More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2343 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001305  ANIA_05571  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) (Eurofung)  40.55 
 
 
1048 aa  707    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.532364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00685  alpha-ketoglutarate decarboxylase  67.73 
 
 
933 aa  1354    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2910  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  67.73 
 
 
933 aa  1354    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_79721  alpha-ketoglutarate dehydrogenase  38.34 
 
 
1015 aa  670    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0668593 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2449  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.04 
 
 
894 aa  763    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4189  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.72 
 
 
943 aa  1144    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02000  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  42.2 
 
 
920 aa  713    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.995655  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1952  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  50.8 
 
 
937 aa  961    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1309  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.68 
 
 
884 aa  719    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1269  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.86 
 
 
953 aa  1063    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2625  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.92 
 
 
987 aa  768    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.835957  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2515  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  88.72 
 
 
943 aa  1780    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.908934  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2219  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  70.82 
 
 
934 aa  1424    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1822  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  50.79 
 
 
958 aa  988    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.549181 
 
 
-
 
NC_004310  BR1923  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.33 
 
 
1004 aa  779    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1930  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  88.5 
 
 
939 aa  1771    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2199  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  57.08 
 
 
943 aa  1136    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374775  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1772  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.49 
 
 
954 aa  1048    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537135  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1750  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.49 
 
 
954 aa  1048    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3987  alpha-ketoglutarate decarboxylase  41.96 
 
 
1264 aa  715    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.439029  normal  0.370702 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1052  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.59 
 
 
954 aa  1050    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0597  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.13 
 
 
936 aa  1057    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0578  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.03 
 
 
936 aa  1054    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01730  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), putative  40.75 
 
 
1055 aa  682    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.256683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2009  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.08 
 
 
943 aa  1136    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0102  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.77 
 
 
961 aa  1033    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2859  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.09 
 
 
945 aa  1025    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.256736  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0566  alpha-ketoglutarate decarboxylase  46.81 
 
 
1214 aa  759    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.622687  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2047  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.49 
 
 
950 aa  1047    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.738586  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4481  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  48.94 
 
 
944 aa  872    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2013  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.06 
 
 
952 aa  1015    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.430973 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0255  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.33 
 
 
912 aa  734    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0124838  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1188  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.29 
 
 
1001 aa  912    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.489523  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0422  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.67 
 
 
985 aa  755    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1924  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.49 
 
 
954 aa  1048    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.283552  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.66 
 
 
940 aa  1064    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1086  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.66 
 
 
945 aa  1048    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1614  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  58.14 
 
 
943 aa  1159    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3492  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0965  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.92 
 
 
992 aa  768    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.192526  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2940  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.72 
 
 
907 aa  724    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000647014  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4649  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.75 
 
 
954 aa  1035    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.355037 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1498  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.59 
 
 
954 aa  1050    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2769  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.74 
 
 
896 aa  746    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1000  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.59 
 
 
954 aa  1050    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0848692  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0857  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.34 
 
 
935 aa  1022    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.813693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1213  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.44 
 
 
987 aa  790    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326546  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2556  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.28 
 
 
954 aa  1044    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0781  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.33 
 
 
939 aa  731    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0981915  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3748  alpha-ketoglutarate decarboxylase  45.41 
 
 
1244 aa  721    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0278  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.32 
 
 
985 aa  790    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.268531 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1180  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.46 
 
 
950 aa  764    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0578  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  40 
 
 
905 aa  659    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1856  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  50.95 
 
 
963 aa  991    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.61724  normal  0.555418 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0832  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.81 
 
 
912 aa  732    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0831  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.87 
 
 
985 aa  771    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.270147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2321  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  49.79 
 
 
963 aa  969    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.676675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2106  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.79 
 
 
953 aa  1116    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000654804  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0191  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.74 
 
 
991 aa  765    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2624  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51 
 
 
963 aa  987    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.844376  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2812  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.59 
 
 
953 aa  1037    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.198639 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0166  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.59 
 
 
954 aa  1050    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.673869  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2183  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  88.3 
 
 
940 aa  1762    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0544  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.73 
 
 
985 aa  795    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.898698  normal  0.505126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1217  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  58.52 
 
 
943 aa  1132    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.718447  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0542  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.65 
 
 
989 aa  759    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3979  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.16 
 
 
959 aa  989    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0538563 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.02 
 
 
961 aa  1029    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2050  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.65 
 
 
950 aa  1050    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.414377  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3507  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  41.76 
 
 
820 aa  659    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0140  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  50.37 
 
 
986 aa  942    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3511  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.41 
 
 
983 aa  765    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364999  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2228  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.51 
 
 
940 aa  752    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.424063  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1028  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.96 
 
 
954 aa  1038    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3973  alpha-ketoglutarate decarboxylase  41.96 
 
 
1269 aa  715    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2535  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.6 
 
 
946 aa  654    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00287256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1799  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  68.68 
 
 
940 aa  1394    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3398  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44 
 
 
994 aa  803    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3362  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.66 
 
 
946 aa  767    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.044527 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0959  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  60.41 
 
 
931 aa  1211    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.292659  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1635  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  88.5 
 
 
939 aa  1769    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  88.39 
 
 
939 aa  1768    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.799991  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2609  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.61 
 
 
941 aa  1118    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00855464 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2343  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  100 
 
 
940 aa  1970    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0982455  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2817  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  41.77 
 
 
994 aa  748    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.900682  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1390  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.75 
 
 
954 aa  1035    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44010  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  59.83 
 
 
943 aa  1177    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0025  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  41.75 
 
 
999 aa  772    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2645  alpha-ketoglutarate decarboxylase  44.32 
 
 
1277 aa  726    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.178892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1508  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.96 
 
 
954 aa  1038    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3547  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.24 
 
 
901 aa  734    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2395  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.14 
 
 
981 aa  806    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0106518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  88.71 
 
 
939 aa  1770    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.150842 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0586  alpha-ketoglutarate decarboxylase  46.6 
 
 
1233 aa  753    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.577894  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0555  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  41.54 
 
 
988 aa  743    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0848498  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1737  alpha-ketoglutarate decarboxylase  43.87 
 
 
1263 aa  702    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.765927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1427  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  84.88 
 
 
940 aa  1679    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.345596  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4047  alpha-ketoglutarate decarboxylase  41.96 
 
 
1269 aa  715    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2252  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  64.57 
 
 
935 aa  1293    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.392494  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4477  alpha-ketoglutarate decarboxylase  42.37 
 
 
1262 aa  705    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.655001  normal  0.23332 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1154  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  59.41 
 
 
945 aa  1194    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>