256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2174 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2110  electron transport complex protein RnfC  73.4 
 
 		 888 aa  787    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.524779  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2510  electron transport complex protein RnfC  74.11 
 
 		 790 aa  771    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2063  electron transport complex protein RnfC  72.1 
 
 		 885 aa  790    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00525621  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2275  electron transport complex protein RnfC  72.42 
 
 		 876 aa  791    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169634  normal  0.804532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1848  electron transport complex protein RnfC  73.6 
 
 		 793 aa  758    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00264282  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2355  electron transport complex protein RnfC  67.38 
 
 		 825 aa  709    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1865  electron transport complex protein RnfC  74.95 
 
 		 731 aa  777    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2066  electron transport complex protein RnfC  74.2 
 
 		 809 aa  756    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00275367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1909  electron transport complex protein RnfC  74 
 
 		 799 aa  757    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.567258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2174  electron transport complex protein RnfC  100 
 
 		 846 aa  1703    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.234957  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2170  electron transport complex protein RnfC  74 
 
 		 788 aa  753    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0332538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1832  electron transport complex protein RnfC  68.35 
 
 		 880 aa  739    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0828396 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2042  electron transport complex protein RnfC  58.85 
 
 		 842 aa  700    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4547  electron transport complex protein RnfC  72.1 
 
 		 884 aa  790    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2261  electron transport complex protein RnfC  72.1 
 
 		 884 aa  790    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0443736  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2068  electron transport complex protein RnfC  67.12 
 
 		 870 aa  717    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.583585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2323  electron transport complex protein RnfC  50.62 
 
 		 737 aa  528  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1567  electron transport complex protein RnfC  49.16 
 
 		 735 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0379557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1885  electron transport complex protein RnfC  49.16 
 
 		 704 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2967  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  47.41 
 
 		 890 aa  525  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.390488  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1627  electron transport complex protein RnfC  48.98 
 
 		 735 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0777449  normal  0.304577 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1819  electron transport complex protein RnfC  48.36 
 
 		 673 aa  521  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000614228 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1061  electron transport complex protein RnfC  44.41 
 
 		 659 aa  521  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1555  electron transport complex protein RnfC  48.98 
 
 		 732 aa  522  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.555385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002947  electron transport complex protein RnfC  49.62 
 
 		 916 aa  520  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.703595  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01599  electron transport complex protein RnfC  48.19 
 
 		 740 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105357  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2012  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  48.56 
 
 		 740 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000275301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1837  electron transport complex protein RnfC  48.56 
 
 		 740 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0944307  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1705  electron transport complex protein RnfC  48.56 
 
 		 740 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0365167  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01589  hypothetical protein  48.19 
 
 		 694 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00945839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2000  electron transport complex protein RnfC  48.56 
 
 		 740 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000227688  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2341  electron transport complex protein RnfC  47.84 
 
 		 772 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2023  electron transport complex protein RnfC  50.75 
 
 		 747 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1818  electron transport complex protein RnfC  48.56 
 
 		 708 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.243946  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2239  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  49.91 
 
 		 703 aa  516  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000974734 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1918  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  45.33 
 
 		 673 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1570  electron transport complex protein RnfC  48.38 
 
 		 676 aa  515  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.133646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02966  electron transport complex protein RnfC  49.3 
 
 		 912 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1870  electron transport complex protein RnfC  45.2 
 
 		 716 aa  496  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00517809  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0536  electron transport complex protein RnfC  49.9 
 
 		 773 aa  496  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000392819  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2156  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  48.72 
 
 		 673 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.261031  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02731  electron transport complex protein RnfC  49.25 
 
 		 852 aa  487  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618008  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2252  electron transport complex protein RnfC  46.86 
 
 		 659 aa  484  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00637467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2008  electron transport complex protein RnfC  46.86 
 
 		 698 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1896  electron transport complex protein RnfC  46.86 
 
 		 698 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.813056  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0936  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  49.04 
 
 		 609 aa  484  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.787123  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0736  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  48.45 
 
 		 857 aa  473  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.200511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19250  electron transport complex protein RnfC  46.63 
 
 		 688 aa  468  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2401  electron transport complex protein RnfC  49.57 
 
 		 745 aa  469  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1402  electron transport complex protein RnfC  49.24 
 
 		 944 aa  465  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860812 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2197  electron transport complex protein RnfC  47.75 
 
 		 788 aa  453  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1543  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  47.74 
 
 		 981 aa  436  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0195747 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1173  electron transport complex protein RnfC  43.37 
 
 		 515 aa  419  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1785  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  45.47 
 
 		 567 aa  418  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2628  electron transport complex protein RnfC  42.46 
 
 		 532 aa  416  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2895  electron transport complex protein RnfC  42.63 
 
 		 523 aa  404  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.473495  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1638  electron transport complex protein RnfC  45.77 
 
 		 776 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0688  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  44.2 
 
 		 605 aa  402  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0508448  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18920  electron transport complex protein RnfC  45.24 
 
 		 774 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000329645  normal  0.0619935 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1792  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.05 
 
 		 541 aa  385  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273011 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3234  electron transport complex protein RnfC  41.87 
 
 		 573 aa  382  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1161  electron transport complex protein RnfC  43.2 
 
 		 570 aa  379  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0814  electron transport complex protein RnfC  40.76 
 
 		 515 aa  376  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.338019 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2017  electron transport complex protein RnfC  44.18 
 
 		 558 aa  372  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3933  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  43.3 
 
 		 517 aa  365  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00505107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3194  4Fe-4S ferredoxin, RnfC  42.86 
 
 		 517 aa  364  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3194  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.86 
 
 		 519 aa  359  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0106168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2991  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.04 
 
 		 481 aa  348  2e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2822  electron transport complex, C subunit  43.12 
 
 		 495 aa  347  4e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1034  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.55 
 
 		 704 aa  345  2e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321702  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0494  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.79 
 
 		 440 aa  339  9.999999999999999e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0552147  hitchhiker  0.00321553 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0680  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.71 
 
 		 435 aa  337  5.999999999999999e-91  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0610  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  43.55 
 
 		 440 aa  337  7e-91  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0321334  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0704  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.47 
 
 		 435 aa  335  2e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50960  Electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  44.06 
 
 		 496 aa  334  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.228247  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0263  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfC  40.87 
 
 		 437 aa  333  1e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0387  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.26 
 
 		 435 aa  331  4e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1081  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.36 
 
 		 441 aa  326  1e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0983161 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1571  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.51 
 
 		 438 aa  321  3.9999999999999996e-86  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1494  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.08 
 
 		 503 aa  320  9e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.454099 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1310  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.05 
 
 		 441 aa  311  2.9999999999999997e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.643075 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0079  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.55 
 
 		 443 aa  311  4e-83  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000481582  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0285  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.38 
 
 		 506 aa  309  2.0000000000000002e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.51844  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14350  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.97 
 
 		 441 aa  308  3e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000459992  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1529  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.18 
 
 		 441 aa  306  7e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.427394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0342  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40 
 
 		 445 aa  303  1e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0988  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.88 
 
 		 441 aa  301  4e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1091  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.71 
 
 		 437 aa  301  5e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.566886  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0304  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.3 
 
 		 443 aa  300  7e-80  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.980459 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0065  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.71 
 
 		 448 aa  299  1e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.791332  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0539  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  36.84 
 
 		 438 aa  290  7e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1663  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  36.12 
 
 		 436 aa  286  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1327  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.56 
 
 		 439 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000291101  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2593  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.3 
 
 		 440 aa  282  2e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1155  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40 
 
 		 441 aa  280  7e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.47563 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0306  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.56 
 
 		 454 aa  276  9e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.521272  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0838  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase, A subunit  39.33 
 
 		 480 aa  275  2.0000000000000002e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0144455  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1733  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  35.83 
 
 		 435 aa  271  2.9999999999999997e-71  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0269079  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0974  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.21 
 
 		 438 aa  271  4e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0211  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.08 
 
 		 439 aa  268  4e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>