More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1859 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01253  aconitate hydratase  45.14 
 
 		 891 aa  710    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0525201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2371  aconitate hydratase 1  45.14 
 
 		 891 aa  710    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00215516  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2068  aconitate hydratase 1  41.11 
 
 		 855 aa  644    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.461258  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0846  aconitate hydratase  42.55 
 
 		 935 aa  660    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2112  aconitate hydratase  44.35 
 
 		 913 aa  706    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0880837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2336  aconitate hydratase  82.07 
 
 		 862 aa  1456    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568872 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0921  aconitate hydratase  40.92 
 
 		 901 aa  664    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.446396  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0105  aconitate hydratase  45.56 
 
 		 861 aa  743    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.227514  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2003  aconitate hydratase  42.59 
 
 		 901 aa  666    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.158915 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0120  aconitate hydratase  79.84 
 
 		 865 aa  1428    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2494  aconitate hydratase  42.53 
 
 		 942 aa  692    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.131407  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3635  aconitate hydratase  41.69 
 
 		 907 aa  699    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533912  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2820  aconitate hydratase  76.39 
 
 		 868 aa  1388    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0093  aconitate hydratase  42.51 
 
 		 895 aa  681    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0343  aconitate hydratase  85.65 
 
 		 867 aa  1547    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2016  aconitate hydratase 1  44.46 
 
 		 914 aa  699    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2289  aconitase family protein  78.31 
 
 		 863 aa  1403    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.425235  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3408  aconitate hydratase  41.58 
 
 		 907 aa  698    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.741284  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3370  aconitate hydratase  41.58 
 
 		 907 aa  698    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3320  aconitate hydratase  41.58 
 
 		 907 aa  698    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1755  aconitate hydratase  41.95 
 
 		 905 aa  654    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1868  aconitate hydratase  80.19 
 
 		 864 aa  1414    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1659  aconitate hydratase  44.27 
 
 		 891 aa  717    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1653  aconitate hydratase  44.04 
 
 		 891 aa  714    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2087  aconitate hydratase  79.95 
 
 		 862 aa  1425    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3404  aconitate hydratase  44.46 
 
 		 914 aa  693    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.342513  normal  0.354094 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1112  aconitate hydratase  72.64 
 
 		 885 aa  1317    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.58218 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2061  aconitate hydratase  42.87 
 
 		 939 aa  724    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1925  aconitate hydratase  42.95 
 
 		 916 aa  705    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.128572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1810  aconitate hydratase  80.3 
 
 		 870 aa  1426    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.38661  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2331  aconitate hydratase  42.37 
 
 		 901 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35381  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0828  aconitate hydratase  43.07 
 
 		 883 aa  720    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00982227  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0714  aconitate hydratase  44.22 
 
 		 934 aa  702    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0323  aconitate hydratase  43.92 
 
 		 905 aa  684    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0800  aconitate hydratase  41.84 
 
 		 905 aa  653    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1738  aconitate hydratase  80.3 
 
 		 864 aa  1417    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1788  aconitate hydratase 1  43.62 
 
 		 907 aa  676    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.83905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1766  aconitate hydratase  82.05 
 
 		 864 aa  1462    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3890  aconitate hydratase  45.06 
 
 		 913 aa  697    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185515 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1806  aconitate hydratase  43.87 
 
 		 914 aa  696    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0143  aconitate hydratase  80.65 
 
 		 864 aa  1420    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.491999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2158  aconitate hydratase  41.68 
 
 		 905 aa  648    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1016  aconitate hydratase  42.4 
 
 		 937 aa  659    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.827465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3677  aconitate hydratase  41.58 
 
 		 907 aa  698    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3511  aconitate hydratase  43.5 
 
 		 891 aa  705    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0654  aconitate hydratase  41.47 
 
 		 905 aa  647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2187  aconitate hydratase  80.89 
 
 		 864 aa  1424    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2120  aconitate hydratase 1  44.82 
 
 		 891 aa  705    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.731402  normal  0.0663463 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0291  aconitate hydratase  43.8 
 
 		 905 aa  701    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0448672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0425  aconitase  42.03 
 
 		 890 aa  672    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.128588  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0600  aconitate hydratase 1  39.36 
 
 		 905 aa  640    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.778708  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1031  aconitate hydratase  43.22 
 
 		 875 aa  706    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2646  aconitate hydratase  42.21 
 
 		 931 aa  678    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.581556  decreased coverage  0.00838168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1991  aconitase  42.17 
 
 		 937 aa  660    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0204  aconitate hydratase  43.06 
 
 		 906 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0875867 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1867  aconitate hydratase  81.07 
 
 		 868 aa  1474    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0648101 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2127  aconitate hydratase 1  44.03 
 
 		 903 aa  694    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.760339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2301  aconitate hydratase  81.35 
 
 		 865 aa  1463    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.22008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2903  aconitate hydratase  41.15 
 
 		 905 aa  637    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.864497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1666  aconitate hydratase  87.38 
 
 		 867 aa  1568    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0525  aconitate hydratase  43.57 
 
 		 905 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.123163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4079  aconitate hydratase 1  40.46 
 
 		 984 aa  650    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2962  aconitase  42.83 
 
 		 910 aa  696    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0408  aconitate hydratase  43.22 
 
 		 905 aa  693    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0914  aconitate hydratase 1  40.46 
 
 		 984 aa  650    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.239942  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1309  aconitate hydratase  72.41 
 
 		 885 aa  1312    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2384  aconitate hydratase  44.36 
 
 		 935 aa  721    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.780528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1585  aconitate hydratase  80.89 
 
 		 865 aa  1436    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614327  normal  0.918701 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2492  aconitate hydratase  42.54 
 
 		 901 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4240  aconitate hydratase 1  46.39 
 
 		 884 aa  722    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0224  aconitase  43.25 
 
 		 907 aa  672    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1682  aconitate hydratase  41.5 
 
 		 906 aa  667    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00945136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1006  aconitate hydratase  43.41 
 
 		 915 aa  692    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.304321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2096  aconitate hydratase 1  42.79 
 
 		 891 aa  677    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.931453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4439  aconitate hydratase  41.38 
 
 		 905 aa  646    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.604056  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5346  aconitate hydratase  81.24 
 
 		 864 aa  1436    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.992618  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2449  aconitate hydratase  42.53 
 
 		 942 aa  692    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1284  aconitate hydratase 1  42.98 
 
 		 907 aa  718    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1421  aconitate hydratase  86.44 
 
 		 868 aa  1575    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3357  aconitate hydratase  44.05 
 
 		 896 aa  699    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3631  aconitate hydratase  85.17 
 
 		 863 aa  1534    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0313  aconitate hydratase  85.28 
 
 		 863 aa  1535    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1454  aconitate hydratase 1  43.67 
 
 		 914 aa  669    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.293979  normal  0.11612 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2603  aconitate hydratase  79.88 
 
 		 872 aa  1442    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.120412  hitchhiker  0.000028644 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0230  aconitate hydratase 1  43.53 
 
 		 908 aa  676    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1859  aconitate hydratase  100 
 
 		 870 aa  1801    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2861  aconitase  43.64 
 
 		 891 aa  702    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.509308  normal  0.643421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3305  aconitate hydratase  41.95 
 
 		 905 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4840  aconitate hydratase  81.37 
 
 		 865 aa  1438    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44290  aconitate hydratase  43.97 
 
 		 910 aa  697    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53970  aconitate hydratase  78.36 
 
 		 868 aa  1416    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1246  aconitate hydratase  40.73 
 
 		 887 aa  662    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1644  aconitase  41.77 
 
 		 936 aa  659    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.417591  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3928  aconitate hydratase  41.38 
 
 		 905 aa  646    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5515  aconitate hydratase  81.24 
 
 		 864 aa  1436    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3827  aconitate hydratase  85.05 
 
 		 863 aa  1530    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1394  aconitase  41.94 
 
 		 926 aa  686    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.295353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0106  aconitase  41.69 
 
 		 922 aa  662    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2745  aconitate hydratase 1  40.99 
 
 		 954 aa  657    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.65057 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4301  aconitate hydratase  43.81 
 
 		 919 aa  704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>