More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2597 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2682  trigger factor  79.95 
 
 
434 aa  707    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000115435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2751  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  757    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000172139  normal  0.125648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1793  trigger factor  85.25 
 
 
434 aa  750    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1592  trigger factor  86.41 
 
 
434 aa  759    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000981502  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1489  trigger factor  85.25 
 
 
434 aa  750    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000061134  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3114  trigger factor  79.81 
 
 
434 aa  705    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000617295  decreased coverage  0.000000421874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1223  trigger factor  79.72 
 
 
434 aa  714    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000148222  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2509  trigger factor  79.95 
 
 
434 aa  714    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000731467  normal  0.870147 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1626  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  757    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000959254  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2496  trigger factor  85.02 
 
 
434 aa  767    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1603  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  757    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000736756  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2496  trigger factor  85.71 
 
 
434 aa  753    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377099  normal  0.020755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2564  trigger factor  85.71 
 
 
434 aa  753    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000061517  normal  0.0625081 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2597  trigger factor  100 
 
 
434 aa  870    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1540  trigger factor  80.05 
 
 
434 aa  705    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000721258  hitchhiker  0.0000390702 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2662  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  756    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000102256  normal  0.690021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1094  trigger factor  61.63 
 
 
434 aa  546  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000123079  hitchhiker  0.00000434188 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1513  trigger factor  62.94 
 
 
433 aa  541  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000677902  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3235  trigger factor  60.05 
 
 
434 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00052643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3093  trigger factor  60.05 
 
 
434 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353037  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004045  cell division trigger factor  61.63 
 
 
435 aa  536  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000395206  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3055  trigger factor  60.05 
 
 
434 aa  538  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000166473  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1047  trigger factor  60.23 
 
 
434 aa  533  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000149025  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3069  trigger factor  59.72 
 
 
434 aa  531  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0128477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3137  trigger factor  61.7 
 
 
436 aa  534  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000644844  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01416  trigger factor  62.56 
 
 
435 aa  533  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3786  trigger factor  61.25 
 
 
435 aa  528  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0496  trigger factor  59.77 
 
 
432 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000142859  hitchhiker  0.000578508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0550  trigger factor  59.77 
 
 
432 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000374305  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0506  trigger factor  59.77 
 
 
432 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000626608  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0487  trigger factor  59.77 
 
 
432 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182354  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0489  trigger factor  59.77 
 
 
432 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000095414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0472  trigger factor  59.3 
 
 
432 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00387  trigger factor  59.3 
 
 
432 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3173  trigger factor  59.3 
 
 
432 aa  524  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000698649  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3196  trigger factor  59.3 
 
 
432 aa  524  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000193083  hitchhiker  0.000427763 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0359  trigger factor  59.07 
 
 
432 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000325154  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0522  trigger factor  59.3 
 
 
432 aa  524  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000233962  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0513  trigger factor  59.3 
 
 
432 aa  524  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.68965e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00391  hypothetical protein  59.3 
 
 
432 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000262738  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0903  trigger factor  59.77 
 
 
432 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000144682  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0479  trigger factor  59.3 
 
 
432 aa  524  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000713029  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0817  trigger factor  60.23 
 
 
432 aa  515  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.153407  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3265  trigger factor  59.49 
 
 
434 aa  514  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.108339  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2878  trigger factor  59.03 
 
 
434 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.125506  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1464  trigger factor  57.41 
 
 
435 aa  498  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1431  trigger factor  55.01 
 
 
432 aa  481  1e-135  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0842369  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1741  trigger factor  53.9 
 
 
437 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00658695 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2049  trigger factor  53.13 
 
 
436 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431317  normal  0.217945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1901  trigger factor  53.86 
 
 
437 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.191378  hitchhiker  0.00938494 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2299  trigger factor  53.86 
 
 
443 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00457193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3727  trigger factor  52.11 
 
 
436 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1746  trigger factor  52.11 
 
 
436 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.132696 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3470  trigger factor  53.63 
 
 
437 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745697 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41250  trigger factor  51.97 
 
 
436 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.755772 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3497  trigger factor  51.51 
 
 
436 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0314111  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23550  trigger factor  52.08 
 
 
436 aa  436  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3698  trigger factor  50 
 
 
436 aa  428  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1841  trigger factor  49.53 
 
 
434 aa  412  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00619817  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1607  trigger factor  46.61 
 
 
444 aa  409  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266404  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0938  trigger factor  46.74 
 
 
436 aa  401  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.401032  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2047  trigger factor  46.57 
 
 
448 aa  400  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.109899  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0572  trigger factor  46.39 
 
 
435 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.19365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1722  trigger factor  49.06 
 
 
441 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  0.0869561 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0307  trigger factor  44.57 
 
 
445 aa  365  1e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121023  normal  0.638239 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2289  trigger factor  43.39 
 
 
450 aa  353  4e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.030502  normal  0.410432 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2233  trigger factor  42.76 
 
 
447 aa  350  3e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0292986  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1214  trigger factor  41.26 
 
 
437 aa  349  4e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0751  trigger factor  41.49 
 
 
437 aa  348  8e-95  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.173993  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1940  trigger factor  42.53 
 
 
447 aa  348  1e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1830  trigger factor  39.59 
 
 
443 aa  342  5e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0385  trigger factor  42.79 
 
 
432 aa  342  5.999999999999999e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0604  trigger factor  39.86 
 
 
436 aa  342  1e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1826  trigger factor  39.13 
 
 
443 aa  339  5e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2341  trigger factor  41.28 
 
 
435 aa  336  5e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0955017  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1010  trigger factor  39.6 
 
 
448 aa  330  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595556  normal  0.725112 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1719  trigger factor  39.49 
 
 
434 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2566  trigger factor  40.98 
 
 
435 aa  325  8.000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1677  trigger factor  38.44 
 
 
443 aa  323  3e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294765  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1176  trigger factor  39.68 
 
 
436 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1905  trigger factor  38.93 
 
 
448 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205112  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2296  trigger factor  39.15 
 
 
448 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.343759  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1886  trigger factor  38.51 
 
 
449 aa  317  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1678  trigger factor  40.05 
 
 
432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.225693  normal  0.123639 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1870  trigger factor  39.32 
 
 
447 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.359537  normal  0.0257731 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1379  trigger factor  38.06 
 
 
451 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1537  trigger factor  39.09 
 
 
447 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.59476  normal  0.129974 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1958  trigger factor  37.36 
 
 
449 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1466  trigger factor  37.36 
 
 
449 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.118979  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3347  trigger factor  37.36 
 
 
449 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.012061  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2482  trigger factor  37.36 
 
 
449 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5225  trigger factor  37.61 
 
 
448 aa  311  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537858  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1233  trigger factor  37.36 
 
 
449 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.026693  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2366  trigger factor  37.36 
 
 
449 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2324  trigger factor  37.36 
 
 
449 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0174102  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1842  trigger factor  36.79 
 
 
448 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0231887 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1912  trigger factor  36.79 
 
 
448 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1947  trigger factor  37.39 
 
 
448 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.273934  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1348  trigger factor  38.07 
 
 
448 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514517  normal  0.0597463 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1924  trigger factor  37.16 
 
 
448 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.317146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>