59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3845 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0365  major facilitator superfamily permease  83.37 
 
 
474 aa  795    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0359  major facilitator transporter  80.38 
 
 
471 aa  751    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0357  major facilitator transporter  81.78 
 
 
472 aa  752    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0271  hypothetical protein  76.55 
 
 
491 aa  733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3806  major facilitator transporter  82.94 
 
 
495 aa  785    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0364  major facilitator transporter  82.21 
 
 
472 aa  758    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3845  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
476 aa  961    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0334  twin-arginine translocation pathway signal  82.72 
 
 
474 aa  785    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3609  twin-arginine translocation pathway signal  82.72 
 
 
474 aa  785    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3428  major facilitator transporter  72.38 
 
 
482 aa  634    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0367  major facilitator superfamily MFS_1  82.21 
 
 
472 aa  755    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000109722 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0794  major facilitator transporter  31.42 
 
 
461 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_781  hypothetical protein  31.35 
 
 
461 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0909  hypothetical protein  30.79 
 
 
440 aa  169  1e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.765839  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2212  hypothetical protein  27.54 
 
 
490 aa  130  5.0000000000000004e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.814869  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5054  major facilitator superfamily MFS_1  25.4 
 
 
462 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0102448  normal  0.0163601 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5596  major facilitator superfamily MFS_1  26.37 
 
 
531 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0855834  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1763  major facilitator superfamily MFS_1  28.4 
 
 
453 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455527  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5604  major facilitator superfamily MFS_1  28.89 
 
 
457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.638903  normal  0.244185 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2034  major facilitator transporter  26.46 
 
 
504 aa  106  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2087  major facilitator superfamily MFS_1  24.5 
 
 
446 aa  105  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000442741  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2443  major facilitator superfamily MFS_1  24.32 
 
 
457 aa  94  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000052902  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1712  major facilitator superfamily MFS_1  27.69 
 
 
445 aa  90.9  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.200643  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1339  major facilitator superfamily MFS_1  24.77 
 
 
471 aa  89.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1005  major facilitator superfamily MFS_1  22.28 
 
 
446 aa  89.4  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000760178  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0793  major facilitator transporter  26.72 
 
 
482 aa  85.9  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320766 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0201  major facilitator superfamily MFS_1  28 
 
 
402 aa  78.2  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.196345  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0874  major facilitator transporter  22.84 
 
 
450 aa  77.8  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1691  major facilitator transporter  27.03 
 
 
445 aa  76.6  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000499428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1748  major facilitator transporter  27.05 
 
 
444 aa  75.9  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0189374  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0373  major facilitator transporter  23.26 
 
 
459 aa  73.6  0.000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.259758  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0682  major facilitator transporter  23.14 
 
 
454 aa  72.8  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0184  major facilitator transporter  25.47 
 
 
470 aa  73.2  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.012641 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0355  major facilitator transporter  22.99 
 
 
459 aa  72.4  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720237  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0984  major facilitator superfamily MFS_1  24.88 
 
 
391 aa  72.4  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0902256  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2800  hypothetical protein  23.9 
 
 
397 aa  67.4  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1194  major facilitator superfamily MFS_1  25.75 
 
 
405 aa  66.6  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1862  major facilitator transporter  24.15 
 
 
440 aa  65.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144262  normal  0.586915 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3236  major facilitator superfamily MFS_1  22.42 
 
 
513 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.113654 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0968  major facilitator superfamily protein  21.45 
 
 
468 aa  64.7  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.623645  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0397  hypothetical protein  25.81 
 
 
422 aa  64.7  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0195929  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1458  major facilitator transporter  23.86 
 
 
480 aa  63.5  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0029  major facilitator superfamily MFS_1  24.06 
 
 
427 aa  59.7  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2056  major facilitator transporter  21.72 
 
 
413 aa  55.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000877049  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0233  major facilitator superfamily MFS_1  22.22 
 
 
457 aa  55.8  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2462  major facilitator transporter  23.17 
 
 
446 aa  53.5  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4967  major facilitator transporter  22.93 
 
 
440 aa  50.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.880384  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  31.21 
 
 
416 aa  49.3  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3349  major facilitator transporter  22.31 
 
 
441 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1791  major facilitator superfamily MFS_1  25.75 
 
 
420 aa  48.1  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1907  major facilitator transporter  21.69 
 
 
469 aa  47.4  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000193036  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0167  major facilitator transporter  22.38 
 
 
415 aa  46.6  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000230184  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  31.78 
 
 
392 aa  44.3  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2661  major facilitator transporter  27.03 
 
 
437 aa  43.9  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2737  hypothetical protein  27.89 
 
 
435 aa  43.9  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.55543  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4976  major facilitator transporter  26.45 
 
 
414 aa  43.5  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0165  major facilitator transporter  21.68 
 
 
415 aa  43.5  0.008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000668995  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1774  major facilitator superfamily permease  24.55 
 
 
404 aa  43.5  0.008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000179467 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  23.7 
 
 
424 aa  43.1  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>