More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2242 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2242  aminotransferase, class IV  100 
 
 
277 aa  567  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2216  aminotransferase, class IV  56.25 
 
 
269 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1764  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  56.62 
 
 
269 aa  300  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1734  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  56.62 
 
 
269 aa  298  5e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0256698  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1659  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  56.62 
 
 
269 aa  298  6e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0501758  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2615  4-amino-4-deoxychorismate lyase  55.15 
 
 
269 aa  295  7e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1890  aminodeoxychorismate lyase  53.87 
 
 
269 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0235041  normal  0.0459929 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2454  aminotransferase class IV  53.87 
 
 
269 aa  291  8e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00581034  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2053  aminotransferase, class IV  54.89 
 
 
294 aa  290  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2461  aminotransferase, class IV  53.87 
 
 
269 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000415666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2574  aminodeoxychorismate lyase  53.87 
 
 
269 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.0405986 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1980  aminodeoxychorismate lyase  50.91 
 
 
271 aa  279  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0416035  hitchhiker  0.00481294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1921  aminodeoxychorismate lyase  47.04 
 
 
300 aa  260  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2650  aminotransferase, class IV  52.73 
 
 
271 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2045  aminodeoxychorismate lyase  47.01 
 
 
296 aa  224  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1577  aminotransferase, class IV  42.09 
 
 
277 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1274  4-amino-4-deoxychorismate lyase  40.41 
 
 
269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2119  aminotransferase, class IV  42.5 
 
 
271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00194364  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1662  aminotransferase, class IV  39.15 
 
 
273 aa  179  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101925  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2243  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.69 
 
 
268 aa  178  9e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000604374  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2500  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.5 
 
 
265 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00140105  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1909  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.01 
 
 
265 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  decreased coverage  0.000000690882 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1998  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.47 
 
 
276 aa  169  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1475  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.13 
 
 
269 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000862113  hitchhiker  0.00000000000021335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1297  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.96 
 
 
269 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0225014  hitchhiker  1.45704e-16 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2171  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.96 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.216662  decreased coverage  0.000000000000025967 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1312  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.96 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.0000000000000833328 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1988  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.96 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000218178  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.31 
 
 
265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00411818  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2551  aminodeoxychorismate lyase  39.18 
 
 
269 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103186  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1217  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.35 
 
 
269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222751  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1631  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.55 
 
 
271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01092  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.96 
 
 
269 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000953076  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1218  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.96 
 
 
269 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350688  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2505  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.96 
 
 
269 aa  160  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0018668  unclonable  0.0000000105414 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01100  hypothetical protein  36.96 
 
 
269 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000707213  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2228  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000140571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2031  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000010849  hitchhiker  0.00000935135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3797  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.21 
 
 
271 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172255  normal  0.333642 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1917  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.21 
 
 
271 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307364  unclonable  0.000000254306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14950  4-amino-4-deoxychorismate lyase  32.73 
 
 
271 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1418  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  37.07 
 
 
285 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.711679 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1689  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.23 
 
 
268 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00992906  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2197  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.66 
 
 
271 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3495  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.23 
 
 
268 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000429214  hitchhiker  0.00824664 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1528  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.51 
 
 
271 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2300  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.07 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187606  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3829  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.48 
 
 
271 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0203451  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1581  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.23 
 
 
268 aa  152  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000587393  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1650  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.21 
 
 
271 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159709  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1590  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.65 
 
 
267 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0229807  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1493  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.24 
 
 
271 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1831  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.46 
 
 
270 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2269  aminotransferase class IV  33.7 
 
 
275 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.4966  normal  0.194503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25710  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.26 
 
 
271 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0077515  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1604  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.08 
 
 
277 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120574  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002999  aminodeoxychorismate lyase  35.2 
 
 
271 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0085011  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1626  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.94 
 
 
267 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02905  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.73 
 
 
271 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1611  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.59 
 
 
271 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0432  4-amino-4-deoxychorismate lyase  32.56 
 
 
267 aa  143  3e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.217429  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0004  aminotransferase, class IV  32.58 
 
 
288 aa  142  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000202983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4154  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.48 
 
 
271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0929284  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1502  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  34.43 
 
 
271 aa  139  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0156373  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1092  aminotransferase, class IV  35.32 
 
 
278 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02332  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.74 
 
 
282 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1545  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  33.72 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.185803  normal  0.071665 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1545  aminotransferase class IV  30.6 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1131  branched-chain amino acid aminotransferase  31.37 
 
 
287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1632  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  30.26 
 
 
289 aa  113  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.114958  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0820  branched-chain amino acid aminotransferase  30.74 
 
 
287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.354842  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1546  branched-chain amino acid aminotransferase  31.35 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0716  aminotransferase, class IV  29.64 
 
 
295 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0327665  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1604  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  31.27 
 
 
271 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0300662  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1864  aminodeoxychorismate lyase  33.47 
 
 
272 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.358986  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1137  branched-chain amino acid aminotransferase  31.35 
 
 
286 aa  105  7e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1920  aminodeoxychorismate lyase  30.49 
 
 
305 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130955  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1195  branched-chain amino acid aminotransferase  30.35 
 
 
286 aa  102  5e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0853  branched-chain amino acid aminotransferase  28.17 
 
 
299 aa  99.4  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1364  branched-chain amino acid aminotransferase  28.2 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000849481  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3367  Branched-chain-amino-acid transaminase  28.06 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1255  aminodeoxychorismate lyase  29.08 
 
 
269 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.489867  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2597  branched-chain amino acid aminotransferase  27.56 
 
 
299 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1654  branched-chain amino acid aminotransferase  26.36 
 
 
287 aa  94.7  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0525  putative branched-chain amino acid aminotransferase  26.05 
 
 
281 aa  93.2  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1713  branched-chain amino acid aminotransferase  27.91 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1690  branched-chain amino acid aminotransferase  27.91 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1665  branched-chain amino acid aminotransferase  27.91 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.291613  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3492  branched-chain amino acid aminotransferase  27.91 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.892659  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1849  branched-chain amino acid aminotransferase  27.91 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4682  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0351  branched-chain amino acid aminotransferase  26.95 
 
 
293 aa  91.7  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.544925  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1887  branched-chain amino acid aminotransferase  27.91 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1850  branched-chain amino acid aminotransferase  27.13 
 
 
299 aa  91.3  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0461  aminotransferase class IV  28.23 
 
 
311 aa  91.3  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.893728 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1911  4-amino-4-deoxychorismate lyase, putative  31.38 
 
 
277 aa  90.9  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.129492  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1586  aminodeoxychorismate lyase  31.38 
 
 
277 aa  90.9  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0753996 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1933  branched-chain amino acid aminotransferase  27.52 
 
 
299 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.595721  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0723  branched-chain amino acid aminotransferase  27.73 
 
 
288 aa  90.5  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.863889 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0610  aminotransferase class IV  28.75 
 
 
246 aa  90.1  3e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0570431  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1444  branched-chain amino acid aminotransferase  27.52 
 
 
299 aa  90.1  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.224106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>