More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3747 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0548  type II secretion system protein  84.69 
 
 
406 aa  706    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00110848  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0458  MSHA biogenesis protein MshG  80.05 
 
 
406 aa  687    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.954592  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4413  type II secretion system protein  84.94 
 
 
406 aa  727    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00834233  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4108  MSHA biogenesis protein MshG  85.93 
 
 
406 aa  715    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0488  type II secretion system protein  85.43 
 
 
406 aa  713    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00834812  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3764  type II secretion system protein  83.95 
 
 
406 aa  697    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000373455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0509  type II secretion system protein  85.43 
 
 
406 aa  713    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.013646  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0512  type II secretion system protein  85.43 
 
 
406 aa  714    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0331644  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3831  type II secretion system protein  85.68 
 
 
406 aa  715    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00398408  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3343  type II secretion system protein  84.2 
 
 
405 aa  708    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000142203  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3482  type II secretion system protein  84.44 
 
 
406 aa  727    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0250781  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0393  type II secretion system protein  81.73 
 
 
405 aa  698    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0470  type II secretion system protein  84.94 
 
 
406 aa  712    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3747  type II secretion system protein  100 
 
 
404 aa  831    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0564  type II secretion system protein  86.17 
 
 
406 aa  714    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3659  type II secretion system protein  84.94 
 
 
406 aa  730    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151178  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0174  type II secretion system protein  54.68 
 
 
405 aa  480  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00255  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshG (pilus type IV)  55.47 
 
 
411 aa  455  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002372  MSHA biogenesis protein MshG  50.86 
 
 
407 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0406716  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0473  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin protein  51.35 
 
 
408 aa  448  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.615107  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03694  hypothetical protein  50.25 
 
 
407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4572  MSHA biogenesis protein MshG  55.88 
 
 
408 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0757  type II secretion system protein  48.12 
 
 
409 aa  418  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.659493  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2824  MSHA biogenesis protein MshG  49.63 
 
 
407 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1139  MSHA biogenesis protein MshG  48.27 
 
 
406 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0753  type II secretory pathway component PulF  43.78 
 
 
407 aa  374  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347223  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0325  type II secretion system protein  43.64 
 
 
406 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0496164  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0389  general secretory pathway protein F  43.38 
 
 
408 aa  360  3e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000589087  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3361  type II secretion system protein  45.72 
 
 
412 aa  359  5e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3270  general secretory pathway protein F  44.31 
 
 
406 aa  355  1e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.741471  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0880  type II secretion system protein  42.04 
 
 
406 aa  350  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.12464 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3098  type II secretion system protein  40.39 
 
 
412 aa  325  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1029  type II secretion system protein  33 
 
 
405 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.142759 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  33.33 
 
 
403 aa  254  3e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  32.92 
 
 
401 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1793  type II secretion system protein  31.94 
 
 
408 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.88206 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  33.25 
 
 
405 aa  252  7e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  34.07 
 
 
409 aa  251  1e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  30.96 
 
 
408 aa  249  4e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2560  type II secretion system protein  32.83 
 
 
403 aa  249  4e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  34.75 
 
 
406 aa  249  5e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  32.76 
 
 
404 aa  249  6e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  31.36 
 
 
406 aa  248  9e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  33.25 
 
 
405 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  33.66 
 
 
410 aa  247  2e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  30.35 
 
 
406 aa  247  3e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  30.25 
 
 
405 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1506  type II secretion system protein  31.28 
 
 
403 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000781072  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  31.5 
 
 
405 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  32.51 
 
 
407 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  30.25 
 
 
405 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  31.48 
 
 
410 aa  244  1.9999999999999999e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  32.92 
 
 
403 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  31.8 
 
 
406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  32.02 
 
 
405 aa  244  3e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  32.59 
 
 
408 aa  244  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  30.94 
 
 
409 aa  243  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  31.67 
 
 
408 aa  243  6e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  32 
 
 
402 aa  243  6e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  31.62 
 
 
404 aa  243  6e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  30 
 
 
417 aa  242  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1997  Type II secretion system F domain protein  31.11 
 
 
407 aa  242  1e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  31.7 
 
 
405 aa  241  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  31.54 
 
 
406 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2610  general secretion pathway protein F  30.71 
 
 
412 aa  240  4e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.906322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  29.34 
 
 
409 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  33.08 
 
 
411 aa  239  9e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  30.35 
 
 
405 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1723  Type II secretion system F domain protein  31.22 
 
 
409 aa  238  1e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  29.75 
 
 
417 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1759  type II secretion system protein  31.17 
 
 
401 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  29.5 
 
 
417 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  30.81 
 
 
407 aa  237  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1164  type II secretion system protein  32.92 
 
 
403 aa  237  3e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.754392  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  30.75 
 
 
405 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  31 
 
 
405 aa  236  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1968  Type II secretion system F domain-containing protein  32.25 
 
 
407 aa  236  6e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1036  type II secretion system protein  32.17 
 
 
401 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0992  type II secretion system protein  33.42 
 
 
433 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  32.35 
 
 
409 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  30.85 
 
 
405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4184  type II secretion system protein  31.36 
 
 
404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.130479 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  30.63 
 
 
410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  31 
 
 
419 aa  234  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  29.29 
 
 
419 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  29.75 
 
 
405 aa  232  7.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  33.66 
 
 
405 aa  232  7.000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1105  type II secretion system protein  30.35 
 
 
404 aa  232  9e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0187302  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  31.77 
 
 
404 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  29.78 
 
 
407 aa  232  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  31.77 
 
 
404 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  30.96 
 
 
405 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  30.45 
 
 
402 aa  230  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1552  type II secretion system protein  30 
 
 
402 aa  230  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0298839 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  29.53 
 
 
416 aa  230  3e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.874552 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0407  type II secretion system protein  31.49 
 
 
419 aa  230  4e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1824  Type II secretion system F domain protein  31.28 
 
 
409 aa  229  5e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.608306  normal  0.597079 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2569  type II secretion system protein F  30.77 
 
 
401 aa  229  5e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  29.9 
 
 
417 aa  229  7e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1409  type II secretion system protein  29.98 
 
 
405 aa  228  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>