More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1583 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1583  ribosomal protein L17  100 
 
 
151 aa  312  9.999999999999999e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.296544  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0723  50S ribosomal protein L17  62.07 
 
 
141 aa  163  8e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.556575  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2830  50S ribosomal protein L17  57.43 
 
 
175 aa  163  9e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.215711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1374  50S ribosomal protein L17  63.87 
 
 
124 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00863011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0734  50S ribosomal protein L17  68.38 
 
 
208 aa  162  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3300  ribosomal protein L17  62.93 
 
 
168 aa  159  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0299881 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0654  50S ribosomal protein L17  61.02 
 
 
178 aa  159  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.686686  hitchhiker  0.0000313712 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2663  50S ribosomal protein L17  63.79 
 
 
140 aa  158  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402474  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2761  ribosomal protein L17  53.9 
 
 
139 aa  156  8e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.336822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1933  50S ribosomal protein L17  59.48 
 
 
140 aa  155  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0721548  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1653  50S ribosomal protein L17P  60.34 
 
 
143 aa  155  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1093  50S ribosomal protein L17  56.72 
 
 
184 aa  155  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0328  50S ribosomal protein L17  59.48 
 
 
138 aa  155  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.997979  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0707  50S ribosomal protein L17  60.66 
 
 
127 aa  155  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951753  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0729  50S ribosomal protein L17  53.68 
 
 
155 aa  154  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0431  50S ribosomal protein L17P  54.74 
 
 
129 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.209959 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1770  50S ribosomal protein L17P  58.62 
 
 
140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.44833  normal  0.342107 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1639  50S ribosomal protein L17  50 
 
 
137 aa  151  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0620252  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2453  50S ribosomal protein L17  51.43 
 
 
138 aa  150  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0612359  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2175  50S ribosomal protein L17  51.43 
 
 
138 aa  150  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.283997 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2991  50S ribosomal protein L17  52.86 
 
 
141 aa  149  8.999999999999999e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0631685  normal  0.808566 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1921  50S ribosomal protein L17  55.64 
 
 
146 aa  149  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.195833  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1011  50S ribosomal protein L17  52.31 
 
 
141 aa  148  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.264601 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0346  50S ribosomal protein L17  61.21 
 
 
133 aa  148  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239558  hitchhiker  0.000393302 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1869  50S ribosomal protein L17  56.03 
 
 
141 aa  147  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0985  50S ribosomal protein L17P  52.82 
 
 
132 aa  147  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.200364  hitchhiker  0.00397846 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1455  50S ribosomal protein L17  56.03 
 
 
140 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.026202  normal  0.30678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1357  50S ribosomal protein L17  55.17 
 
 
140 aa  145  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139721  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04495  50S ribosomal protein L17  59.48 
 
 
127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2138  50S ribosomal protein L17  49.65 
 
 
138 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.968449 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1981  50S ribosomal protein L17  55.17 
 
 
142 aa  145  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0502  50S ribosomal protein L17  59.48 
 
 
132 aa  145  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0079  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
129 aa  144  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1208  50S ribosomal protein L17  55.17 
 
 
142 aa  144  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178196  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1171  50S ribosomal protein L17  55.17 
 
 
142 aa  144  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.198804  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4216  ribosomal protein L17  52.67 
 
 
132 aa  144  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.719281  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2299  ribosomal protein L17  56.9 
 
 
126 aa  144  6e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.244707  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0793  ribosomal protein L17  55.04 
 
 
131 aa  144  6e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0240293  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0399  50S ribosomal protein L17  54.1 
 
 
129 aa  143  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0407  50S ribosomal protein L17  54.1 
 
 
129 aa  143  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0077  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
131 aa  143  9e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000148079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4250  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
125 aa  142  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00366931  unclonable  0.00000000000172 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1570  50S ribosomal protein L17  52.17 
 
 
138 aa  142  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.207942  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2509  50S ribosomal protein L17  51.8 
 
 
139 aa  142  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.745035  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3153  50S ribosomal protein L17  57.76 
 
 
131 aa  142  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1389  50S ribosomal protein L17  49.65 
 
 
138 aa  142  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.814135  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0305  50S ribosomal protein L17P  59.48 
 
 
131 aa  142  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000179668  hitchhiker  0.00147195 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3159  50S ribosomal protein L17  49.29 
 
 
136 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.286053  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3290  50S ribosomal protein L17  57.76 
 
 
131 aa  141  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0280  50S ribosomal protein L17  51.06 
 
 
141 aa  141  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.39249 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0320  ribosomal protein L17  57.76 
 
 
128 aa  140  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1961  50S ribosomal protein L17  57.76 
 
 
158 aa  140  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2992  50S ribosomal protein L17  56.9 
 
 
132 aa  140  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0309  50S ribosomal protein L17  57.98 
 
 
129 aa  140  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27148  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0607  50S ribosomal protein L17  57.98 
 
 
129 aa  140  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000739913  normal  0.71973 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3889  50S ribosomal protein L17  57.98 
 
 
129 aa  140  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000172073  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3270  50S ribosomal protein L17  56.9 
 
 
132 aa  140  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00368321 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2992  50S ribosomal protein L17  47.89 
 
 
142 aa  140  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.40506 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0431  50S ribosomal protein L17  53.19 
 
 
130 aa  140  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3974  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
130 aa  140  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3796  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
130 aa  140  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.571329  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3423  50S ribosomal protein L17  50.35 
 
 
135 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.108892 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0355  50S ribosomal protein L17  55.17 
 
 
124 aa  140  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0525  50S ribosomal protein L17  55.17 
 
 
124 aa  140  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000217625 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2046  50S ribosomal protein L17  56.9 
 
 
164 aa  139  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0786511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03145  50S ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.421971  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0419  ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.341295  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2923  50S ribosomal protein L17  56.9 
 
 
132 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000719961 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3680  50S ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.991397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3488  50S ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00929769  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4518  50S ribosomal protein L17  57.5 
 
 
129 aa  139  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00131046  hitchhiker  0.0000327833 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3777  50S ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0600397  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1918  50S ribosomal protein L17  56.9 
 
 
162 aa  139  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3922  ribosomal protein L17  56.03 
 
 
132 aa  139  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0419  50S ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.193866  hitchhiker  0.000000268324 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3589  50S ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.181819  normal  0.102064 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4616  50S ribosomal protein L17  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00563678  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03096  hypothetical protein  55.3 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.363749  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0349  50S ribosomal protein L17  57.98 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.206274  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4293  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
132 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285077  hitchhiker  0.0000000104065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3725  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
128 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.370234  hitchhiker  0.00549113 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3682  50S ribosomal protein L17  56.2 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3733  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00317992  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0257  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1939  50S ribosomal protein L17  56.03 
 
 
168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3717  50S ribosomal protein L17  56.2 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.321728 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1740  50S ribosomal protein L17  51.08 
 
 
139 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.219561  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3610  50S ribosomal protein L17  56.2 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.60339  normal  0.379851 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3780  50S ribosomal protein L17  56.2 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001716  LSU ribosomal protein L17p  57.76 
 
 
126 aa  139  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000224597  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0484  50S ribosomal protein L17P  56.03 
 
 
137 aa  138  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4664  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
132 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0078942  unclonable  0.00000000898737 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3609  50S ribosomal protein L17  56.2 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0774126  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0386  50S ribosomal protein L17  51.08 
 
 
139 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.592753  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5044  50S ribosomal protein L17  55.17 
 
 
132 aa  138  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00964  50S ribosomal protein L17  56.9 
 
 
133 aa  137  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0291857  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0618  50S ribosomal protein L17  56.03 
 
 
138 aa  137  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2298  50S ribosomal protein L17P  56.9 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0873  50S ribosomal protein L17P  56.41 
 
 
126 aa  137  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802536  normal  0.0321624 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0225  50S ribosomal protein L17  58.62 
 
 
131 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0682368  unclonable  0.0000000000471873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>