126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_27620 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_27620  spermidine synthase  100 
 
 
257 aa  520  1e-146  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.090706  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04160  spermidine synthase  36.51 
 
 
339 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06540  spermidine synthase  39.13 
 
 
248 aa  132  5e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0507  spermine synthase  34.75 
 
 
251 aa  125  7e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0453861  normal  0.458403 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1190  Spermidine synthase-like protein  34.18 
 
 
276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0142358  normal  0.0659665 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3006  hypothetical protein  31.12 
 
 
500 aa  67  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.328168  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1332  spermine synthase  28.14 
 
 
490 aa  61.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.020389 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1526  hypothetical protein  29.21 
 
 
296 aa  60.5  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00973426 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4192  hypothetical protein  32.35 
 
 
516 aa  59.3  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.216811  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0842  Spermine synthase  27.23 
 
 
541 aa  59.3  0.00000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4617  hypothetical protein  28.14 
 
 
287 aa  58.9  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2353  spermidine synthase  30.12 
 
 
307 aa  58.9  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0102  spermidine synthase  26.63 
 
 
261 aa  58.2  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2111  spermidine synthase  32.18 
 
 
255 aa  57.4  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1946  spermidine synthase-like protein  29.95 
 
 
282 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4087  spermidine synthase  35.54 
 
 
296 aa  57  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1075  spermidine synthase  30.56 
 
 
289 aa  56.2  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000310388  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2590  spermidine synthase  30.2 
 
 
280 aa  55.8  0.0000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2255  hypothetical protein  29.95 
 
 
492 aa  55.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  34.15 
 
 
283 aa  54.7  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0628  spermidine synthase  28.46 
 
 
286 aa  54.7  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.414724  normal  0.905176 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13386  spermine/spermidine synthase  24.54 
 
 
275 aa  53.5  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2546  spermidine synthase  27.84 
 
 
291 aa  53.1  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29501  spermidine synthase  28.35 
 
 
286 aa  53.5  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  27.64 
 
 
292 aa  52.8  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2159  hypothetical protein  29.68 
 
 
607 aa  52.8  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1238  spermine synthase  38.68 
 
 
524 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103635 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2229  spermidine synthase  31.76 
 
 
279 aa  52.4  0.000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2030  Spermine synthase  29.65 
 
 
510 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  24.04 
 
 
311 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4705  spermidine synthase  27.78 
 
 
283 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.725574 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1549  hypothetical protein  28.67 
 
 
285 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.837882 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1494  hypothetical protein  30.37 
 
 
285 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0134759  hitchhiker  0.000194556 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  23.65 
 
 
558 aa  50.4  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1704  spermidine synthase-like protein  30.05 
 
 
287 aa  50.8  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.406029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  25.83 
 
 
286 aa  50.8  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0335  spermidine synthase  28.8 
 
 
278 aa  50.1  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  28.33 
 
 
517 aa  50.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0156  spermidine synthase  28.8 
 
 
316 aa  49.7  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.870744  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2794  spermidine synthase  27.91 
 
 
286 aa  49.3  0.00005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  25.73 
 
 
307 aa  49.7  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18161  spermidine synthase  26.36 
 
 
290 aa  49.3  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2836  spermidine synthase  26.23 
 
 
287 aa  49.7  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10680  hypothetical protein  28.36 
 
 
315 aa  49.3  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00411516  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3843  spermidine synthase-like protein  25.77 
 
 
544 aa  49.3  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0695  Spermidine synthase-like protein  25.33 
 
 
271 aa  48.9  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0803  spermine synthase  27.78 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.449448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3220  spermine synthase  27.78 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3323  spermine synthase  27.78 
 
 
247 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1627  spermidine synthase  25.71 
 
 
290 aa  48.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0521  spermidine synthase  26.72 
 
 
293 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  30.06 
 
 
522 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0836  hypothetical protein  27.17 
 
 
258 aa  47.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0173978 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1778  spermidine synthase  28 
 
 
283 aa  47  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.251916  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2411  spermidine synthase  29.32 
 
 
278 aa  47  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  28.69 
 
 
286 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0362  putative spermidine synthase  26.14 
 
 
310 aa  46.6  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  28.69 
 
 
286 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3123  spermidine synthase  25.71 
 
 
283 aa  46.6  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.873579  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1286  spermidine synthase  26.27 
 
 
288 aa  46.2  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2633  spermidine synthase-like  32.61 
 
 
255 aa  46.2  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0667731  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21581  spermidine synthase  26.27 
 
 
288 aa  45.8  0.0006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.703776 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0309  spermidine synthase  28.89 
 
 
271 aa  45.8  0.0006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2425  hypothetical protein  27.21 
 
 
307 aa  46.2  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.503783  normal  0.136801 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1235  spermidine synthase  28.12 
 
 
267 aa  45.8  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.265162 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_15982  predicted protein  33.33 
 
 
332 aa  45.8  0.0007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0283158  normal  0.0285818 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1738  Spermidine synthase-like protein  27.22 
 
 
276 aa  45.4  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0334  putative spermidine synthase  27.61 
 
 
257 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.737223  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  29.17 
 
 
520 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0958  hypothetical protein  27.03 
 
 
270 aa  45.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117269  hitchhiker  0.00182599 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  29.17 
 
 
520 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  29.17 
 
 
520 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3567  spermidine synthase  30.85 
 
 
275 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18761  spermidine synthase  24.38 
 
 
283 aa  45.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.443872  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5405  hypothetical protein  25.5 
 
 
514 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.62211  normal  0.453689 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1979  spermidine synthase  27.2 
 
 
275 aa  45.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000450983  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0206  spermidine synthase  27.01 
 
 
277 aa  44.7  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0182  spermidine synthase  29.03 
 
 
284 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000125359  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3129  spermidine synthase  24.59 
 
 
287 aa  44.7  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00120  spermidine synthase  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3481  spermidine synthase  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013489  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3004  Spermine synthase  26.25 
 
 
551 aa  44.3  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0564  spermidine synthase  33.33 
 
 
293 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0529  spermidine synthase  28.23 
 
 
283 aa  43.9  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27350  hypothetical protein  26.74 
 
 
249 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5605  hypothetical protein  25.5 
 
 
514 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0664947  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18761  spermidine synthase  27.21 
 
 
283 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0918674  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2801  hypothetical protein  25.5 
 
 
514 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  29.09 
 
 
523 aa  44.3  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2313  hypothetical protein  28 
 
 
249 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0125  spermidine synthase  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567912  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0123  spermidine synthase  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.705101  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3103  Spermidine synthase-like protein  26.06 
 
 
280 aa  44.3  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0352418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3538  spermidine synthase  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00580941  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0131  spermidine synthase  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.316229  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0128  spermidine synthase  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2285  putative spermidine synthase  32.31 
 
 
256 aa  44.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.330392  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00119  hypothetical protein  24.59 
 
 
288 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00179737  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1016  spermidine synthase  23.77 
 
 
287 aa  44.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0515  spermidine synthase  28.23 
 
 
283 aa  43.9  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>