142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2131 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2131  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  100 
 
 
437 aa  870    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0804  cobalamin biosynthesis protein CbiD  41.16 
 
 
410 aa  230  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1716  cobalamin biosynthesis protein CbiD  41.01 
 
 
362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.3857  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0083  cobalamin biosynthesis protein CbiD  32.06 
 
 
361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.25516 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0641  cobalt-precorrin-6A synthase  36.58 
 
 
388 aa  208  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0538699  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2297  cobalt-precorrin-6A synthase  35.28 
 
 
381 aa  207  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.327427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1978  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  39.95 
 
 
489 aa  203  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0557  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  37.86 
 
 
351 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.382508  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0071  cobalt-precorrin-6A synthase  39.73 
 
 
375 aa  199  7e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.328807  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0478  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  35.78 
 
 
369 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2612  cobalt-precorrin-6A synthase  37.47 
 
 
372 aa  194  4e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2396  cobalt-precorrin-6A synthase  33.9 
 
 
363 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3141  cobalt-precorrin-6A synthase  32.13 
 
 
366 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.303875  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2160  cobalt-precorrin-6A synthase  33.18 
 
 
365 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2997  cobalamin biosynthesis protein CbiD  34.61 
 
 
362 aa  189  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1159  cobalt-precorrin-6A synthase  34.37 
 
 
363 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.372959  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2115  cobalt-precorrin-6A synthase  34.54 
 
 
363 aa  188  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.69193  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1021  cobalt-precorrin-6A synthase  34.62 
 
 
365 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3133  cobalt-precorrin-6A synthase  35.51 
 
 
381 aa  187  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1600  cobalt-precorrin-6A synthase  34.37 
 
 
364 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00632738  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1953  cobalt-precorrin-6A synthase  34.54 
 
 
364 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0143798  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1970  cobalt-precorrin-6A synthase  34.54 
 
 
364 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.348164  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1315  cobalamin biosynthesis protein CbiD  40.84 
 
 
403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0676629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4419  cobalt-precorrin-6A synthase  32.61 
 
 
370 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0560665 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1247  cobalt-precorrin-6A synthase  32.46 
 
 
372 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894006  normal  0.951356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2776  cobalt-precorrin-6A synthase  34.19 
 
 
373 aa  184  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0736251 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4879  cobalamin biosynthesis protein CbiD  32.61 
 
 
370 aa  183  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1174  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  37.53 
 
 
449 aa  183  7e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.793158 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4621  cobalt-precorrin-6A synthase  32.97 
 
 
364 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3740  cobalt-precorrin-6A synthase  37.5 
 
 
388 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.72099  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0441  cobalt-precorrin-6A synthase  36.36 
 
 
367 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.246554  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0476  cobalt-precorrin-6A synthase  36.36 
 
 
367 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0602  cobalt-precorrin-6A synthase  33.61 
 
 
365 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.533643  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4887  cobalt-precorrin-6A synthase  32.97 
 
 
364 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151074  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1690  cobalt-precorrin-6A synthase  36.02 
 
 
393 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.189304 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1554  cobalt-precorrin-6A synthase  36.12 
 
 
365 aa  178  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.998598  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3610  cobalamin biosynthesis protein CbiD  35.31 
 
 
356 aa  177  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4709  cobalt-precorrin-6A synthase  33.79 
 
 
364 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1594  cobalt-precorrin-6A synthase  33.78 
 
 
362 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4831  cobalt-precorrin-6A synthase  32.52 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0378133  normal  0.576508 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3544  cobalamin biosynthesis protein CbiD  33.98 
 
 
356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.762429  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0641  cobalt-precorrin-6A synthase  32.24 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1566  cobalt-precorrin-6A synthase  34.77 
 
 
362 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169694  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26470  cobalt-precorrin-6A synthase  34.43 
 
 
366 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000249363  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4479  cobalamin biosynthesis protein CbiD  30.17 
 
 
360 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.065352  normal  0.214546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0568  cobalt-precorrin-6A synthase  32.63 
 
 
413 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5367  cobalt-precorrin-6A synthase  33.25 
 
 
365 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.868467 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2704  cobalt-precorrin-6A synthase  36.56 
 
 
380 aa  169  9e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.197164  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1576  cobalt-precorrin-6A synthase  34.58 
 
 
363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0770059  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2246  cobalt-precorrin-6A synthase  33.33 
 
 
366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.282523  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1268  cobalt-precorrin-6A synthase  32.93 
 
 
411 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1649  cobalt-precorrin-6A synthase  34.23 
 
 
362 aa  166  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.358617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4827  cobalt-precorrin-6A synthase  34.23 
 
 
362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0976791 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1196  cobalt-precorrin-6A synthase  33.96 
 
 
362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530086  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1676  cobalt-precorrin-6A synthase  33.96 
 
 
362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00978786  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0034  cobalamin biosynthesis protein CbiD  31.53 
 
 
369 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0261  cobalt-precorrin-6A synthase  34.34 
 
 
319 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.153251  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1929  cobalt-precorrin-6A synthase  34.81 
 
 
373 aa  163  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0311511  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0210  precorrin-6x reductase/cobalamin biosynthetic protein CbiD  33.01 
 
 
602 aa  162  2e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1088  cobalt-precorrin-6A synthase  31.25 
 
 
365 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.042526  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2080  cobalamin biosynthesis protein  30.77 
 
 
371 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1297  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  31.31 
 
 
392 aa  156  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000854469  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5597  cobalamin biosynthetic protein  36.36 
 
 
357 aa  156  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0631925  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0931  cobalamin biosynthesis protein CbiD  34.12 
 
 
576 aa  155  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.738737  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1286  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  32.17 
 
 
369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3153  cobalt-precorrin-6A synthase  34.29 
 
 
376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.769986  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1290  cobalt-precorrin-6A synthase  31.82 
 
 
373 aa  153  5e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.191656 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0698  cobalt-precorrin-6A synthase  26.49 
 
 
352 aa  153  5e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0309  cobalt-precorrin-6A synthase  29.61 
 
 
366 aa  153  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1009  cobalamin biosynthesis protein CbiD  28.4 
 
 
365 aa  153  7e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0807  cobalamin biosynthesis protein CbiD  34.84 
 
 
353 aa  153  7e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2158  cobalt-precorrin-6A synthase  32.7 
 
 
364 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1887  cobalt-precorrin-6A synthase  32.54 
 
 
368 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3378  cobalt-precorrin-6A synthase  31.41 
 
 
384 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.159325 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1434  cobalt-precorrin-6A synthase  30.83 
 
 
365 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.620217  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1240  cobalt-precorrin-6A synthase  30.56 
 
 
365 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.178409  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2627  cobalt-precorrin-6A synthase  32.9 
 
 
353 aa  150  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.049841  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1856  cobalamin biosynthesis protein CbiD  33.33 
 
 
369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0798  cobalamin biosynthesis protein CbiD  35.1 
 
 
369 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3517  cobalamin biosynthesis protein CbiD  32.69 
 
 
367 aa  147  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.190876 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0565  cobalamin biosynthesis protein CbiD  32.98 
 
 
363 aa  146  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.381814  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2423  cobalt-precorrin-6A synthase  35.11 
 
 
421 aa  147  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.293078  normal  0.546954 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1691  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  32.85 
 
 
349 aa  146  6e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0471998  normal  0.0290062 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2101  cobalamin biosynthesis protein CbiD  27.93 
 
 
382 aa  146  8.000000000000001e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.753139  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2359  cobalamin biosynthesis protein CbiD  33.41 
 
 
371 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2454  cobalt-precorrin-6A synthase  34.76 
 
 
364 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.802766  normal  0.0612278 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0052  cobalamin biosynthesis protein CbiD  32.62 
 
 
359 aa  144  4e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1470  cobalt-precorrin-6A synthase  27.13 
 
 
365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1295  cobalt-precorrin-6A synthase  28.21 
 
 
381 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0622  cobalamin biosynthesis D transmembrane protein  31.68 
 
 
383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3277  cobalt-precorrin-6A synthase  30.68 
 
 
376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2714  cobalt-precorrin-6A synthase  30.05 
 
 
370 aa  137  5e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0358853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2996  cobalt-precorrin-6A synthase  33.51 
 
 
357 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1719  cobalt-precorrin-6A synthase  29.07 
 
 
383 aa  134  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2522  cobalt-precorrin-6A synthase  36.87 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0994742  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1374  cobalamin biosynthesis protein CbiD  25.95 
 
 
385 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3651  cobalamin biosynthesis protein CbiD  31.43 
 
 
358 aa  126  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.880674 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0930  cobalamin biosynthesis protein CbiD  27.08 
 
 
390 aa  125  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000123459 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5729  cobalamin biosynthesis protein CbiD  31.67 
 
 
361 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0518  cobalt-precorrin-6A synthase  27.23 
 
 
369 aa  124  4e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>