101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0328 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0328  hypothetical protein  100 
 
 
238 aa  495  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0203423  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4124  hypothetical protein  73.53 
 
 
236 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.403684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0492  hypothetical protein  70.17 
 
 
238 aa  369  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3576  hypothetical protein  73.57 
 
 
259 aa  361  5.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.421101  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0397  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  71.07 
 
 
248 aa  360  9e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000185602  normal  0.300688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3627  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  70.66 
 
 
248 aa  359  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0398  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  71.07 
 
 
248 aa  359  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0161377  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3890  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  71.49 
 
 
269 aa  357  9e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188883 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4083  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  70.61 
 
 
269 aa  350  1e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0155994 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3236  hypothetical protein  71.88 
 
 
234 aa  349  2e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.891566 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3967  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  70.8 
 
 
269 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348218  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4302  hypothetical protein  73.3 
 
 
222 aa  348  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3989  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  71.95 
 
 
269 aa  345  4e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0383  hypothetical protein  60.92 
 
 
240 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0450  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  61.73 
 
 
177 aa  218  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2414  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  41.05 
 
 
243 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.597571  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1338  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  40.61 
 
 
241 aa  185  4e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.164705  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1827  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  42.54 
 
 
242 aa  179  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0365  protein of unknown function DUF542, ScdA-like  45.91 
 
 
242 aa  179  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.65621  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0815  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  40.18 
 
 
222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0339092  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3955  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.67 
 
 
221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4762  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.67 
 
 
220 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4817  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.67 
 
 
220 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.452254  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4677  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.67 
 
 
220 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0601381  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4797  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.67 
 
 
220 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3632  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.22 
 
 
221 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3777  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.22 
 
 
221 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4667  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.67 
 
 
220 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4688  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  39.11 
 
 
220 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.041656  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04081  predicted regulator of cell morphogenesis and cell wall metabolism  39.11 
 
 
220 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00617951  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3784  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  39.11 
 
 
220 aa  169  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0015085  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4463  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  39.11 
 
 
220 aa  169  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00510158  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4777  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  39.11 
 
 
220 aa  169  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00129664  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3797  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  39.11 
 
 
220 aa  169  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000715657  normal  0.850161 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4750  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  39.11 
 
 
220 aa  169  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.020864  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04044  hypothetical protein  39.11 
 
 
220 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4057  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  36.8 
 
 
243 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1251  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  40.17 
 
 
243 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.964193  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4649  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  41.92 
 
 
236 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0767221  normal  0.343196 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5785  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  38.67 
 
 
312 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3584  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  37.95 
 
 
221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000456078  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5726  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.67 
 
 
220 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0664368  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0782  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  37.5 
 
 
221 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0196066  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3427  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  37.5 
 
 
221 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0534408  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0379  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.22 
 
 
220 aa  162  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000130602  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3032  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  39.56 
 
 
243 aa  161  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0698  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  39.75 
 
 
318 aa  161  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.249196  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0432  hypothetical protein  39.06 
 
 
236 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0203257  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3700  hypothetical protein  36.96 
 
 
235 aa  156  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0849  hypothetical protein  36.6 
 
 
249 aa  154  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3494  hemerythrin HHE cation binding region  35.71 
 
 
249 aa  153  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1206  hypothetical protein  38.77 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2293  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  36.84 
 
 
238 aa  150  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00571035  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0199  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  36.89 
 
 
236 aa  149  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2769  protein of unknown function DUF542, ScdA-like protein  36.04 
 
 
251 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.381543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1582  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  35.78 
 
 
235 aa  144  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02289  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  38.76 
 
 
223 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.104095 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2153  ScdA protein  34.82 
 
 
235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1991  hypothetical protein  33.93 
 
 
235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1998  ScdA protein  33.93 
 
 
235 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00228936  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1950  cell division and morphogenesis-related protein  33.93 
 
 
235 aa  137  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0219264  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2147  ScdA protein  33.93 
 
 
235 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.910173  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2178  ScdA protein  33.93 
 
 
235 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1571  hypothetical protein  36.56 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0611813  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2294  ScdA protein  33.48 
 
 
235 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.208436  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3161  ScdA protein  33.93 
 
 
235 aa  135  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.284126  normal  0.196192 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1168  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  34.21 
 
 
232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000104641  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1971  cell division and morphogenesis-related protein  33.48 
 
 
235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0041532  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5056  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  39.22 
 
 
225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0730  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  34.2 
 
 
236 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4655  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  36.27 
 
 
223 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.84876  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3578  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  36.27 
 
 
223 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.670531 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2511  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  36.06 
 
 
240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3164  hypothetical protein  35.58 
 
 
240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3025  hypothetical protein  35.91 
 
 
223 aa  128  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2035  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  33.94 
 
 
238 aa  126  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1841  hypothetical protein  34.19 
 
 
242 aa  125  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1188  protein of unknown function DUF542, ScdA-like protein  32.59 
 
 
234 aa  118  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03871  regulator of cell morphogenesis and NO signaling  35.15 
 
 
229 aa  118  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4224  hypothetical protein  33.63 
 
 
226 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1686  hypothetical protein  29.73 
 
 
231 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2399  hypothetical protein  33.18 
 
 
224 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0283392  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0324  cell wall biosynthesis protein ScdA  27.03 
 
 
224 aa  110  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.896  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0244  cell wall biosynthesis protein ScdA  29.15 
 
 
224 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0250  cell wall biosynthesis protein ScdA  29.15 
 
 
224 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.887141  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1742  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  28.9 
 
 
231 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0584287  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1824  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  28.44 
 
 
231 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2133  hemerythrin HHE cation binding protein  28.9 
 
 
231 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.270785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0600  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  36.24 
 
 
162 aa  98.2  9e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000823613 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2304  putative regulator of cell morphogenesis and NO signaling  40.12 
 
 
162 aa  93.2  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.904148  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3857  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  32 
 
 
199 aa  73.2  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0753  scdA protein, putative  30.33 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00120988  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0777  putative scdA protein  31.13 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000142333  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0574  hypothetical protein  24.39 
 
 
213 aa  65.1  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.157203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0691  hypothetical protein  24.27 
 
 
247 aa  56.2  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2937  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  32.63 
 
 
184 aa  42.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2614  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  28.72 
 
 
176 aa  42.4  0.006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.587772  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1236  hypothetical protein  19.23 
 
 
236 aa  42  0.01  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1079  heavy metal translocating P-type ATPase  24.06 
 
 
774 aa  41.6  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1095  heavy metal translocating P-type ATPase  24.06 
 
 
774 aa  41.6  0.01  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.167715 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>