42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3116 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3116  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 267 aa  553  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0569329  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3729  polysaccharide deacetylase family protein  71.9 
 
 		 259 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.426914  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0677  chitooligosaccharide deacetylase-like  36.55 
 
 		 267 aa  178  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.457424  unclonable  0.0000000136805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0355  polysaccharide deacetylase  34.87 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1907  polysaccharide deacetylase  32.54 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6253  polysaccharide deacetylase  29.93 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.808766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1240  bifunctional xylanase/esterase; CBM9 module, glycoside hydrolase family 8 protein and carbohydrate esterase family 4 protein  23.66 
 
 		 1748 aa  64.7  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.267391  normal  0.341436 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1842  putative polysaccharide deacetylase  28.1 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3501  putative polysaccharide deacetylase  26.45 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1683  polysaccharide deacetylase; chitooligosaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.381461  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1836  polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1702  polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1880  putative polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1658  polysaccharide deacetylase; chitooligosaccharide deacetylase  24.79 
 
 		 234 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1924  polysaccharide deacetylase, putative  25.62 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.267114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2571  polysaccharide deacetylase  23.97 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1074  polysaccharide deacetylase  26.85 
 
 		 320 aa  50.1  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0121745  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1187  polysaccharide deacetylase  26.45 
 
 		 292 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1959  putative polysaccharide deacetylase  23.14 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.29961  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1696  polysaccharide deacetylase  24.79 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.847499  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1069  polysaccharide deacetylase  29.37 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.364826  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2787  polysaccharide deacetylase  30.25 
 
 		 404 aa  46.2  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3928  polysaccharide deacetylase  26.4 
 
 		 289 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.284883  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3369  polysaccharide deacetylase  26.8 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.792887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0571  polysaccharide deacetylase  28.07 
 
 		 309 aa  45.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0720  polysaccharide deacetylase, putative  29.06 
 
 		 279 aa  44.7  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0801  polysaccharide deacetylase  38.24 
 
 		 537 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.147243  normal  0.613804 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1097  polysaccharide deacetylase  40.62 
 
 		 422 aa  43.9  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2084  polysaccharide deacetylase  24.06 
 
 		 249 aa  43.9  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0918  polysaccharide deacetylase  23.48 
 
 		 234 aa  43.1  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00302194  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3089  polysaccharide deacetylase  26.32 
 
 		 239 aa  43.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2057  polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 252 aa  42.7  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.129437  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26930  glycosyl transferase  32.26 
 
 		 1099 aa  42.7  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.938513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3341  polysaccharide deacetylase  23.16 
 
 		 256 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2458  sporulation protein polysaccharide deacetylase YlxY  26.42 
 
 		 299 aa  42.4  0.008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0476664  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02423  acetylxylan esterase  29.09 
 
 		 260 aa  42.4  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1016  polysaccharide deacetylase  25.37 
 
 		 294 aa  42  0.009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0970  polysaccharide deacetylase  31.18 
 
 		 479 aa  42.4  0.009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.064586  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2769  polysaccharide deacetylase  23.7 
 
 		 273 aa  42.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.322155 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0824  polysaccharide deacetylase family protein  34.29 
 
 		 417 aa  42.4  0.009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00745261  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2972  glycoside hydrolase family protein  41.67 
 
 		 683 aa  42  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0810  polysaccharide deacetylase family protein  32.47 
 
 		 305 aa  42  0.01  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00210366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>