More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1572 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
501 aa  1028    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1528  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 
483 aa  425  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2867  sensor histidine kinase  35.46 
 
 
463 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147797  normal  0.0868919 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0952  histidine kinase  42.64 
 
 
482 aa  260  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.483334 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0982  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  35.84 
 
 
467 aa  259  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363235  normal  0.539382 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1211  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  34.13 
 
 
461 aa  258  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000020096  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1202  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.27 
 
 
452 aa  258  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01983  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with BaeR  35.52 
 
 
467 aa  257  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1578  histidine kinase  35.52 
 
 
467 aa  257  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.582013  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2220  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  35.52 
 
 
467 aa  257  4e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3018  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  35.52 
 
 
467 aa  257  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0391914 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1563  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  35.52 
 
 
467 aa  257  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.32078  normal  0.70665 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01975  hypothetical protein  35.52 
 
 
467 aa  257  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2370  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  35.52 
 
 
467 aa  256  7e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1328  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.93 
 
 
461 aa  256  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3099  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.93 
 
 
461 aa  256  8e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000430471  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1155  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  35.32 
 
 
467 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.978252  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2688  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  35.27 
 
 
467 aa  254  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.660879  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2360  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  34.4 
 
 
467 aa  253  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2316  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  34.4 
 
 
467 aa  253  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2260  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  34.4 
 
 
467 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2367  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  34.67 
 
 
467 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.921328  normal  0.463318 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4320  histidine kinase  33.14 
 
 
518 aa  252  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0320579 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4210  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.14 
 
 
518 aa  252  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2476  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  34.4 
 
 
467 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2871  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
468 aa  250  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.680931  hitchhiker  0.00537944 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2971  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  40.12 
 
 
455 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 
493 aa  246  6e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.990632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1308  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  39.2 
 
 
457 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2706  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  33.33 
 
 
453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3304  sensor histidine kinase BaeS  33.8 
 
 
514 aa  244  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14320  periplasmic sensory histidine protein kinase  33.27 
 
 
465 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.951937  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05645  two-component sensor histidine kinase transcription regulator protein  32.87 
 
 
512 aa  242  9e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0968  histidine kinase  40.23 
 
 
455 aa  241  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3928  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 
507 aa  240  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3556  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  39.63 
 
 
460 aa  237  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3119  sensor histidine kinase  39.27 
 
 
516 aa  236  9e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2475  histidine kinase  41.12 
 
 
472 aa  225  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000186434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2723  sensor histidine kinase  30.74 
 
 
482 aa  223  4e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0987  sensor histidine kinase  32.06 
 
 
471 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000915173  normal  0.356896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 
454 aa  218  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3839  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
463 aa  216  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0235  ATP-binding region, ATPase-like protein  30.91 
 
 
495 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2589  sensor histidine kinase  42.18 
 
 
499 aa  213  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1774  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
483 aa  183  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.759672  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4258  histidine kinase  26.85 
 
 
529 aa  179  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.432696  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0032  histidine kinase  34 
 
 
423 aa  175  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
527 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101817  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1366  histidine kinase  31.14 
 
 
463 aa  167  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0287357  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8765  Histidine kinase  32.53 
 
 
593 aa  163  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
425 aa  158  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312987  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3062  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
458 aa  155  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4671  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
723 aa  155  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3973  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 
364 aa  150  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2122  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 
464 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3071  histidine kinase  30.43 
 
 
369 aa  147  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000550678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4524  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.27 
 
 
385 aa  148  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1060  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
510 aa  147  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
469 aa  147  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000408474  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
473 aa  145  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3675  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
379 aa  146  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203937  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3736  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
483 aa  146  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.509679  hitchhiker  0.0032323 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0392  histidine kinase  29.56 
 
 
449 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.367455 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
381 aa  145  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.748065  normal  0.851667 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3486  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
471 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0259  histidine kinase  26.99 
 
 
518 aa  145  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.10372  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2326  sensor protein yycg  28.96 
 
 
473 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5699  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
381 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.484619 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2906  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
379 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0313  ATPase domain-containing protein  28.4 
 
 
363 aa  144  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0134516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2950  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
379 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.32891  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0303  histidine kinase  35 
 
 
360 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0959  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.51 
 
 
471 aa  144  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 
369 aa  143  6e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.779976  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2936  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.58 
 
 
379 aa  143  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.210399 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3144  histidine kinase  32.8 
 
 
549 aa  143  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  hitchhiker  0.00122307 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04930  signal transduction histidine kinase  28.2 
 
 
389 aa  143  8e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
408 aa  143  9e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000118464  decreased coverage  0.00150782 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1713  histidine kinase  30.34 
 
 
464 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.529234  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_927  two-component system, OmpR family, sensor kinase  29.18 
 
 
470 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.917191  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2837  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.218038 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3303  histidine kinase  30.88 
 
 
356 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000380955 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0978  histidine kinase  32.35 
 
 
495 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.947826  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
370 aa  141  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.805184 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2640  sensor histidine kinase  28.87 
 
 
310 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18370  signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
389 aa  141  3e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0850  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
438 aa  141  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1156  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 
451 aa  141  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00188627  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1194  sensor histidine kinase  29.89 
 
 
466 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.755986  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00340  signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
500 aa  140  4.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00418447  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1214  sensor histidine kinase  29.6 
 
 
466 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.391759  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1192  sensor histidine kinase  29.6 
 
 
466 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1390  sensor histidine kinase  29.6 
 
 
466 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1313  sensor histidine kinase  29.6 
 
 
466 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0767  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 
451 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1216  histidine kinase  29.89 
 
 
466 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3992  sensor histidine kinase  29.89 
 
 
466 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
473 aa  139  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4068  histidine kinase  29.26 
 
 
594 aa  139  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.379101  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1414  sensor histidine kinase  29.6 
 
 
466 aa  139  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>