53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1513 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1513  curlin-associated protein  100 
 
 
177 aa  347  4e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1515  curlin-associated protein  55.43 
 
 
178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1816  curlin-associated protein  43.75 
 
 
183 aa  105  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1725  curlin-associated protein  41.4 
 
 
183 aa  97.4  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0532195  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2727  curlin associated  35.88 
 
 
482 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.849667  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2172  curlin-associated protein  34.11 
 
 
170 aa  53.9  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.650786  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1516  curlin-associated protein  31.09 
 
 
552 aa  53.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.977405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3412  curlin-associated protein  32.43 
 
 
139 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.179505  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3135  curlin-associated protein  36.73 
 
 
139 aa  50.1  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2550  curlin-associated protein  31.03 
 
 
481 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.895792  normal  0.0129391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2364  curlin-associated protein  30.56 
 
 
498 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2728  curlin associated  32.9 
 
 
434 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.718258  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3498  curlin-associated protein  38.79 
 
 
139 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.477257  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0865  Curlin associated repeat protein  38.79 
 
 
139 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2955  curlin-associated protein  31.47 
 
 
481 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0863246  normal  0.318983 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0842  curlin-associated protein  37.93 
 
 
139 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0877  curlin-associated protein  37.93 
 
 
139 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3398  curlin associated repeat protein  36.36 
 
 
157 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170694  normal  0.798817 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0722  curlin-associated protein  35.04 
 
 
139 aa  48.1  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0634124  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1557  curlin minor subunit  35.05 
 
 
151 aa  48.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.350896  normal  0.586693 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2230  curlin minor subunit  28.03 
 
 
151 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1254  curlin minor subunit  28.03 
 
 
151 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575884 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1239  curlin minor subunit  28.03 
 
 
151 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.486052  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1209  curlin minor subunit  28.03 
 
 
151 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.524993  normal  0.273192 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2551  curlin-associated protein  30 
 
 
157 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0240208 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0866  minor curlin subunit CsgB, putative  36.73 
 
 
139 aa  47  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2047  curlin minor subunit  28.03 
 
 
151 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00247074  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2589  hypothetical protein  35.79 
 
 
180 aa  46.6  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.226029  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01045  hypothetical protein  34.02 
 
 
151 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2604  Curlin associated repeat protein  34.02 
 
 
151 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2558  curlin minor subunit  34.02 
 
 
151 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.361683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01038  curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex  34.02 
 
 
151 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1161  curlin minor subunit  34.02 
 
 
160 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627916  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1160  curlin minor subunit  34.02 
 
 
151 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.48235  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1421  curlin minor subunit  34.02 
 
 
160 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.256433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2365  curlin-associated protein  37.36 
 
 
157 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3300  curlin-associated protein  31.54 
 
 
451 aa  44.7  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2090  curlin minor subunit  34.02 
 
 
160 aa  44.7  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.230335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1997  curlin associated  36.84 
 
 
154 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.465016  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0864  Curlin associated repeat protein  34.78 
 
 
496 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0646  curlin-associated protein  31.65 
 
 
143 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6066  Curlin associated repeat protein  31.82 
 
 
578 aa  43.9  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0876  curlin-associated protein  34.78 
 
 
496 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0841  curlin-associated protein  34.78 
 
 
496 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2954  curlin-associated protein  33.33 
 
 
156 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.218501  normal  0.263199 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3499  curlin-associated protein  34.78 
 
 
496 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.95975  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2946  minor curlin subunit CsgB, putative  30.47 
 
 
144 aa  42.4  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2947  hypothetical protein  29.73 
 
 
500 aa  41.6  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.424974  normal  0.148892 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0924  curlin associated  29.91 
 
 
144 aa  41.6  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.370381  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3136  curlin-associated protein  31.3 
 
 
496 aa  40.8  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0865  hypothetical protein  29.73 
 
 
502 aa  41.2  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3599  hypothetical protein  34.82 
 
 
120 aa  40.8  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3094  curlin associated  33.33 
 
 
142 aa  40.8  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.884996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>