More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_03610 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_03610  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  100 
 
 
273 aa  564  1e-160  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1009  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.32 
 
 
282 aa  119  7e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00886439  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1642  ABC transporter, substrate-binding protein  29.79 
 
 
277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.275268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0136  ABC-type amino acid transport systems, periplasmic component  27.72 
 
 
286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0339  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0333  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.24 
 
 
282 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0209533  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2344  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.6 
 
 
280 aa  107  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1619  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.4 
 
 
276 aa  99.8  5e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000231456  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  28.83 
 
 
502 aa  99.4  5e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  28.83 
 
 
502 aa  99.4  6e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0369  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  22.41 
 
 
275 aa  89  9e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0290  ABC transporter, substrate-binding protein  26.3 
 
 
270 aa  85.9  6e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002010  amino acid ABC transporter amino acid-binding portion  26.18 
 
 
248 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000538879  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0671  extracellular solute-binding protein family 3  24.9 
 
 
274 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
263 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  25.58 
 
 
263 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 
263 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4150  extracellular solute-binding protein family 3  26.16 
 
 
268 aa  76.3  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2509  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.18 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000936361  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  26.57 
 
 
257 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  24.44 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00441  ABC amino acid transporter periplasmic component  24.89 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.77 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  23.75 
 
 
265 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0008  putative amino acid ABC transporter,substrate-binding protein  26.5 
 
 
250 aa  71.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00216943  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
259 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.76 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.39 
 
 
489 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  24.05 
 
 
251 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  25.18 
 
 
265 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  24.39 
 
 
489 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  25.1 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 
281 aa  70.5  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  23.83 
 
 
268 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.39 
 
 
489 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.94 
 
 
503 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.17 
 
 
259 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.17 
 
 
259 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.17 
 
 
259 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.17 
 
 
259 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  25.56 
 
 
266 aa  68.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  25.56 
 
 
266 aa  68.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  25.56 
 
 
266 aa  68.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.79 
 
 
503 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0781  amino-acid ABC transporter extracellular-binding protein yckK  25.18 
 
 
252 aa  68.6  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  20.77 
 
 
262 aa  67.8  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.63 
 
 
281 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.57 
 
 
259 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.57 
 
 
259 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
314 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
261 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
260 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
260 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.57 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  23.38 
 
 
290 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  25.65 
 
 
254 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  25.22 
 
 
254 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  24.55 
 
 
256 aa  66.2  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  24.07 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.2 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  21.4 
 
 
252 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  23.86 
 
 
285 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  23.86 
 
 
266 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  20.07 
 
 
259 aa  64.3  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.53 
 
 
260 aa  64.3  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  20.07 
 
 
259 aa  64.3  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.81 
 
 
251 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.91 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.98 
 
 
259 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
300 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  23.34 
 
 
259 aa  63.5  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 
254 aa  63.9  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  33.11 
 
 
276 aa  63.5  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2850  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 
275 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.610403 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 
268 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 
260 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 
247 aa  62.8  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0343212 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.53 
 
 
250 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 
273 aa  62.8  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  25.65 
 
 
255 aa  62.8  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 
249 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  25.75 
 
 
257 aa  62.4  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.38 
 
 
490 aa  62.4  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13330  amino acid-binding protein  26.39 
 
 
291 aa  62.4  0.000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  27.57 
 
 
319 aa  62.4  0.000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  22.38 
 
 
271 aa  62  0.000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
330 aa  62  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.78 
 
 
268 aa  62  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  20.94 
 
 
265 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4191  extracellular solute-binding protein family 3  28.32 
 
 
269 aa  62  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  22.73 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0088  extracellular solute-binding protein family 3  24.02 
 
 
298 aa  61.6  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 
260 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  25.18 
 
 
263 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>