26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1578 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1578  hypothetical protein  100 
 
 
221 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.378933  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1876  hypothetical protein  44.2 
 
 
222 aa  173  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.884343  normal  0.0360481 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1613  hypothetical protein  41.35 
 
 
228 aa  155  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1169  hypothetical protein  36.53 
 
 
212 aa  148  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.831554  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1979  hypothetical protein  36.41 
 
 
243 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3223  hypothetical protein  34.86 
 
 
222 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1707  hypothetical protein  33.49 
 
 
209 aa  122  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.56153e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2892  hypothetical protein  32.71 
 
 
211 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000701154  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2512  hypothetical protein  34.48 
 
 
210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00315625  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2738  hypothetical protein  27.24 
 
 
266 aa  95.1  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1706  hypothetical protein  28.57 
 
 
237 aa  88.6  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000256227 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0551  hypothetical protein  27.83 
 
 
265 aa  79  0.00000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.24318  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6359  hypothetical protein  27.17 
 
 
256 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.541634 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0022  hypothetical protein  26.84 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1611  hypothetical protein  24.29 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000105603  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5554  hypothetical protein  28.02 
 
 
256 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0384558  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5933  hypothetical protein  28.16 
 
 
247 aa  71.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3858  hypothetical protein  26.15 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1518  hypothetical protein  24.1 
 
 
282 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00888613  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1408  hypothetical protein  25.74 
 
 
270 aa  63.5  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3161  hypothetical protein  24.66 
 
 
306 aa  60.1  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6358  hypothetical protein  27.47 
 
 
256 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3121  hypothetical protein  21.25 
 
 
263 aa  53.9  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110248  normal  0.0572682 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3009  hypothetical protein  24.4 
 
 
270 aa  53.9  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640594  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3411  hypothetical protein  23.79 
 
 
242 aa  53.1  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000260975 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0748  hypothetical protein  21.97 
 
 
313 aa  46.6  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0021519  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>