263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3737 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3737  rod shape-determining protein MreC  100 
 
 
320 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00218266  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0404  rod shape-determining protein MreC  78.44 
 
 
293 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00230654  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0575  rod shape-determining protein MreC  68.97 
 
 
334 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000194769  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0519  rod shape-determining protein MreC  69.64 
 
 
336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000295389  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0523  rod shape-determining protein MreC  69.64 
 
 
336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0013052  normal  0.369074 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0498  rod shape-determining protein MreC  69.64 
 
 
336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000920661  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3821  rod shape-determining protein MreC  79.86 
 
 
338 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3333  rod shape-determining protein MreC  77.78 
 
 
294 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0190345  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3647  rod shape-determining protein MreC  73.36 
 
 
353 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0178406  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0559  rod shape-determining protein MreC  73.24 
 
 
298 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0551516  normal  0.419374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3471  rod shape-determining protein MreC  73.62 
 
 
353 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0021778  normal  0.815632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0480  rod shape-determining protein MreC  73.62 
 
 
353 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.589731  normal  0.326651 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4401  rod shape-determining protein MreC  78.15 
 
 
298 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00873954  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0468  rod shape-determining protein MreC  76.58 
 
 
309 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.077697  normal  0.642042 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4097  rod shape-determining protein MreC  76.79 
 
 
355 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3753  rod shape-determining protein MreC  73.61 
 
 
295 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000670381  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002384  rod shape-determining protein MreC  48.73 
 
 
299 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0567209  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03684  rod shape-determining protein MreC  47.55 
 
 
296 aa  266  4e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4559  rod shape-determining protein MreC  46.21 
 
 
291 aa  261  8.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1126  rod shape-determining protein MreC  41.59 
 
 
351 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.16039  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3676  rod shape-determining protein MreC  45.23 
 
 
414 aa  253  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00252425  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0399  rod shape-determining protein MreC  49.12 
 
 
331 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.216027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1197  rod shape-determining protein MreC  49.12 
 
 
331 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000315493  hitchhiker  0.00816148 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0466  rod shape-determining protein MreC  49.12 
 
 
331 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0018954  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0184  rod shape-determining protein MreC  47.06 
 
 
286 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00341566  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2835  rod shape-determining protein MreC  44.37 
 
 
296 aa  241  9e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000140817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4410  rod shape-determining protein MreC  45.09 
 
 
334 aa  236  6e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000283267  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0857  rod shape-determining protein MreC  40.62 
 
 
328 aa  235  8e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3834  rod shape-determining protein MreC  43.75 
 
 
383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0283563  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0484  rod shape-determining protein MreC  42.91 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116086  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5094  rod shape-determining protein MreC  44.53 
 
 
329 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00265  rod shape-determining protein MreC  47.92 
 
 
277 aa  233  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0246577  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58130  rod shape-determining protein MreC  44.53 
 
 
330 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.317249  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12660  rod shape-determining protein MreC  42.8 
 
 
318 aa  231  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3686  rod shape-determining protein MreC  46.23 
 
 
338 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000135967  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0839  rod shape-determining protein MreC  42.12 
 
 
362 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.237231  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4471  rod shape-determining protein MreC  42.21 
 
 
359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712319  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3281  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
361 aa  226  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000057378  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4566  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
367 aa  225  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000293229  normal  0.735878 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3733  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
367 aa  225  7e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03109  cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreC  47.41 
 
 
367 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0457  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
367 aa  225  8e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000354374  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03060  hypothetical protein  47.41 
 
 
367 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00317154  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3439  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
367 aa  225  8e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000626675  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0457  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
367 aa  225  8e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00301189  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3545  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
367 aa  225  8e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000398804  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4162  rod shape-determining protein MreC  41.87 
 
 
357 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2239  rod shape-determining protein MreC  42.07 
 
 
317 aa  225  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0934  rod shape-determining protein MreC  39.87 
 
 
332 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3671  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
350 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.208863  normal  0.389982 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3564  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
350 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00821336  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3733  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
350 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0325244  normal  0.0423358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3565  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
350 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.145579  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3636  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
350 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0150726  hitchhiker  0.00366072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0941  rod shape-determining protein MreC  42.29 
 
 
325 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4281  rod shape-determining protein MreC  43.12 
 
 
333 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535486  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0974  rod shape-determining protein MreC  40.13 
 
 
330 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261547  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0264  rod shape-determining protein MreC  46.04 
 
 
327 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.032676  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0253  rod shape-determining protein MreC  47.41 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00109654  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3191  rod shape-determining protein MreC  42.49 
 
 
254 aa  213  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0011283  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1123  rod shape-determining protein MreC  38.29 
 
 
326 aa  212  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.274072 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0101  rod shape-determining protein MreC  40.52 
 
 
300 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0048  rod shape-determining protein MreC  41.52 
 
 
288 aa  202  4e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0329  rod shape-determining protein MreC  43.53 
 
 
292 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.134678  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1006  rod shape-determining protein MreC  39.02 
 
 
281 aa  200  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1938  rod shape-determining protein MreC  39.77 
 
 
267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368183  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2727  rod shape-determining protein MreC  41.85 
 
 
243 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00760389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0513  rod shape-determining protein MreC  41.31 
 
 
286 aa  192  7e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0115  rod shape-determining protein MreC  36.13 
 
 
311 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0514  rod shape-determining protein MreC  39.18 
 
 
292 aa  188  1e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000273535  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0170  rod shape-determining protein MreC  43.59 
 
 
310 aa  186  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0874  rod shape-determining protein MreC  38.66 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0845  rod shape-determining protein MreC  38.66 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2492  rod shape-determining protein MreC  37.17 
 
 
310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.248024  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1647  rod shape-determining protein MreC  38.83 
 
 
292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000765813  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0237  rod shape-determining protein MreC  40.82 
 
 
292 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0588  rod shape-determining protein MreC  37.93 
 
 
316 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0508667  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0669  rod shape-determining protein MreC  37.93 
 
 
316 aa  167  2e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.111553  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0077  rod shape-determining protein MreC  34.38 
 
 
324 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3453  rod shape-determining protein MreC  35.88 
 
 
407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.968542  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6462  rod shape-determining protein MreC  37.08 
 
 
355 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0052  rod shape-determining protein MreC  31.23 
 
 
336 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0155006  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2022  rod shape-determining protein MreC  30.37 
 
 
311 aa  156  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.102546  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1631  rod shape-determining protein MreC  35.04 
 
 
282 aa  155  8e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.017053  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0180  rod shape-determining protein MreC  34.83 
 
 
357 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.841992  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0161  rod shape-determining protein MreC  34.83 
 
 
357 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.749008  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0365  rod shape-determining protein MreC  34.83 
 
 
357 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0169  rod shape-determining protein MreC  34.83 
 
 
357 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3127  rod shape-determining protein MreC  35.58 
 
 
358 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2497  rod shape-determining protein MreC  35.58 
 
 
358 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.401568  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2373  rod shape-determining protein MreC  34.83 
 
 
357 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.729262  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3111  rod shape-determining protein MreC  35.58 
 
 
358 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2293  rod shape-determining protein MreC  34.83 
 
 
357 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2786  rod shape-determining protein MreC  34.83 
 
 
357 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0051  rod shape-determining protein MreC  33.94 
 
 
367 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0145  rod shape-determining protein MreC  34.46 
 
 
359 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.811267  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3108  rod shape-determining protein MreC  35.58 
 
 
367 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.988939  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4399  rod shape-determining protein MreC  35.21 
 
 
369 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0325  rod shape-determining protein MreC  34.46 
 
 
369 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3049  rod shape-determining protein MreC  35.58 
 
 
356 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>