82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2229 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2229  putative solute/DNA competence effector  100 
 
 
203 aa  407  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.180207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1721  putative solute/DNA competence effector  77.4 
 
 
228 aa  309  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000511987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2602  putative solute/DNA competence effector  75.12 
 
 
213 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2203  putative solute/DNA competence effector  75.94 
 
 
213 aa  299  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.702868  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1934  putative solute/DNA competence effector  75 
 
 
212 aa  298  5e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.854531  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1584  putative solute/DNA competence effector  69.37 
 
 
219 aa  288  4e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.107555  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2132  putative solute/DNA competence effector  74.29 
 
 
214 aa  284  5e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000562228  normal  0.054689 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2561  putative solute/DNA competence effector  74.52 
 
 
209 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.33836  normal  0.0763092 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1801  putative solute/DNA competence effector  69.23 
 
 
215 aa  278  4e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00925744  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1777  putative solute/DNA competence effector  75.12 
 
 
214 aa  278  5e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.205752  normal  0.103228 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2448  putative solute/DNA competence effector  77.99 
 
 
210 aa  278  5e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2441  putative solute/DNA competence effector  77.99 
 
 
210 aa  278  5e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.254744  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1903  putative solute/DNA competence effector  77.99 
 
 
209 aa  277  6e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0351843  normal  0.135941 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1747  putative solute/DNA competence effector  75.12 
 
 
214 aa  277  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.144322  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1672  putative solute/DNA competence effector  75.12 
 
 
214 aa  277  6e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000366609  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2484  putative solute/DNA competence effector  71.36 
 
 
217 aa  274  6e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000695377  normal  0.223616 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1543  putative solute/DNA competence effector  50 
 
 
210 aa  206  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1105  putative solute/DNA competence effector  47.57 
 
 
208 aa  193  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000947436  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02347  putative solute/DNA competence effector  48.34 
 
 
220 aa  188  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003430  ProQ protein  47.62 
 
 
208 aa  186  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000470709  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2118  putative solute/DNA competence effector  43.16 
 
 
236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00110468  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02001  putative solute/DNA competence effector  46.19 
 
 
222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.101702  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1844  putative solute/DNA competence effector  41.08 
 
 
243 aa  174  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1671  putative solute/DNA competence effector  42.13 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000024891  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2664  putative solute/DNA competence effector  42.13 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764643  normal  0.0215757 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1782  putative solute/DNA competence effector  42.13 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0742372  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2188  putative solute/DNA competence effector  45.93 
 
 
207 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.345813  normal  0.724108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1852  putative solute/DNA competence effector  40 
 
 
252 aa  171  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106932  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1992  putative solute/DNA competence effector  43.6 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025199  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2401  putative solute/DNA competence effector  41.41 
 
 
227 aa  169  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1811  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.24 
 
 
232 aa  169  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.179036  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1985  putative solute/DNA competence effector  42.98 
 
 
228 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000228326  hitchhiker  0.0069158 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1469  putative solute/DNA competence effector  42.98 
 
 
228 aa  167  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00111252  normal  0.239206 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1285  putative solute/DNA competence effector  42.98 
 
 
228 aa  167  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000538186  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1989  putative solute/DNA competence effector  42.98 
 
 
228 aa  167  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00261686  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2047  putative solute/DNA competence effector  42.98 
 
 
228 aa  167  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1356  putative solute/DNA competence effector  40.95 
 
 
232 aa  166  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120043  normal  0.2491 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01790  hypothetical protein  40.95 
 
 
232 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1801  putative solute/DNA competence effector  40.95 
 
 
232 aa  166  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.304179  normal  0.0872497 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2060  putative solute/DNA competence effector  40.95 
 
 
232 aa  166  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000898248  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1922  putative solute/DNA competence effector  40.95 
 
 
232 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.31825e-19  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01802  putative solute/DNA competence effector  40.95 
 
 
232 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2564  putative solute/DNA competence effector  40.25 
 
 
232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000584376  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2099  putative solute/DNA competence effector  40.52 
 
 
232 aa  165  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000516503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2811  putative solute/DNA competence effector  44.55 
 
 
220 aa  161  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00532714  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2140  putative solute/DNA competence effector  53.79 
 
 
252 aa  161  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1070  putative solute/DNA competence effector  42.72 
 
 
211 aa  151  7e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.265506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0862  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  47.78 
 
 
295 aa  72.8  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3139  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.11 
 
 
152 aa  63.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144488  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3447  hypothetical protein  39.78 
 
 
279 aa  58.2  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0169  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  39.13 
 
 
289 aa  58.2  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0459261  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1663  hypothetical protein  37.14 
 
 
121 aa  57.8  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1657  hypothetical protein  37.14 
 
 
123 aa  57.8  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0187  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  39.13 
 
 
289 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1033  hypothetical protein  39.77 
 
 
239 aa  57.8  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0842196 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0754  ProP effector  35.58 
 
 
119 aa  57.8  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3812  activator of osmoprotectant transporter  32 
 
 
228 aa  56.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.31951  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0307  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  37.78 
 
 
288 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.406422  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2570  hypothetical protein  37.08 
 
 
253 aa  51.6  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000198661  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0182  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  34.23 
 
 
138 aa  51.2  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.247211  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2080  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  35.44 
 
 
284 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0898874  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2177  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  35.44 
 
 
251 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0148  hypothetical protein  35.35 
 
 
230 aa  48.5  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0245  hypothetical protein  37.93 
 
 
319 aa  47.4  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6155  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  28.99 
 
 
398 aa  47.8  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168417  normal  0.179511 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0133  hypothetical protein  34.34 
 
 
230 aa  47.8  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8137  hypothetical protein  40 
 
 
144 aa  45.4  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6008  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  29.73 
 
 
284 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1540  ProP effector  35.56 
 
 
183 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1453  ProP effector  35.56 
 
 
179 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5820  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  29.09 
 
 
223 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231664  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6185  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  29.09 
 
 
223 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.942163  normal  0.876638 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0041  ProQ protein  35.56 
 
 
200 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1323  ProP effector  33.33 
 
 
171 aa  43.5  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.929512  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5764  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  33.33 
 
 
224 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733693  normal  0.933198 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0121  hypothetical protein  30.95 
 
 
280 aa  42.4  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0127527 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1492  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.65 
 
 
222 aa  42.4  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7730  ProQ, activator of osmoprotectant transporter ProP  32.91 
 
 
220 aa  42.4  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4697  ProQ family protein  30.69 
 
 
114 aa  42  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6664  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.71 
 
 
224 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.976014  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2615  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.65 
 
 
178 aa  41.6  0.007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1083  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  30.89 
 
 
218 aa  41.6  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.316568 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>