More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0144 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03190  protein chain elongation factor EF-Tu (duplicate of tufB)  87.82 
 
 		 394 aa  689    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00381408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03856  protein chain elongation factor EF-Tu (duplicate of tufA)  87.82 
 
 		 394 aa  690    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000229508  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0374  translation elongation factor Tu  87.82 
 
 		 394 aa  689    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155333  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4015  translation elongation factor Tu  87.82 
 
 		 394 aa  690    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000705833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3911  elongation factor Tu  81.06 
 
 		 397 aa  663    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0156728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2183  translation elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  659    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.557033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3773  elongation factor Tu  94.92 
 
 		 394 aa  738    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000180335  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3824  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1059  elongation factor Tu  78.7 
 
 		 396 aa  653    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0877336  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2374  elongation factor Tu  78.7 
 
 		 396 aa  653    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3021  elongation factor Tu  78.99 
 
 		 396 aa  655    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.000000542381  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3041  elongation factor Tu  78.99 
 
 		 396 aa  655    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0080343  normal  0.096278 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4764  elongation factor Tu  88.83 
 
 		 394 aa  702    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4780  elongation factor Tu  88.83 
 
 		 394 aa  702    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253052  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3761  elongation factor Tu  94.92 
 
 		 394 aa  738    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000788214  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0217  elongation factor Tu  94.42 
 
 		 394 aa  748    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0229  elongation factor Tu  94.92 
 
 		 394 aa  752    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0624  translation elongation factor Tu  78.84 
 
 		 397 aa  653    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000430921  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2634  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000354854  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2649  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000546153  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0380  elongation factor Tu  82.28 
 
 		 396 aa  652    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0392  elongation factor Tu  82.28 
 
 		 396 aa  652    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0355  elongation factor Tu  82.53 
 
 		 396 aa  652    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0367  elongation factor Tu  82.53 
 
 		 396 aa  652    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4550  elongation factor Tu  78.59 
 
 		 397 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0141185  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0860  elongation factor Tu  77.72 
 
 		 396 aa  648    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.412967  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0156  elongation factor Tu  99.75 
 
 		 394 aa  800    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000313949  decreased coverage  0.000051786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3756  elongation factor Tu  88.58 
 
 		 394 aa  693    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000175435  decreased coverage  0.00120864 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0190  elongation factor Tu  88.58 
 
 		 394 aa  693    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000235247  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3182  elongation factor Tu  77.22 
 
 		 396 aa  645    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00127613  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3196  elongation factor Tu  77.22 
 
 		 396 aa  645    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0526973  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0391  elongation factor Tu  80.2 
 
 		 396 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.578399  decreased coverage  0.00326089 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0403  elongation factor Tu  80.2 
 
 		 396 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000926456  normal  0.170531 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3186  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000468547  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3778  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3794  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000750152  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2326  elongation factor Tu  77.97 
 
 		 396 aa  650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000632593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2338  elongation factor Tu  77.97 
 
 		 396 aa  650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000797106  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3923  elongation factor Tu  81.06 
 
 		 397 aa  663    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.375909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2723  elongation factor Tu  89.34 
 
 		 394 aa  701    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000408037  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3432  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000234353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3445  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000180875  normal  0.0858427 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3476  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000712008  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0752  elongation factor Tu  80.51 
 
 		 396 aa  673    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.993523  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0765  elongation factor Tu  80.51 
 
 		 396 aa  673    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0667226  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3070  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000360276  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3084  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000577807  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3647  elongation factor Tu  78.54 
 
 		 396 aa  654    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3437  elongation factor Tu  86.77 
 
 		 394 aa  679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000112361  hitchhiker  0.000128836 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0051  elongation factor Tu  80.05 
 
 		 396 aa  667    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000252436  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0039  elongation factor Tu  80.05 
 
 		 396 aa  667    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.00000000135478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3599  elongation factor Tu  78.79 
 
 		 396 aa  655    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0100711  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3797  elongation factor Tu  78.54 
 
 		 396 aa  654    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000312567  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0929  elongation factor Tu  79.85 
 
 		 407 aa  660    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000367222  hitchhiker  0.00313256 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0931  elongation factor Tu  79.85 
 
 		 407 aa  660    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000100695  hitchhiker  0.00709672 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3748  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000373215  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0265  elongation factor Tu  81.27 
 
 		 396 aa  670    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000271632  hitchhiker  0.00214055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0277  elongation factor Tu  81.52 
 
 		 396 aa  671    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000015281  unclonable  0.000000133625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0254  elongation factor Tu  78.28 
 
 		 396 aa  652    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000130058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4449  elongation factor Tu  78.28 
 
 		 396 aa  652    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000257017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0299  elongation factor Tu  79.24 
 
 		 396 aa  655    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000130927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0312  elongation factor Tu  79.24 
 
 		 396 aa  655    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000663244  normal  0.0566649 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0168  elongation factor Tu  93.65 
 
 		 394 aa  727    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000100576  n/a   
 
 
 
NC_009076  BURPS1106A_3806  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222005  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3762  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000000163409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3461  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000474832  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3171  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000406645  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0144  elongation factor Tu  100 
 
 		 394 aa  801    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000195175  normal  0.039031 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0872  elongation factor Tu  77.47 
 
 		 396 aa  647    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3324  elongation factor Tu  77.22 
 
 		 396 aa  646    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3341  elongation factor Tu  77.22 
 
 		 396 aa  646    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0495  elongation factor Tu  83.21 
 
 		 394 aa  687    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4172  elongation factor Tu  94.67 
 
 		 394 aa  719    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000076716  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0717  elongation factor Tu  83.12 
 
 		 398 aa  644    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000389336  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2761  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14554  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2774  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000183999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0603  elongation factor Tu  88.83 
 
 		 394 aa  691    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00291328  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3996  elongation factor Tu  88.83 
 
 		 394 aa  691    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000528557  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0195  elongation factor Tu  87.02 
 
 		 394 aa  678    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000854566  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1644  elongation factor Tu  87.02 
 
 		 394 aa  678    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.416574  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0185  elongation factor Tu  94.42 
 
 		 394 aa  765    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000201579  hitchhiker  0.00891044 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0197  elongation factor Tu  94.67 
 
 		 394 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553237  unclonable  0.0000000000241033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0180  elongation factor Tu  94.42 
 
 		 394 aa  765    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000449049  hitchhiker  0.00322221 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0192  elongation factor Tu  94.92 
 
 		 394 aa  752    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059163  decreased coverage  0.000414976 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1906  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000303162  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1922  elongation factor Tu  79.75 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000951262  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0134  elongation factor Tu  93.15 
 
 		 394 aa  722    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000637762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0146  elongation factor Tu  93.15 
 
 		 394 aa  721    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000378684  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0211  elongation factor Tu  94.64 
 
 		 394 aa  736    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000453651  unclonable  0.00000937964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0201  elongation factor Tu  78.54 
 
 		 396 aa  654    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.590081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0252  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000268752  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0265  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0194583  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08680  elongation factor Tu  81.82 
 
 		 397 aa  667    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000467002  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08830  elongation factor Tu  81.82 
 
 		 397 aa  667    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0517061  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0333  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000426715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0346  elongation factor Tu  80.25 
 
 		 396 aa  662    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0260269  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0185  elongation factor Tu  94.16 
 
 		 394 aa  763    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000202802  normal  0.069078 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0197  elongation factor Tu  94.16 
 
 		 394 aa  763    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000214684  hitchhiker  0.0000000334083 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1325  elongation factor Tu  76.19 
 
 		 399 aa  636    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000100394  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4468  elongation factor Tu  94.67 
 
 		 394 aa  719    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>