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for query gene Sfri_3887 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Alignment on homolog gene

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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_4066  CzcA family heavy metal efflux protein  89.97 
 
 
1017 aa  1832    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4441  CzcA family heavy metal efflux protein  91.84 
 
 
1017 aa  1889    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.883147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0830  CzcA family heavy metal efflux protein  36.6 
 
 
1034 aa  671    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2337  CzcA family heavy metal efflux protein  36.71 
 
 
1046 aa  663    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0037806  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2135  CzcA family heavy metal efflux protein  37.34 
 
 
1034 aa  659    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0043  CzcA family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter permease  36.86 
 
 
1053 aa  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815586  hitchhiker  0.00000942954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2410  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcA  36.3 
 
 
1048 aa  667    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.90909  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1440  heavy metal efflux pump CzcA  35.95 
 
 
1077 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1849  CzcA family heavy metal efflux protein  36.2 
 
 
1062 aa  655    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.188693  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0225  CzcA family heavy metal efflux protein  38.2 
 
 
1040 aa  684    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1239  CzcA family heavy metal efflux protein  39.71 
 
 
1032 aa  716    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1298  CzcA family heavy metal efflux protein  38.58 
 
 
1033 aa  739    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0011  heavy metal efflux pump CzcA  35.76 
 
 
1077 aa  659    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.649062  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3868  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcA (cation efflux system protein CzcA)  36.32 
 
 
1044 aa  655    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2717  RND divalent metal cation efflux transporter CzcA  37.85 
 
 
1051 aa  715    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.300642  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2720  CzcA family heavy metal efflux protein  53 
 
 
1016 aa  1021    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.541366  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00409  putative cation efflux system transmembrane protein  39.06 
 
 
1049 aa  664    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0305789  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1525  CzcA family heavy metal efflux protein  35.95 
 
 
1077 aa  664    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0493  cation efflux system transmembrane protein  37.1 
 
 
1064 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1943  cation efflux system protein CzcA  62.17 
 
 
1024 aa  1252    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.166034  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1959  putative RND efflux system protein  36.53 
 
 
1038 aa  641    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3918  CzcA family heavy metal efflux protein  45.71 
 
 
1038 aa  880    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00256702  normal  0.0818754 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4081  CzcA family heavy metal efflux protein  35.29 
 
 
1082 aa  639    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0375  cation efflux family protein  36.85 
 
 
1053 aa  685    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1029  heavy metal efflux pump CzcA  35.67 
 
 
1077 aa  657    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0434658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2709  CzcA family heavy metal efflux protein  50.69 
 
 
1031 aa  972    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3887  heavy metal efflux pump, CzcA family protein  100 
 
 
1017 aa  2035    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1512  cation efflux protein  35.39 
 
 
1455 aa  645    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.631882  normal  0.42011 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2371  HelA protein  37.32 
 
 
1049 aa  682    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1046  HelA protein  36.08 
 
 
1052 aa  657    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3951  CzcA family heavy metal efflux protein  89.97 
 
 
1017 aa  1831    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4803  heavy metal efflux pump CzcA  36.49 
 
 
1054 aa  678    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.791013  decreased coverage  0.00147418 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0296  heavy metal efflux pump CzcA  40.43 
 
 
1036 aa  701    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.100092  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3712  CzcA family heavy metal efflux protein  51.45 
 
 
1023 aa  969    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0099  CzcA family heavy metal efflux protein  91.64 
 
 
1017 aa  1885    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2252  heavy metal efflux pump CzcA  36.33 
 
 
1032 aa  660    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3369  CzcA family heavy metal efflux protein  35.51 
 
 
1060 aa  653    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957207  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2626  heavy metal efflux pump CzcA  36.61 
 
 
1032 aa  668    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.516302 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2801  heavy metal efflux pump CzcA  52.61 
 
 
1028 aa  984    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.702528  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3984  CzcA family heavy metal efflux protein  35.92 
 
 
1069 aa  641    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.544325  normal  0.398907 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3804  heavy metal efflux pump CzcA  39.03 
 
 
1038 aa  689    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.314763  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3968  heavy metal efflux pump CzcA  36.2 
 
 
1075 aa  682    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108456  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5655  heavy metal efflux pump CzcA  47.03 
 
 
1037 aa  912    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657207  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0143  heavy metal efflux pump CzcA  50.85 
 
 
1023 aa  931    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.609125  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1327  heavy metal efflux pump CzcA  37.55 
 
 
1059 aa  696    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.808518  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1457  heavy metal efflux pump CzcA  36.24 
 
 
1066 aa  642    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.40317  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0031  heavy metal efflux pump CzcA  35.95 
 
 
1077 aa  663    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399372  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0153  heavy metal efflux pump  38.02 
 
 
1045 aa  677    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1340  heavy metal efflux pump  35.66 
 
 
1047 aa  652    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.197837  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1418  heavy metal efflux pump  36.65 
 
 
1062 aa  663    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.765902  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0614  CzcA family heavy metal efflux protein  36.78 
 
 
1069 aa  665    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3621  heavy metal efflux pump CzcA  36.4 
 
 
1050 aa  683    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.099788  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3766  CzcA family heavy metal efflux protein  87.61 
 
 
1017 aa  1770    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2431  CzcA family heavy metal efflux protein  36.6 
 
 
1070 aa  684    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2506  CzcA family heavy metal efflux protein  36.23 
 
 
1054 aa  665    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.213687  normal  0.043274 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3509  heavy metal efflux pump CzcA  36.18 
 
 
1034 aa  664    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0008  heavy metal efflux pump CzcA  50.74 
 
 
1028 aa  989    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1428  heavy metal efflux pump CzcA  35.9 
 
 
1065 aa  658    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.905049  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1856  heavy metal efflux pump CzcA  36.92 
 
 
1064 aa  665    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2011  heavy metal efflux pump CzcA  46.62 
 
 
1021 aa  952    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1113  heavy metal efflux pump CzcA  39.52 
 
 
1040 aa  745    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0401  heavy metal efflux pump CzcA  35.76 
 
 
1077 aa  659    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0626006  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1680  CzcA family heavy metal efflux protein  48.85 
 
 
1042 aa  935    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2108  heavy metal efflux pump CzcA  37.25 
 
 
1058 aa  640    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1375  heavy metal efflux pump CzcA  36.08 
 
 
1077 aa  664    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1020  heavy metal efflux pump CzcA  38.48 
 
 
1022 aa  674    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31010  putative cation efflux system protein  36.85 
 
 
1045 aa  650    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160016  unclonable  6.07631e-21 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4294  heavy metal efflux pump CzcA  50.05 
 
 
1026 aa  956    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200453  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1177  CzcA family heavy metal efflux protein  36.72 
 
 
1048 aa  674    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4301  CzcA family heavy metal efflux protein  91.64 
 
 
1017 aa  1887    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1087  CzcA family heavy metal efflux protein  36.37 
 
 
1061 aa  668    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1955  cation efflux system protein  37.32 
 
 
1043 aa  676    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.180895  normal  0.172462 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3768  Co/Zn/Cd efflux system membrane component  36.52 
 
 
1038 aa  662    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.799569 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0504  heavy metal efflux pump CzcA  40.52 
 
 
1031 aa  779    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3679  CzcA family heavy metal efflux protein  36.6 
 
 
1070 aa  684    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0973587  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2551  heavy metal efflux pump CzcA  35.95 
 
 
1040 aa  660    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2566  heavy metal efflux pump CzcA  36.08 
 
 
1046 aa  647    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.609364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4763  CzcA family heavy metal efflux protein  39.16 
 
 
1029 aa  746    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0261947  normal  0.80493 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0707  RND heavy metal efflux pump, CzcA subunit  35.39 
 
 
1083 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768299  normal  0.553477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3285  CzcA family heavy metal efflux protein  36.21 
 
 
1048 aa  666    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.571532 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2144  heavy metal efflux pump CzcA  36.21 
 
 
1070 aa  648    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.212316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3341  heavy metal efflux pump CzcA  36.68 
 
 
1070 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.197745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3646  heavy metal efflux pump CzcA  36.62 
 
 
1056 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4188  heavy metal efflux pump CzcA  49.85 
 
 
1026 aa  962    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.809737 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4684  heavy metal efflux pump CzcA  36.6 
 
 
1070 aa  684    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4533  heavy metal efflux pump CzcA  35.57 
 
 
1069 aa  655    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1850  heavy metal efflux pump CzcA  36.49 
 
 
1072 aa  663    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.252043  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0057  CzcA family heavy metal efflux protein  36.86 
 
 
1053 aa  704    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.899246  hitchhiker  0.00920883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1968  CzcA family heavy metal efflux protein  38.26 
 
 
1040 aa  704    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126074  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5980  heavy metal resistance protein CzcA  36.76 
 
 
1063 aa  672    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000345716  normal  0.120659 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1716  CzcA family heavy metal efflux protein  37.09 
 
 
1062 aa  687    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.735829 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1181  heavy metal efflux pump CzcA  35.76 
 
 
1077 aa  659    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.263304  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3360  CzcA family heavy metal efflux protein  35.89 
 
 
1032 aa  668    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.159877  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3011  heavy metal efflux pump CzcA  50.33 
 
 
1009 aa  864    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0135257 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4123  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmyA  39.86 
 
 
1023 aa  719    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4468  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmuA  36.76 
 
 
1043 aa  676    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.186725  normal  0.0193618 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3858  CzcA family heavy metal efflux protein  90.07 
 
 
1017 aa  1832    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2358  RND OM permease  36.34 
 
 
1061 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.650016  normal 
 
 
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NC_009485  BBta_6240  putative cation efflux system protein  49.7 
 
 
1025 aa  944    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009092  Shew_3356  CzcA family heavy metal efflux protein  35.46 
 
 
1076 aa  639    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0717317  decreased coverage  0.000585076 
 
 
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