More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1198 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1198  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  100 
 
 
293 aa  595  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000520334  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1342  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  93.52 
 
 
303 aa  541  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292285  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1298  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  94.2 
 
 
293 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.206017  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1365  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  94.2 
 
 
293 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.613295  normal  0.833863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1358  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  94.2 
 
 
293 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.590321  normal  0.103677 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2560  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  93.52 
 
 
293 aa  534  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.110554  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2910  cobyrinic acid ac-diamide synthase  93.17 
 
 
293 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3052  cobyrinic acid ac-diamide synthase  93.17 
 
 
293 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.128151 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1382  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  91.13 
 
 
303 aa  530  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0481328  normal  0.271207 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1453  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  93.17 
 
 
293 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  91.81 
 
 
293 aa  532  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.483613  normal  0.647593 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2920  cobyrinic acid ac-diamide synthase  93.17 
 
 
293 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3050  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  92.15 
 
 
293 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.905912  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1634  cobyrinic acid ac-diamide synthase  91.81 
 
 
293 aa  527  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.240414  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1377  cobyrinic acid ac-diamide synthase  91.13 
 
 
293 aa  521  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0384925  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3211  flagellar biosynthetic protein FlhG  94.35 
 
 
283 aa  519  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3031  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  72.76 
 
 
288 aa  421  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02871  flagellar biosynthetic protein FlhG  72.07 
 
 
288 aa  419  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0742055  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1518  flagellar biosynthetic protein FlhG  73.38 
 
 
280 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2291  flagellar biosynthesis protein FlhG (flagellar number regulator)  68.07 
 
 
296 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03145  hypothetical protein  66.67 
 
 
295 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002831  flagellar synthesis regulator FleN  66.67 
 
 
295 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000517997  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1655  ParA family protein  67.84 
 
 
313 aa  381  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000026019  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1337  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  62.95 
 
 
299 aa  349  4e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.299825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2156  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.37 
 
 
308 aa  345  3e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0984  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.86 
 
 
293 aa  344  8.999999999999999e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.216375 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1562  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.88 
 
 
276 aa  332  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100295  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2806  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.74 
 
 
276 aa  332  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.992955  normal  0.186543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3438  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.25 
 
 
277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.704285  normal  0.639702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4342  flagellar number regulator FleN  62.36 
 
 
277 aa  328  6e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.422536  normal  0.723195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1978  flagellar synthesis regulator FleN  61.25 
 
 
274 aa  328  6e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3873  flagellar synthesis regulator FleN  62.74 
 
 
280 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45640  flagellar synthesis regulator FleN  62.74 
 
 
280 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.555509  normal  0.237681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1525  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.36 
 
 
277 aa  328  6e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.44123  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1976  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.25 
 
 
270 aa  327  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3668  cobyrinic acid ac-diamide synthase  62.36 
 
 
277 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0704909  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3911  cobyrinic acid ac-diamide synthase  61.98 
 
 
277 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0716  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  56.2 
 
 
276 aa  323  2e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.47964  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1747  hypothetical protein  54.12 
 
 
289 aa  322  4e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1747  hypothetical protein  54.12 
 
 
289 aa  322  4e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0746  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  51.88 
 
 
297 aa  309  2.9999999999999997e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2165  flagellar number regulator FleN  57.04 
 
 
279 aa  299  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0478  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.08 
 
 
277 aa  297  1e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30460  flagellar number regulator; FleN  50.37 
 
 
280 aa  295  6e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1174  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  52.22 
 
 
274 aa  276  3e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358901  normal  0.212206 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00958  flagellar synthesis regulator FleN  54.34 
 
 
294 aa  254  9e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.275874  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06208  flagellar synthesis regulator FleN  54.34 
 
 
294 aa  254  9e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121136  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1863  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  54.14 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0949609  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1160  putative flagellar biosynthesis protein FlhG  43.75 
 
 
304 aa  247  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2501  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  45.26 
 
 
296 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0308577  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2597  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  45.26 
 
 
296 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000736548  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1356  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  44.56 
 
 
296 aa  242  6e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0188424  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0326  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.39 
 
 
270 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.48097  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0428  NifH/frxC:cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.23 
 
 
311 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3054  ParA family protein  41.89 
 
 
309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918041  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0590  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.11 
 
 
301 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3446  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  43.51 
 
 
308 aa  231  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4109  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.75 
 
 
310 aa  229  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3284  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  40.88 
 
 
309 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2012  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.49 
 
 
271 aa  225  8e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3038  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  43.18 
 
 
343 aa  223  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0158  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  45.63 
 
 
271 aa  223  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.726569  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0382  flagellar synthesis regulator FleN  43.35 
 
 
270 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.928835  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3469  flagellar synthesis regulator FleN  44.44 
 
 
271 aa  219  6e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16660  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.01 
 
 
288 aa  216  5e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2693  cobyrinic acid ac-diamide synthase  42.42 
 
 
293 aa  206  5e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1383  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.77 
 
 
333 aa  202  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1764  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.45 
 
 
370 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1591  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.17 
 
 
519 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1597  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  39.85 
 
 
295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2277  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.46 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.457931  normal  0.37133 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0792  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.73 
 
 
281 aa  183  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.3085  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1746  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.54 
 
 
290 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0487  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.54 
 
 
302 aa  181  9.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2029  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.01 
 
 
301 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1304  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.87 
 
 
278 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3025  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.65 
 
 
275 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.30922  normal  0.446924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3289  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.53 
 
 
291 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.592473 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2685  flagellar synthesis regulator FleN  37.16 
 
 
295 aa  177  2e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0515842  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2698  flagellar biosynthesis like protein  41.73 
 
 
266 aa  176  6e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3765  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.27 
 
 
306 aa  175  9e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3849  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.03 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000469993 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0557  flagellar synthesis regulator FleN, putative  37.66 
 
 
272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000258989 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2027  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.59 
 
 
283 aa  170  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4132  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.82 
 
 
294 aa  170  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0777217  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1649  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  40.89 
 
 
288 aa  169  4e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000540188  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1313  NifH/FrxC:cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.05 
 
 
302 aa  169  6e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0706  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.52 
 
 
290 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0871  ParA protein  30.64 
 
 
300 aa  167  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0698  cobyrinic acid ac-diamide synthase  39.02 
 
 
273 aa  165  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.6397 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0651  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.25 
 
 
268 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4042  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.21 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0651768 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0275  ATP-binding protein  35 
 
 
295 aa  163  3e-39  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1300  flagellar synthesis regulator FleN, putative  35.56 
 
 
272 aa  162  7e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.49294  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0532  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.36 
 
 
257 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.192036  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1928  flagellar biosynthesis switch protein  39.31 
 
 
275 aa  160  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.965527 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2151  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.81 
 
 
298 aa  158  8e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1486  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.99 
 
 
278 aa  158  9e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2390  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.52 
 
 
273 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1940  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.07 
 
 
270 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.403217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>