More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0078 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0078  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 286 aa  587  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0279  ribokinase-like domain-containing protein  75.09 
 
 		 283 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4799  ribokinase-like domain-containing protein  73.48 
 
 		 279 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00319508 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0268  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  74.46 
 
 		 279 aa  394  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133044 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4458  carbohydrate kinase  74.46 
 
 		 279 aa  393  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0275  PfkB domain protein  72.95 
 
 		 283 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0383  ribokinase-like domain-containing protein  75.18 
 
 		 284 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0267  ribokinase-like domain-containing protein  74.46 
 
 		 279 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045197 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3754  ribokinase-like domain-containing protein  74.1 
 
 		 279 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.415543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4412  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  75.18 
 
 		 279 aa  391  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.209851 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0271  ribokinase-like domain-containing protein  73.31 
 
 		 283 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0278  ribokinase-like domain-containing protein  72.95 
 
 		 283 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.365265  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0098  PfkB  71.12 
 
 		 282 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0077  ribokinase-like domain-containing protein  67.5 
 
 		 281 aa  360  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.775198  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4125  ribokinase-like domain-containing protein  67.86 
 
 		 280 aa  360  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3518  carbohydrate kinase  69.61 
 
 		 292 aa  353  2e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39540  sugar kinase, ribokinase  27.99 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0395  aminoimidazole riboside kinase  29.44 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0581877  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0151  PfkB  26.59 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  27.27 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2905  aminoimidazole riboside kinase  24.48 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00998461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4302  kinase PfkB family  27.27 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4257  kinase, PfkB family  27.27 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4235  kinase, PfkB family  27.27 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  0.927219 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4348  kinase, PfkB family  27.27 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4413  PfkB family kinase  27.27 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0581  PfkB  28.51 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.189374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0351  aminoimidazole riboside kinase  25.98 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.735787  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0283  PfkB domain protein  28.01 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.686629  normal  0.98072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  27.09 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0494  PfkB domain protein  28.85 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.441156  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2872  PfkB  25.4 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.626247 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2477  ribokinase-like domain-containing protein  24.73 
 
 		 307 aa  65.5  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4464  aminoimidazole riboside kinase  25.31 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4395  aminoimidazole riboside kinase  26.42 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0461  PfkB domain protein  27.64 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  19.81 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1494  PfkB domain protein  25 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0243607  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4397  aminoimidazole riboside kinase  26.42 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2019  aminoimidazole riboside kinase  27.78 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0270358  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2615  PfkB domain protein  26.64 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0251  PfkB  28.09 
 
 		 333 aa  62.4  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.214496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  26.44 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4268  PfkB family kinase  24.83 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4283  aminoimidazole riboside kinase  25.52 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5330  kinase, PfkB family  24.83 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.574224 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1498  PfkB domain protein  26.39 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  23.16 
 
 		 424 aa  62  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0980  ribokinase-like domain-containing protein  27.72 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.167032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3592  aminoimidazole riboside kinase  27.73 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000158875 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1228  ribokinase-like domain-containing protein  27.63 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1084  PfkB domain protein  22.3 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2647  aminoimidazole riboside kinase  27.31 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0316  pfkB family carbohydrate kinase  25.53 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7479  ribokinase  26.34 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3378  PfkB domain protein  26.07 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0607501 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3070  PfkB family of carbohydrate kinase  27.97 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0276  PfkB domain protein  22.4 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1626  PfkB domain protein  25 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.124685  normal  0.814532 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2588  PfkB domain-containing protein  25.64 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.02383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2720  PfkB domain protein  27.67 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4043  ribokinase-like domain-containing protein  21.6 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0185  ribokinase  23.74 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000069064  normal  0.0609987 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2566  ribokinase-like domain-containing protein  25.87 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.255946  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1113  PfkB domain protein  21.95 
 
 		 327 aa  59.7  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.941643 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0819  cell division protein FtsA  25.67 
 
 		 328 aa  59.7  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000392808  normal  0.759534 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  32.26 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03768  predicted sugar kinase  24.48 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4103  PfkB domain protein  24.48 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4406  PfkB family kinase  24.48 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2164  PfkB domain protein  25.16 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03717  hypothetical protein  24.48 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  23.67 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2380  ribokinase-like domain-containing protein  26.07 
 
 		 316 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3284  PfkB  24.63 
 
 		 336 aa  58.9  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.469583  normal  0.0441315 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2989  ribokinase-like domain-containing protein  25.36 
 
 		 338 aa  58.9  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7070  PfkB domain protein  28.27 
 
 		 283 aa  58.9  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0189  PfkB family carbohydrate kinase  30.52 
 
 		 339 aa  58.5  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1534  ribokinase-like domain-containing protein  23.99 
 
 		 297 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.260714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4312  aminoimidazole riboside kinase  26.02 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0077  PfkB  25.2 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.273667  normal  0.451983 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0983  PfkB domain protein  28.09 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.143465  normal  0.0284601 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3284  ribokinase-like domain-containing protein  23.02 
 
 		 330 aa  58.5  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000189129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0447  ribokinase-like domain-containing protein  20.93 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  18.73 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2919  PfkB  27.85 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000103669  normal  0.041423 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0100  putative fructokinase  30.74 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.14054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1142  PfkB  24.65 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0676537  normal  0.093061 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  25.52 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  21.86 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0148  ribokinase-like domain-containing protein  25.86 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  18.73 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2979  putative 2-ketogluconate kinase  27.97 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.441094  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  24.67 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  24.67 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0457  PfkB  26.69 
 
 		 333 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  24.67 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  24.32 
 
 		 310 aa  57  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1170  PfkB domain-containing protein  22.46 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0154398  normal  0.362053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  25.53 
 
 		 308 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>