34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3176 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3176  putative lipoprotein  100 
 
 
267 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0757  putative lipoprotein  47.96 
 
 
257 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4369  putative lipoprotein  51.14 
 
 
251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4759  putative lipoprotein  45.02 
 
 
252 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000136687 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0035  putative lipoprotein  49.33 
 
 
256 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0138  putative lipoprotein  42.91 
 
 
258 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0143  putative lipoprotein  47.11 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.395168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0138  putative lipoprotein  46.67 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0135  putative lipoprotein  48.66 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0150  putative lipoprotein  46.82 
 
 
258 aa  182  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0141  putative lipoprotein  45 
 
 
257 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0143  lipoprotein, putative  44.69 
 
 
261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0144  putative lipoprotein  44.8 
 
 
260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4215  putative lipoprotein  44.25 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0140  putative lipoprotein  44.8 
 
 
260 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0820  putative lipoprotein  38.66 
 
 
258 aa  142  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1718  hypothetical protein  28.94 
 
 
298 aa  77.4  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.384041  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0875  hypothetical protein  22.77 
 
 
417 aa  56.2  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3130  hypothetical protein  25.55 
 
 
290 aa  55.1  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4644  hypothetical protein  25.71 
 
 
350 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000513005  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4871  hypothetical protein  25.94 
 
 
347 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.723633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2084  hypothetical protein  23.03 
 
 
281 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.432266  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0285  hypothetical protein  30.51 
 
 
296 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0974  hypothetical protein  23.84 
 
 
297 aa  51.2  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.765905  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1909  hypothetical protein  24 
 
 
308 aa  50.4  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3320  hypothetical protein  25.25 
 
 
277 aa  48.9  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0213  hypothetical protein  24.42 
 
 
350 aa  48.1  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35900  hypothetical protein  25.9 
 
 
348 aa  48.1  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.511765 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0961  hypothetical protein  23.57 
 
 
281 aa  48.1  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0391044  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4409  hypothetical protein  24.55 
 
 
274 aa  45.8  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0279913  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01218  hypothetical protein  28.65 
 
 
276 aa  43.5  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.14576  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4525  peptidase S7  24.41 
 
 
417 aa  43.5  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0337  hypothetical protein  24.81 
 
 
280 aa  43.5  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0544392  decreased coverage  0.00047063 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3530  hypothetical protein  30.94 
 
 
302 aa  42.7  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>