More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0608 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A2401  thiosulfate reductase  56.86 
 
 
758 aa  903    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  0.834836 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4062  polysulfide reductase, subunit A  82.48 
 
 
760 aa  1333    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4047  molybdopterin oxidoreductase  80.26 
 
 
760 aa  1307    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0559  molybdopterin oxidoreductase  82.21 
 
 
760 aa  1338    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2188  thiosulfate reductase  57.12 
 
 
758 aa  906    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2242  thiosulfate reductase  57.12 
 
 
758 aa  904    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.1266  normal  0.627013 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3039  molybdopterin oxidoreductase  79.18 
 
 
758 aa  1266    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3444  twin-arginine translocation pathway signal  83.27 
 
 
764 aa  1347    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0507  twin-arginine translocation pathway signal  83.14 
 
 
764 aa  1345    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1999  twin-arginine translocation pathway signal  80 
 
 
760 aa  1305    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3619  molybdopterin oxidoreductase  83.14 
 
 
764 aa  1346    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3177  polysulfide reductase, subunit A  78.13 
 
 
760 aa  1233    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3188  molybdopterin oxidoreductase  58.37 
 
 
756 aa  939    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2235  thiosulfate reductase  57.12 
 
 
758 aa  904    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.209797  normal  0.286987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2288  thiosulfate reductase  56.99 
 
 
758 aa  905    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00880607  normal  0.0980362 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0608  molybdopterin oxidoreductase  100 
 
 
760 aa  1582    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.714014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0555  molybdopterin oxidoreductase  82.08 
 
 
764 aa  1332    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0265  molybdopterin oxidoreductase  46.42 
 
 
764 aa  685    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.227459  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0531  molybdopterin oxidoreductase  82.21 
 
 
764 aa  1338    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1914  thiosulfate reductase  42.58 
 
 
761 aa  635  1e-180  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.527644  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0269  Nitrate reductase  39.5 
 
 
754 aa  604  1.0000000000000001e-171  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0389  response regulator receiver domain-containing protein  41.02 
 
 
757 aa  604  1.0000000000000001e-171  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.257769  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3287  molybdopterin oxidoreductase  34.38 
 
 
695 aa  408  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0450  formate dehydrogenase  35.09 
 
 
722 aa  390  1e-107  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0633  molybdopterin oxidoreductase  33.25 
 
 
759 aa  389  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0644016 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2794  molybdopterin oxidoreductase  34.05 
 
 
698 aa  392  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2860  molybdopterin oxidoreductase  35.03 
 
 
695 aa  387  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1164  Formate dehydrogenase  31.81 
 
 
730 aa  389  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.589725  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0320  Formate dehydrogenase  34 
 
 
700 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1466  molybdopterin oxidoreductase  31.25 
 
 
731 aa  370  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1318  molybdopterin oxidoreductase  33 
 
 
695 aa  358  1.9999999999999998e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.952277  hitchhiker  0.000256409 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1076  thiosulfate reductase, putative  32.06 
 
 
708 aa  346  1e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2276  molybdopterin oxidoreductase  31.06 
 
 
807 aa  346  1e-93  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0682  hypothetical protein  31.81 
 
 
731 aa  345  2e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.968625  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2813  molybdopterin oxidoreductase  32.19 
 
 
738 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1166  formate dehydrogenase  30.5 
 
 
750 aa  337  3.9999999999999995e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2718  molybdopterin oxidoreductase  32.9 
 
 
737 aa  328  3e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2338  molybdopterin oxidoreductase  31.38 
 
 
729 aa  326  9e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2632  molybdopterin oxidoreductase  32.38 
 
 
739 aa  319  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.348569  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1667  Formate dehydrogenase  31.43 
 
 
704 aa  317  8e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.982617  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4110  molybdopterin oxidoreductase  30.98 
 
 
744 aa  316  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.220187  normal  0.43512 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0442  molybdopterin oxidoreductase  32.4 
 
 
731 aa  304  5.000000000000001e-81  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0345  nitrate reductase  28.49 
 
 
731 aa  304  5.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.213856  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2139  molybdopterin oxidoreductase  30.68 
 
 
739 aa  303  7.000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113571  normal  0.495973 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0912  molybdopterin oxidoreductase  30.28 
 
 
739 aa  293  7e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0620  twin-arginine translocation pathway signal  29.84 
 
 
741 aa  292  2e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.390565  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0447  molybdopterin oxidoreductase  29.9 
 
 
731 aa  291  4e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2386  molybdopterin oxidoreductase  30.1 
 
 
747 aa  290  5.0000000000000004e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2400  molybdopterin oxidoreductase  30.86 
 
 
738 aa  288  2.9999999999999996e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0425196  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2562  formate dehydrogenase  30.58 
 
 
720 aa  282  2e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2919  molybdopterin oxidoreductase  30.19 
 
 
733 aa  275  3e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02090  anaerobic dehydrogenase, typically selenocysteine-containing  29.16 
 
 
734 aa  270  7e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1886  molybdopterin oxidoreductase  28.79 
 
 
747 aa  266  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0935  molybdopterin oxidoreductase  28.63 
 
 
745 aa  263  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2605  twin-arginine translocation pathway signal  26.75 
 
 
879 aa  248  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.746738 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1509  Formate dehydrogenase  27.65 
 
 
732 aa  247  4.9999999999999997e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0126  formate dehydrogenase  27 
 
 
685 aa  244  6e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1484  Nitrate reductase  27.36 
 
 
739 aa  240  9e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0353  formate dehydrogenase  27.16 
 
 
833 aa  239  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000992334  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2436  molybdopterin oxidoreductase  29.26 
 
 
936 aa  236  9e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.982452  normal  0.336779 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0216  molybdopterin oxidoreductase  28.07 
 
 
837 aa  236  1.0000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0313  molybdopterin oxidoreductase  27.19 
 
 
698 aa  232  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.16634  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0387  molybdopterin oxidoreductase  26.51 
 
 
879 aa  229  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1121  molybdopterin oxidoreductase  28 
 
 
812 aa  226  1e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.721348  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1443  molybdopterin oxidoreductase  27.26 
 
 
729 aa  225  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1583  aminotransferase class V  27.07 
 
 
1139 aa  224  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2630  aminotransferase class V  27.21 
 
 
1143 aa  223  9e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2701  anaerobic dehydrogenase, acetylene hydratase-like  25.04 
 
 
692 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00185864  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2725  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain a  27.03 
 
 
792 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2900  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain a  26.91 
 
 
792 aa  218  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735186  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0290  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, A subunit, DmsA/YnfE family  26.67 
 
 
781 aa  218  4e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00528785  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2788  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain a  26.91 
 
 
792 aa  218  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.23 
 
 
685 aa  217  5.9999999999999996e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1003  molybdopterin oxidoreductase  27.48 
 
 
700 aa  217  8e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1386  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, A subunit, DmsA/YnfE  27.79 
 
 
799 aa  216  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2682  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain a  26.91 
 
 
792 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2769  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain a  26.6 
 
 
792 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2227  molybdopterin oxidoreductase  26.58 
 
 
891 aa  212  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.178988  hitchhiker  0.00000402166 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0930  molybdopterin oxidoreductase  25.21 
 
 
731 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.99852  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1500  molybdopterin oxidoreductase  26.44 
 
 
856 aa  209  1e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000790574 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1880  Formate dehydrogenase  26.71 
 
 
744 aa  209  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1581  aminotransferase, class V  27.36 
 
 
1135 aa  209  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.863454  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2547  molybdopterin oxidoreductase  30.32 
 
 
711 aa  209  2e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00181061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1580  molybdopterin oxidoreductase  26.85 
 
 
694 aa  208  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1350  molybdopterin oxidoreductase  27.25 
 
 
711 aa  208  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000109078  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1890  molybdopterin oxidoreductase  25.15 
 
 
726 aa  207  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2753  molydopterin dinucleotide-binding region  27.13 
 
 
749 aa  207  5e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.28964  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0286  twin-arginine translocation pathway signal  25.63 
 
 
733 aa  206  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3659  twin-arginine translocation pathway signal  26.17 
 
 
733 aa  205  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3747  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, A subunit, DmsA/YnfE family  25.39 
 
 
793 aa  204  5e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0895  Nitrate reductase  27.54 
 
 
711 aa  204  6e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.381214  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1418  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase subunit A  26.35 
 
 
814 aa  202  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1228  molybdopterin oxidoreductase  27.54 
 
 
843 aa  202  3e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00898  dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit A  25.94 
 
 
814 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0778088  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00905  hypothetical protein  25.94 
 
 
814 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0839348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2749  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, A subunit, DmsA/YnfE family  25.94 
 
 
814 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2702  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase subunit A  25.94 
 
 
814 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.98868 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0999  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, A subunit  25.94 
 
 
814 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0171  molybdopterin oxidoreductase  27.95 
 
 
709 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.662613  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1056  anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, A subunit  25.94 
 
 
814 aa  201  5e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>