  29.55 
 
 		 461 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  28.54 
 
 		 487 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2072  type II and III secretion system protein  28.24 
 
 		 492 aa  137  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00565214  normal  0.624153 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  28.39 
 
 		 483 aa  136  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1290  type II/III secretion system protein  28.99 
 
 		 432 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1789  type II/III secretion system protein  28.99 
 
 		 432 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1941  type II/III secretion system protein  28.99 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0187984  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1048  type II/III secretion system protein  28.99 
 
 		 432 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.827787  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0117  type II/III secretion system protein  28.99 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.821295  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1778  type II/III secretion system protein  28.99 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1768  type II/III secretion system protein  28.99 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.477043  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  28.82 
 
 		 479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  27.9 
 
 		 495 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4851  bacterial type II/III secretion system protein  30.34 
 
 		 419 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  28.79 
 
 		 493 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  32.34 
 
 		 479 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  28.65 
 
 		 466 aa  133  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1403  type II and III secretion system protein  34.84 
 
 		 444 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  27.54 
 
 		 461 aa  132  7.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4871  putative type II secretion system protein  28.61 
 
 		 408 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0665602  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  28.79 
 
 		 491 aa  131  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  27.32 
 
 		 478 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  41.72 
 
 		 455 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0648  type II and III secretion system protein  30.57 
 
 		 422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  31.17 
 
 		 1421 aa  129  8.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55920  putative type II secretion system protein  44.05 
 
 		 416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0275442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2162  type II and III secretion system protein  27.59 
 
 		 428 aa  128  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.080237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5683  putative pilus assembly protein cpaC  26.92 
 
 		 489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  28.74 
 
 		 539 aa  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  26.75 
 
 		 492 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  30.08 
 
 		 496 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2703  type II and III secretion system protein  32.44 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  28.34 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0601  type II/III secretion system protein  25.4 
 
 		 439 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.570142  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  32.33 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0848  type II and III secretion system protein  29.82 
 
 		 419 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  39.08 
 
 		 507 aa  124  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  27.3 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0685  type II and III secretion system protein  25.29 
 
 		 423 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0369  type II/III secretion system protein  24.42 
 
 		 445 aa  123  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.117344  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  25.82 
 
 		 491 aa  123  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>