More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1843 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1843  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
457 aa  942    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87984  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0589  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.47 
 
 
422 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4070  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.46 
 
 
416 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3343  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.68 
 
 
415 aa  373  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.112978 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0552  histidine kinase  49.31 
 
 
440 aa  368  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  52.14 
 
 
429 aa  363  2e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0520  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.07 
 
 
434 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4173  sensor histidine kinase  50.12 
 
 
428 aa  362  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3530  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  52.45 
 
 
429 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3708  ATPase domain-containing protein  52.45 
 
 
429 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0453  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.24 
 
 
436 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3187  sensor histidine kinase  46.82 
 
 
423 aa  345  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.88 
 
 
436 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0463  histidine kinase  49.63 
 
 
436 aa  342  7e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.12 
 
 
436 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0601  ATP-binding region, ATPase-like protein  48.96 
 
 
462 aa  340  4e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4818  sensor histidine kinase  34.24 
 
 
422 aa  219  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1642  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 
479 aa  170  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0300  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
423 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1827  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
423 aa  144  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000139866  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2689  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 
419 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2201  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 
430 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
436 aa  139  7e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0719781  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0008  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
421 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2881  putative two-component sensor  27.57 
 
 
436 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0738997  hitchhiker  0.00159828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12550  periplasmic sensory histidine protein kinase  30.55 
 
 
414 aa  133  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.418352  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3369  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 
357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
418 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3136  sensor histidine kinase  23.91 
 
 
417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0506729  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2735  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.91 
 
 
424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.503254  hitchhiker  0.00000000176943 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1586  sensor histidine kinase  27.49 
 
 
419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144463  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2206  histidine kinase  27.06 
 
 
429 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.979834  normal  0.192236 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.541426  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0930  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
418 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0173  sensor histidine kinase  27.15 
 
 
451 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00702706  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0887  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.93 
 
 
450 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0926  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.93 
 
 
418 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3389  histidine kinase  26.65 
 
 
448 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3712  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
448 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0820  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 
420 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.197209  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58320  putative two-component sensor  27.58 
 
 
422 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5108  putative two-component sensor  29.95 
 
 
422 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.655893  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2977  sensor histidine kinase  29.97 
 
 
449 aa  123  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4231  sensor histidine kinase  27.82 
 
 
419 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4554  sensor histidine kinase  28.13 
 
 
419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215906  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0039  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  27.29 
 
 
448 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0847  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
417 aa  120  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4051  histidine kinase  25.81 
 
 
465 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.510066  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0383  sensor kinase protein  27.47 
 
 
426 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326302  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2913  sensor histidine kinase  27.23 
 
 
426 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340179  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0188  sensor histidine kinase  27.23 
 
 
426 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0198  sensor histidine kinase  27.23 
 
 
426 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3251  sensor histidine kinase  27.23 
 
 
426 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2176  sensor histidine kinase  27.23 
 
 
426 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3435  sensor histidine kinase  27.23 
 
 
426 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0136  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
459 aa  116  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0162  sensor histidine kinase  26.75 
 
 
426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1606  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 
457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0150845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2035  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regB  23.85 
 
 
450 aa  113  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2344  histidine kinase  26.41 
 
 
452 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.349621  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 
408 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 
436 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4383  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.68 
 
 
436 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3894  histidine kinase  25.52 
 
 
442 aa  107  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2063  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
405 aa  106  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2148  two-component system, sensor protein  29.55 
 
 
405 aa  106  8e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.113962  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0665  histidine kinase  27.67 
 
 
442 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3090  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.88 
 
 
467 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0237  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 
437 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.349779  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6445  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.19 
 
 
472 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555946  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0600  ATP-binding region, ATPase-like  23.96 
 
 
449 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.41 
 
 
452 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3141  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 
468 aa  99  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3111  histidine kinase  24.81 
 
 
476 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.344952 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1739  two-component sensor histidine kinase  23.71 
 
 
443 aa  98.2  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337337  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2480  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
476 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00569401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3094  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
476 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0688371  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
462 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3003  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 
468 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2270  histidine kinase  23.73 
 
 
447 aa  95.1  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2780  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 
446 aa  95.1  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.892917 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00798  two-component system sensor protein  29.23 
 
 
408 aa  92.4  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.170926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4062  histidine kinase  22.95 
 
 
433 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081892  normal  0.353238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3432  sensor histidine kinase RegB  27.79 
 
 
463 aa  81.3  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0322  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.62 
 
 
444 aa  74.7  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0381069 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2840  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.32 
 
 
465 aa  72.8  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.916749 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2218  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.13 
 
 
449 aa  72.4  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.298182 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4060  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.54 
 
 
474 aa  71.6  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1503  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.59 
 
 
435 aa  71.6  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.203447  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4112  sporulation kinase B  25.75 
 
 
424 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1127  sporulation kinase B  25.75 
 
 
424 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.918455 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2708  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 
424 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0369764  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22730  putative two-component sensor  26.82 
 
 
445 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.172157  normal  0.0503129 
 
 
-
 
NC_004310  BR0133  sensor histidine kinase  25.3 
 
 
430 aa  68.9  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0128  sensor histidine kinase  25.3 
 
 
430 aa  68.9  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00320906  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3764  sporulation kinase B  25.75 
 
 
424 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.320466  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4058  sporulation kinase B  25.37 
 
 
424 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3916  sporulation kinase B  25.37 
 
 
424 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.651909  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3748  sporulation kinase B  25.37 
 
 
424 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4223  sporulation kinase B  25.37 
 
 
424 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>