More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0440 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0440  methyltransferase type 12  100 
 
 
284 aa  590  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000034912  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3417  methyltransferase type 12  71.98 
 
 
254 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3807  methyltransferase type 11  68.24 
 
 
257 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000356198  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0517  methyltransferase type 11  68.24 
 
 
257 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131919  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0558  methyltransferase type 11  68.63 
 
 
262 aa  367  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3472  methyltransferase type 11  68.63 
 
 
262 aa  367  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3316  methyltransferase type 11  68.24 
 
 
257 aa  366  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00129805  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3751  Methyltransferase type 11  67.45 
 
 
257 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0170338  normal  0.179038 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3933  methyltransferase type 11  67.06 
 
 
257 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0557  methyltransferase type 11  67.45 
 
 
261 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.958562  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3523  methyltransferase type 12  67.32 
 
 
256 aa  362  4e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.538759  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0558  smtA protein  67.06 
 
 
260 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3149  smtA protein  60.62 
 
 
256 aa  315  4e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.572529  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2302  putative metallothionein SmtA  41.63 
 
 
278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1776  putative metallothionein SmtA  41.54 
 
 
261 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.529612  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2568  putative metallothionein SmtA  42.41 
 
 
261 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2658  putative metallothionein SmtA  42.41 
 
 
261 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.492256  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1968  putative metallothionein SmtA  42.41 
 
 
261 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.768696 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2201  putative metallothionein SmtA  41.8 
 
 
261 aa  209  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1024  putative metallothionein SmtA  40.32 
 
 
267 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.144274  normal  0.551504 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1722  putative metallothionein SmtA  40.23 
 
 
261 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00925  predicted S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00177111  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2403  putative metallothionein SmtA  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000691412  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2722  Methyltransferase type 11  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000229495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1020  putative metallothionein SmtA  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000367391  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1028  putative metallothionein SmtA  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000016657  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00932  hypothetical protein  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00185326  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2199  putative metallothionein SmtA  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  normal  0.110054 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1082  putative metallothionein SmtA  40.08 
 
 
261 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00106092  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2675  putative metallothionein SmtA  40.08 
 
 
261 aa  206  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000353459  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1105  putative metallothionein SmtA  40.32 
 
 
267 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.113863  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2048  putative metallothionein SmtA  40.62 
 
 
261 aa  206  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.261011  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1089  putative metallothionein SmtA  40.32 
 
 
267 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0480774  normal  0.198133 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0997  putative metallothionein SmtA  40.32 
 
 
267 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.266496  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1056  putative metallothionein SmtA  40.32 
 
 
267 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0602785 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2185  putative metallothionein SmtA  38.4 
 
 
271 aa  193  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.166203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003937  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase functionally coupled to the MukBEF chromosome partitioning mechanism  38.67 
 
 
263 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1320  putative metallothionein SmtA  38.04 
 
 
260 aa  192  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000108011  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01586  putative metallothionein SmtA  38.67 
 
 
263 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0730  putative metallothionein SmtA  39.22 
 
 
259 aa  189  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0631637  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1440  putative metallothionein SmtA  37.55 
 
 
258 aa  188  7e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.119507  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0633  methyltransferase, putative  40.7 
 
 
249 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07260  SAM dependent methyltransferase  39.53 
 
 
252 aa  178  8e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4586  methyltransferase type 12  38.37 
 
 
249 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.545494  normal  0.0935438 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0641  smtA protein  38.76 
 
 
249 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63310  hypothetical protein  39.23 
 
 
249 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134236  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0740  methyltransferase type 11  39.92 
 
 
249 aa  175  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1544  methyltransferase  38.46 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0623  methyltransferase type 12  39.92 
 
 
249 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766953 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5512  hypothetical protein  38.46 
 
 
249 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1725  methyltransferase type 11  36.92 
 
 
295 aa  170  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0617  methyltransferase type 11  39.15 
 
 
249 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0514794  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2177  methyltransferase type 11  38.13 
 
 
252 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0480419  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2560  SmtA protein  36.86 
 
 
268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0578  methyltransferase, putative  38.76 
 
 
249 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0084  SmtA protein  35.14 
 
 
259 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01900  SAM-dependent methyltransferase  34.65 
 
 
247 aa  159  6e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0872  methyltransferase type 11  36.4 
 
 
267 aa  155  1e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00607117  hitchhiker  0.000000775855 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1859  gluconate transporter  35.88 
 
 
262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.660589 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0740  smtA protein  37.56 
 
 
221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.867796  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0089  SmtA protein  36.26 
 
 
199 aa  115  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2941  Methyltransferase type 11  27.55 
 
 
257 aa  84.3  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000129742  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1392  type 11 methyltransferase  26.47 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.206555  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3283  Methyltransferase type 11  33.59 
 
 
252 aa  70.1  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.48669  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1647  Methyltransferase type 12  32.17 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0881  Methyltransferase type 11  25.91 
 
 
256 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.374196 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3077  methyltransferase type 11  24.79 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.531691  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1401  methyltransferase type 11  25.93 
 
 
270 aa  63.5  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.30255  hitchhiker  0.000533063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2740  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.57 
 
 
238 aa  63.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3464  methyltransferase type 11  29.56 
 
 
249 aa  62.4  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0475337  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2855  putative metallothionein SmtA  30.67 
 
 
252 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0516683  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1610  Methyltransferase type 11  30.99 
 
 
225 aa  62  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0535703  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1530  3-demethylubiquinone-9 3-O-methyltransferase  30.77 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3474  Methyltransferase type 12  26.98 
 
 
268 aa  60.8  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1507  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  28.93 
 
 
247 aa  58.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.148991  normal  0.0208491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3214  Methyltransferase type 12  30.47 
 
 
265 aa  58.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.35564  hitchhiker  0.00217509 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2165  methyltransferase type 12  31.88 
 
 
269 aa  58.9  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252103  hitchhiker  0.00630531 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0272  Methyltransferase type 11  31.3 
 
 
258 aa  58.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2584  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  36.36 
 
 
232 aa  58.2  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00379  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.35 
 
 
239 aa  57  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.296609  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1719  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.4 
 
 
234 aa  57  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.815395  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1398  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.1 
 
 
237 aa  57  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2462  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.1 
 
 
237 aa  57  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.331199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2861  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  29.06 
 
 
240 aa  55.8  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0308666  decreased coverage  0.000000000135895 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0947  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.53 
 
 
252 aa  55.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2330  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.06 
 
 
246 aa  54.7  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.172031  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0946  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  25.58 
 
 
232 aa  54.3  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2788  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.97 
 
 
238 aa  54.7  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000608227  hitchhiker  0.00134688 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0130  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.07 
 
 
276 aa  53.9  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0121  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.1 
 
 
276 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.83628  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3940  Methyltransferase type 11  26.19 
 
 
262 aa  53.1  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.524617  normal  0.24387 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4926  Methyltransferase type 11  24.18 
 
 
252 aa  53.1  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.16451  normal  0.0585071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0772  Methyltransferase type 11  29.28 
 
 
209 aa  53.1  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0587  Methyltransferase type 11  31.53 
 
 
220 aa  53.1  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2081  Methyltransferase type 12  28.47 
 
 
242 aa  52.8  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000517184  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1631  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.63 
 
 
246 aa  52.8  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1344  Methyltransferase type 11  29.37 
 
 
218 aa  52.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2828  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  25.62 
 
 
252 aa  53.1  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0566454  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3238  methyltransferase type 11  28.57 
 
 
256 aa  52.8  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0679284  normal  0.0358471 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5788  Methyltransferase type 12  32.03 
 
 
243 aa  53.1  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>