32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3692 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3692  outer membrane porin  100 
 
 		 417 aa  854    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3385  outer membrane porin  49.64 
 
 		 412 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2788  outer membrane porin  50 
 
 		 413 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.149615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1155  outer membrane porin  50.36 
 
 		 413 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.864338  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3175  outer membrane porin  49.64 
 
 		 420 aa  404  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.442937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1456  hypothetical protein  22.95 
 
 		 450 aa  70.5  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0734  outer membrane porin  23.76 
 
 		 384 aa  64.3  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.536638  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1991  hypothetical protein  26.77 
 
 		 428 aa  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0954759  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1660  outer membrane porin  26.77 
 
 		 428 aa  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.448938 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0469  outer membrane porin  24.67 
 
 		 432 aa  62.4  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000534788  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1540  outer membrane porin  25.95 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000339272  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4147  outer membrane porin  23.54 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.17719 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0366  outer membrane porin  26.52 
 
 		 403 aa  57  0.0000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000502534  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0715  outer membrane porin  24.48 
 
 		 451 aa  55.5  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0142723  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  23.36 
 
 		 416 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  24.34 
 
 		 416 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  22.7 
 
 		 416 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  25.15 
 
 		 467 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  22.7 
 
 		 416 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0474  outer membrane porin  27.27 
 
 		 407 aa  48.5  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000458474  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  24.39 
 
 		 424 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0137  hypothetical protein  23.47 
 
 		 447 aa  47  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0760948  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  23.37 
 
 		 423 aa  47  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0307  hypothetical protein  25.77 
 
 		 280 aa  46.2  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000284732  decreased coverage  0.00000657786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  22.58 
 
 		 423 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  22.58 
 
 		 427 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0019  outer membrane porin  26.87 
 
 		 402 aa  46.2  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00360128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  24.08 
 
 		 472 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3627  outer membrane porin  21.23 
 
 		 435 aa  43.9  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1215  outer membrane porin  22.25 
 
 		 442 aa  43.5  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000387662  hitchhiker  0.0000000148872 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1497  hypothetical protein  22.25 
 
 		 442 aa  43.5  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.291485  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  29.06 
 
 		 459 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>