48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2814 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2814  hypothetical protein  100 
 
 
380 aa  778    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1754  hypothetical protein  42.6 
 
 
386 aa  296  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3145  major royal jelly protein  40.19 
 
 
337 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2974  major royal jelly protein  40.19 
 
 
337 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.203926 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4197  hypothetical protein  40.37 
 
 
342 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598534  normal  0.0385471 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35790  hypothetical protein  36.28 
 
 
343 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1957  hypothetical protein  32.46 
 
 
386 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3892  major royal jelly protein  27.93 
 
 
394 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3942  major royal jelly protein  27.93 
 
 
394 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0089949  normal  0.0402088 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4095  hypothetical protein  30.86 
 
 
389 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6245  hypothetical protein  31.95 
 
 
376 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.832438 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1195  hypothetical protein  31.35 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3083  major royal jelly protein  31.58 
 
 
396 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.058624 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1432  major royal jelly protein  27.49 
 
 
377 aa  132  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4512  major royal jelly protein  30.99 
 
 
362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.551554  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2448  hypothetical protein  30.38 
 
 
390 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0125646  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5727  major royal jelly protein  30.45 
 
 
421 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2718  hypothetical protein  28.61 
 
 
394 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256206  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1433  major royal jelly protein  29.8 
 
 
358 aa  123  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1436  hypothetical protein  27.41 
 
 
415 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1418  hypothetical protein  27.25 
 
 
358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1158  major royal jelly protein  28.7 
 
 
409 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2931  hypothetical protein  27.98 
 
 
394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2936  major royal jelly protein  26.95 
 
 
358 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.93622  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3667  major royal jelly protein  25.62 
 
 
343 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.801509  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2121  putative major royal jelly-like protein  26.76 
 
 
379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2714  hypothetical protein  30.12 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.299104 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5639  major royal jelly protein  29.21 
 
 
401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0088  putative major royal jelly-like protein  27.08 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.898622  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5890  hypothetical protein  31.06 
 
 
401 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.935584  normal  0.0771521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0613  hypothetical protein  28.36 
 
 
388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112882 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2687  hypothetical protein  26.36 
 
 
377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0589  major royal jelly protein  28.96 
 
 
388 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.0999995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0624  major royal jelly protein  27.83 
 
 
388 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.344999 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3405  major royal jelly protein  29.66 
 
 
395 aa  104  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4481  hypothetical protein  27 
 
 
386 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0686114  normal  0.461484 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1409  hypothetical protein  26.81 
 
 
279 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3279  hypothetical protein  29.31 
 
 
397 aa  99  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.190693 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1035  hypothetical protein  27.56 
 
 
365 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4323  major royal jelly protein  27.73 
 
 
352 aa  92.8  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.230264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0198  hypothetical protein  25.31 
 
 
402 aa  90.9  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0180894  normal  0.966346 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0307  hypothetical protein  25.65 
 
 
383 aa  89.7  7e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848684 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5036  hypothetical protein  26.52 
 
 
400 aa  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339118  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1771  hypothetical protein  25.58 
 
 
383 aa  89.4  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.960984  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1404  hypothetical protein  25.72 
 
 
374 aa  87.8  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4434  hypothetical protein  27.36 
 
 
366 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4205  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  20.86 
 
 
545 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1997  hypothetical protein  30.11 
 
 
119 aa  43.1  0.009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00526041  normal  0.034597 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>