More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1446 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1446  signal transduction protein  100 
 
 		 138 aa  280  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697131  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1899  signal transduction protein  79.71 
 
 		 138 aa  234  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.288112  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1896  signal transduction protein  78.26 
 
 		 138 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000161177 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2228  CBS domain-containing protein  78.26 
 
 		 138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1838  signal transduction protein  78.26 
 
 		 138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00822959 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2139  signal transduction protein  78.26 
 
 		 138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0162016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1932  signal transduction protein  78.83 
 
 		 138 aa  228  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.412842  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2387  putative signal transduction protein with CBS domains  78.83 
 
 		 138 aa  228  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.851922  normal  0.155065 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1906  signal transduction protein  78.83 
 
 		 138 aa  228  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1939  signal transduction protein  78.83 
 
 		 138 aa  228  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2685  signal transduction protein  74.45 
 
 		 138 aa  223  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1506  CBS domain-containing protein  77.54 
 
 		 138 aa  221  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1909  signal transduction protein  71.74 
 
 		 138 aa  213  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.597362  normal  0.0569884 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1618  CBS domain-containing protein  71.74 
 
 		 138 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2431  signal transduction protein  70.29 
 
 		 138 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1766  signal transduction protein  63.77 
 
 		 138 aa  189  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2064  hypothetical protein  45.26 
 
 		 139 aa  136  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.769911  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0550  CBS domain-containing protein  44.53 
 
 		 146 aa  133  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004008  inosine monophosphate dehydrogenase-related protein  45.65 
 
 		 139 aa  132  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2171  CBS domain-containing protein  43.7 
 
 		 139 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2859  signal transduction protein  47.41 
 
 		 143 aa  127  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.206571  hitchhiker  0.00464967 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02402  CBS domain protein  44.44 
 
 		 148 aa  127  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.121948  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01513  hypothetical protein  43.48 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1719  CBS domain-containing protein  43.7 
 
 		 143 aa  121  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000658293 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1253  CBS domain-containing protein  42.19 
 
 		 136 aa  110  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2259  signal transduction protein  42.54 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0497964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3311  CBS domain-containing protein  39.39 
 
 		 141 aa  103  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.881932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2242  CBS domain-containing protein  39.68 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1712  CBS domain-containing protein  38.1 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0256  CBS domain-containing protein  36.59 
 
 		 143 aa  87.8  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2970  CBS domain-containing protein  33.33 
 
 		 147 aa  87  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2287  CBS domain containing membrane protein  34.65 
 
 		 135 aa  81.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.146345  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2376  formate/nitrite transporter  38.26 
 
 		 537 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1710  formate/nitrite transporter  30.83 
 
 		 491 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.402769  hitchhiker  0.00135887 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2388  formate/nitrite transporter  31.58 
 
 		 508 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1674  formate/nitrite transporter  33.33 
 
 		 493 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2470  formate/nitrite transporter  33.33 
 
 		 558 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0519177  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01920  Inosine monophosphate dehydrogenase-related protein  30.88 
 
 		 154 aa  74.3  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.778717  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2880  formate/nitrite transporter  31.3 
 
 		 494 aa  72  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.910131  hitchhiker  0.000564584 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  28.95 
 
 		 483 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  27.78 
 
 		 483 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6174  CBS domain containing membrane protein  25.97 
 
 		 246 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1812  CBS domain containing membrane protein  33.33 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1851  CBS domain containing membrane protein  29.37 
 
 		 151 aa  62.4  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.309684  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2115  signal transduction protein  30.08 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.548765 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5821  signal-transduction protein  30.71 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12685 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0970  CBS domain-containing protein  27.59 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2019  putative signal transduction protein with CBS domains  30.97 
 
 		 144 aa  60.1  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.80054  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1308  putative signal transduction protein with CBS domains  28.76 
 
 		 161 aa  60.1  0.000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2338  CBS domain containing membrane protein  23.38 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0576  putative signal transduction protein with CBS domains  29.66 
 
 		 152 aa  59.3  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.134096  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1395  signal transduction protein  30.72 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0243  signal transduction protein  26.21 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6220  signal-transduction protein  28.47 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1889  signal transduction protein  27.59 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.617772 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0188  signal-transduction protein  26.67 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.885258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1094  signal-transduction protein  29.69 
 
 		 230 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1201  CBS domain-containing protein  28.77 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000963836  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2046  CBS  30.07 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.455097  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3570  CBS domain-containing protein  23.02 
 
 		 246 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.212334 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1281  signal transduction protein  28.76 
 
 		 153 aa  57  0.00000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.366949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  26.72 
 
 		 698 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0675  signal transduction protein  30.07 
 
 		 153 aa  56.6  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.302021  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1253  CBS domain-containing protein  27.4 
 
 		 150 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.515572 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1028  CBS domain containing membrane protein  25.9 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0495705 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  28.83 
 
 		 875 aa  55.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  31.36 
 
 		 875 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1873  hypothetical protein  29.55 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.994541 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  26.32 
 
 		 483 aa  55.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2521  signal transduction protein  24.03 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  31.36 
 
 		 875 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17480  predicted signal-transduction protein containing cAMP-binding and CBS domains  30.17 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4929  CBS domain containing protein  29.45 
 
 		 153 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.076883 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5888  CBS domain-containing protein  27.48 
 
 		 242 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0680  hypothetical protein  28.47 
 
 		 249 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.480825 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1895  CBS domain-containing protein  27.2 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.272783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5760  hypothetical protein  27.78 
 
 		 242 aa  54.3  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0278  CBS domain containing membrane protein  27.27 
 
 		 150 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1844  CBS domain-containing protein  27.42 
 
 		 688 aa  53.9  0.0000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0119  CBS domain containing protein  24.68 
 
 		 181 aa  53.5  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.851715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0964  hypothetical protein  27.55 
 
 		 217 aa  53.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0705  putative transcriptional regulator, XRE family  31.13 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2202  CBS domain-containing protein  28.08 
 
 		 152 aa  53.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000112787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3486  CBS domain-containing protein  27.69 
 
 		 221 aa  53.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000172668 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1500  formate transporter  28.43 
 
 		 547 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2016  CBS domain-containing protein  27.07 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0657  signal transduction protein  27.61 
 
 		 309 aa  52.8  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00784458  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1824  CBS  28.77 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.539518 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0663  signal-transduction protein  24.39 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0381  CBS domain-containing protein  30.58 
 
 		 688 aa  52.4  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0243844 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  27.12 
 
 		 888 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1043  cyclic nucleotide-binding protein  30.25 
 
 		 624 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0383  putative signal transduction protein with CBS domains  26.56 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0412615  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5546  CBS domain containing membrane protein  27.33 
 
 		 230 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103522  normal  0.484256 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1289  signal transduction protein  25.52 
 
 		 153 aa  51.6  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2357  putative signal transduction protein with CBS and DRTGG domains  30.3 
 
 		 435 aa  52  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.889148  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1632  CBS domain-containing protein  31.2 
 
 		 211 aa  51.6  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  30.58 
 
 		 909 aa  51.6  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1614  CBS domain containing membrane protein  24.79 
 
 		 155 aa  51.6  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.267585  normal  0.113023 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0269  signal transduction protein  25.81 
 
 		 688 aa  52  0.000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>