More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3190 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_3196  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  98.39 
 
 
497 aa  1005    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1255  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  75.05 
 
 
509 aa  766    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1070  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.37 
 
 
508 aa  796    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3334  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  98.79 
 
 
497 aa  1011    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  83.33 
 
 
498 aa  821    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  98.39 
 
 
497 aa  1004    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.651177  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.37 
 
 
508 aa  792    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.16 
 
 
508 aa  791    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
497 aa  1018    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1006  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  57.57 
 
 
494 aa  551  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.82 
 
 
504 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1047  GGDEF domain-containing protein  54.16 
 
 
500 aa  514  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.37 
 
 
500 aa  502  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3340  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.96 
 
 
500 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2781  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.37 
 
 
498 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3009  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.53 
 
 
492 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.606625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.48 
 
 
768 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0375  GGDEF domain-containing protein  43.9 
 
 
762 aa  347  3e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93912  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1077  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.65 
 
 
765 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.26 
 
 
776 aa  336  7e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.96 
 
 
768 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  43.72 
 
 
768 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.48 
 
 
775 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3115  putative diguanylate phosphodiesterase  41.06 
 
 
768 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.79 
 
 
768 aa  310  4e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.948422  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.58 
 
 
829 aa  267  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.43 
 
 
793 aa  267  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.41 
 
 
722 aa  267  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2825  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.92 
 
 
651 aa  265  2e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0147323 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01278  Putative signal protein with HAMP, GGDEF and EAL domains  35.94 
 
 
785 aa  264  3e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0804794  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8076  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  35.6 
 
 
693 aa  261  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0411962  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.54 
 
 
1107 aa  261  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  31.99 
 
 
786 aa  260  4e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01685  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  36.39 
 
 
729 aa  259  8e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.95 
 
 
756 aa  257  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.95 
 
 
740 aa  257  4e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.15 
 
 
686 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.584418  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.81 
 
 
730 aa  253  4.0000000000000004e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.18 
 
 
785 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.400189  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.99 
 
 
816 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.97 
 
 
617 aa  253  5.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.14 
 
 
1486 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0913  sensory box protein  32.66 
 
 
782 aa  253  6e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.92 
 
 
687 aa  253  7e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.4 
 
 
779 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.148378 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  33.81 
 
 
925 aa  252  1e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.93 
 
 
1508 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.93 
 
 
1508 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3696  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
747 aa  251  3e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.93 
 
 
1508 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.72 
 
 
1508 aa  249  6e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.27 
 
 
1070 aa  249  9e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.3 
 
 
774 aa  248  1e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0086  PAS:GGDEF  34.51 
 
 
639 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.39 
 
 
826 aa  248  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 
858 aa  248  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 
603 aa  248  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.76 
 
 
790 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.97 
 
 
1209 aa  248  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  32.73 
 
 
760 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.04 
 
 
1209 aa  247  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.54 
 
 
766 aa  247  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.37 
 
 
778 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  32.67 
 
 
1515 aa  246  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.17 
 
 
1109 aa  246  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  34.82 
 
 
1274 aa  246  6.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0242  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.28 
 
 
631 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00436408  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.38 
 
 
643 aa  244  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.82 
 
 
1504 aa  244  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.83 
 
 
743 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.77 
 
 
755 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.8 
 
 
958 aa  243  3.9999999999999997e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.49 
 
 
1499 aa  243  6e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.12 
 
 
720 aa  243  6e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 
1504 aa  243  6e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.96 
 
 
533 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439369  normal  0.12147 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  34.61 
 
 
1502 aa  243  7e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 
683 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.41 
 
 
892 aa  243  7.999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.37 
 
 
1505 aa  242  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  37.79 
 
 
693 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 
694 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.95 
 
 
716 aa  241  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4493  PAS:GGDEF  34.59 
 
 
972 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.267938  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  34.6 
 
 
1063 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  35.1 
 
 
715 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0516  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.65 
 
 
980 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.579103  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4742  RNase II stability modulator  34.61 
 
 
664 aa  241  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.632651  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2945  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.85 
 
 
778 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.28 
 
 
890 aa  241  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  37.02 
 
 
696 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.09 
 
 
947 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.24 
 
 
683 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  37.02 
 
 
696 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.54 
 
 
1511 aa  240  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  33.03 
 
 
604 aa  240  4e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2139  sensory box/GGDEF family protein  32.95 
 
 
577 aa  240  5e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.840805  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.42 
 
 
499 aa  240  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  33.03 
 
 
735 aa  240  5e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  33.25 
 
 
815 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>