63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3065 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3065  transcriptional regulator, MarR family protein  100 
 
 
140 aa  287  4e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2254  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
144 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2185  MarR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
148 aa  78.2  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0547398  normal  0.15658 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2391  transcriptional regulator, MarR family protein  29.5 
 
 
143 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.515688  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4256  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 
186 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0095  transcriptional regulator, MarR family  25.55 
 
 
186 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0093  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 
186 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0098  MarR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
186 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0096  MarR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2400  transcriptional regulator, MarR family  25.38 
 
 
137 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0090  MarR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
142 aa  57.8  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0095  MarR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0075  MarR family transcriptional regulator  24.43 
 
 
143 aa  57.4  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2015  GCN5-related N-acetyltransferase  40 
 
 
306 aa  53.5  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2687  transcriptional regulator, MarR family  23.58 
 
 
137 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.588117  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  27.52 
 
 
139 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1287  MarR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
168 aa  50.8  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0022  transcriptional regulator, MarR family  22.22 
 
 
146 aa  50.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
139 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  26.36 
 
 
139 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
139 aa  50.1  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
139 aa  50.1  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  24.77 
 
 
141 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03639  hypothetical protein  30 
 
 
283 aa  48.9  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  26.61 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 
141 aa  47  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3167  transcriptional regulator, putative  28.42 
 
 
141 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.841227  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0110  MarR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
142 aa  46.2  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  26.61 
 
 
140 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1517  hypothetical protein  26.67 
 
 
159 aa  45.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.125458  normal  0.79649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2005  transcriptional regulator, MarR family  28.18 
 
 
161 aa  45.4  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0932535  normal  0.109894 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2524  transcriptional regulator, MarR family  25.93 
 
 
161 aa  45.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0353  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthases-like protein  27.06 
 
 
168 aa  45.1  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6388  transcriptional regulator, MarR family  26.67 
 
 
149 aa  45.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5106  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 
206 aa  44.7  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.248862  normal  0.417373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3810  transcriptional regulator, MarR family  26.83 
 
 
175 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  21.82 
 
 
209 aa  44.3  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  22.22 
 
 
157 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2408  MarR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
305 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00944596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  22.22 
 
 
157 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  24.04 
 
 
146 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4139  MarR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
201 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  23.74 
 
 
156 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4139  transcriptional regulator, MarR family  23.53 
 
 
175 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.369146  normal  0.177054 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1565  MarR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
151 aa  41.6  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.891062  normal  0.889497 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0758  MarR family transcriptional regulator  22.73 
 
 
340 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.575912  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3677  MarR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
347 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3368  MarR family transcriptional regulator  22.73 
 
 
340 aa  41.2  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0916  MarR family transcriptional regulator  22.41 
 
 
309 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1639  transcriptional regulator, MarR family  21.11 
 
 
161 aa  40.8  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3265  MarR family transcriptional regulator  22.73 
 
 
326 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2143  regulatory protein, MarR  22.32 
 
 
214 aa  41.2  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3486  transcriptional regulator, MarR family with acetyltransferase activity  25.77 
 
 
349 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0719  transcriptional regulator, MarR family  23.58 
 
 
142 aa  40.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.0372337 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0762  MarR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
347 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3555  MarR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
349 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3487  MarR family transcriptional regulator  20.95 
 
 
190 aa  40.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.213963 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2756  transcriptional regulator, MarR family  29 
 
 
151 aa  40.4  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0861  MarR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
334 aa  40  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  25.84 
 
 
159 aa  40  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  23.08 
 
 
150 aa  40  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5432  transcriptional regulator, MarR family  21.48 
 
 
157 aa  40  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.933752  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>