More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1066 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0062  oxaloacetate decarboxylase  63.51 
 
 
588 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0639  oxaloacetate decarboxylase  67.39 
 
 
595 aa  831    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0320  oxaloacetate decarboxylase  62.73 
 
 
605 aa  769    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3543  oxaloacetate decarboxylase  63.01 
 
 
589 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.549121  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2480  oxaloacetate decarboxylase  63.73 
 
 
598 aa  799    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1049  oxaloacetate decarboxylase  64.72 
 
 
592 aa  802    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1199  oxaloacetate decarboxylase  76.36 
 
 
603 aa  950    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0061  oxaloacetate decarboxylase  63.18 
 
 
589 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02841  oxaloacetate decarboxylase  66.33 
 
 
604 aa  827    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.698673  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0059  oxaloacetate decarboxylase  63.68 
 
 
591 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.265333  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0831  oxaloacetate decarboxylase  63.18 
 
 
591 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3544  oxaloacetate decarboxylase  63.51 
 
 
589 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03491  oxaloacetate decarboxylase  68.91 
 
 
593 aa  838    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0060  oxaloacetate decarboxylase  64.36 
 
 
590 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580433  normal  0.307421 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3650  oxaloacetate decarboxylase  62.69 
 
 
594 aa  762    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  76.49 
 
 
604 aa  953    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1126  oxaloacetate decarboxylase  79.9 
 
 
607 aa  984    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002525  oxaloacetate decarboxylase alpha chain  69.23 
 
 
594 aa  845    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.450431  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  79.43 
 
 
608 aa  993    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1454  oxaloacetate decarboxylase  62.75 
 
 
690 aa  749    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.583175  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0894  oxaloacetate decarboxylase  62.67 
 
 
589 aa  748    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1306  oxaloacetate decarboxylase  67.34 
 
 
596 aa  818    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  0.0412594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0693  oxaloacetate decarboxylase  64.57 
 
 
602 aa  793    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  77.45 
 
 
602 aa  963    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0862  oxaloacetate decarboxylase  64.36 
 
 
590 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  80.07 
 
 
606 aa  990    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3012  oxaloacetate decarboxylase  68.9 
 
 
596 aa  840    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.930079  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  63.77 
 
 
599 aa  801    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  77.57 
 
 
611 aa  959    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  77.24 
 
 
611 aa  952    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1066  oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 
592 aa  1220    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2799  oxaloacetate decarboxylase  62.69 
 
 
690 aa  750    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.29172 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0060  oxaloacetate decarboxylase  63.51 
 
 
591 aa  757    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3196  oxaloacetate decarboxylase  62.88 
 
 
594 aa  771    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.097101  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3165  oxaloacetate decarboxylase  77.24 
 
 
611 aa  947    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3712  oxaloacetate decarboxylase  64.36 
 
 
590 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3615  oxaloacetate decarboxylase  63.34 
 
 
589 aa  762    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472152  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0803  oxaloacetate decarboxylase  63.18 
 
 
589 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0085  oxaloacetate decarboxylase  67.89 
 
 
597 aa  834    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0260292  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1220  oxaloacetate decarboxylase  78.11 
 
 
601 aa  956    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0185712  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  80.07 
 
 
607 aa  996    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1052  oxaloacetate decarboxylase  76.29 
 
 
599 aa  942    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0474655  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3623  oxaloacetate decarboxylase  67.78 
 
 
599 aa  829    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00192901  decreased coverage  0.000000118523 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3376  oxaloacetate decarboxylase  66.33 
 
 
604 aa  826    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709986  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0971  oxaloacetate decarboxylase  67.51 
 
 
595 aa  822    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.195309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2893  oxaloacetate decarboxylase  68.19 
 
 
592 aa  827    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.345555  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1092  oxaloacetate decarboxylase  79.9 
 
 
607 aa  981    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1740  hypothetical protein  53.49 
 
 
596 aa  631  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.407057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  50.49 
 
 
602 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71720  pyruvate carboxylase subunit B  49.59 
 
 
607 aa  588  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6223  pyruvate carboxylase subunit B  49.59 
 
 
607 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  49.1 
 
 
602 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5124  pyruvate carboxylase subunit B  49.19 
 
 
602 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  49.84 
 
 
602 aa  583  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1512  pyruvate carboxylase subunit B  47.92 
 
 
617 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.841478  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5346  pyruvate carboxylase subunit B  48.78 
 
 
602 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544178 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  48.77 
 
 
599 aa  579  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1350  pyruvate carboxylase subunit B  48.56 
 
 
568 aa  579  1e-164  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  48.61 
 
 
615 aa  581  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5255  pyruvate carboxylase subunit B  48.78 
 
 
602 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.594563 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1334  pyruvate carboxylase subunit B  49.66 
 
 
569 aa  579  1e-164  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5395  pyruvate carboxylase subunit B  48.78 
 
 
602 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  48.45 
 
 
602 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1341  pyruvate carboxylase subunit B  49.74 
 
 
569 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.421509 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0612  pyruvate carboxylase subunit B  49.91 
 
 
569 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.86669  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1005  pyruvate carboxylase subunit B  48.72 
 
 
567 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  48.12 
 
 
602 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  46.89 
 
 
609 aa  560  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1010  pyruvate carboxylase subunit B  47.38 
 
 
579 aa  555  1e-157  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1556  pyruvate carboxylase subunit B  47.78 
 
 
604 aa  551  1e-156  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.411533  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  45.52 
 
 
573 aa  550  1e-155  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2425  pyruvate carboxylase subunit B  46.21 
 
 
571 aa  549  1e-155  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1643  pyruvate carboxylase subunit B  47.37 
 
 
582 aa  546  1e-154  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.667683  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1784  pyruvate carboxylase subunit B  46.62 
 
 
582 aa  545  1e-153  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.803588  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1733  pyruvate carboxylase subunit B  47.04 
 
 
567 aa  545  1e-153  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0531  pyruvate carboxylase subunit B  46.39 
 
 
596 aa  539  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0507  pyruvate carboxylase subunit B  46.39 
 
 
596 aa  539  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1606  oxaloacetate decarboxylase alpha subunit  46.02 
 
 
608 aa  540  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0818232  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3189  pyruvate carboxylase subunit B  46.6 
 
 
577 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1736  oxaloacetate decarboxylase  54.82 
 
 
510 aa  539  9.999999999999999e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0701  oxaloacetate decarboxylase  56.32 
 
 
465 aa  532  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0137  pyruvate carboxylase subunit B  46.01 
 
 
577 aa  524  1e-147  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0033  oxaloacetate decarboxylase  52.29 
 
 
499 aa  519  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000614565  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3084  oxaloacetate decarboxylase  52.29 
 
 
499 aa  519  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000401568  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0119  pyruvate carboxylase subunit B  44.41 
 
 
584 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.698581  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1582  oxaloacetate decarboxylase  52.76 
 
 
465 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  42.1 
 
 
616 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0250  pyruvate carboxylase subunit B  44.65 
 
 
582 aa  514  1e-144  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3026  oxaloacetate decarboxylase  50 
 
 
520 aa  512  1e-144  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.444345 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0631  Conserved carboxylase region  42.34 
 
 
633 aa  512  1e-144  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0316  oxaloacetate decarboxylase  51.48 
 
 
501 aa  514  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  43.84 
 
 
587 aa  511  1e-143  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0334  oxaloacetate decarboxylase  51.08 
 
 
501 aa  510  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.849727  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1319  Conserved carboxylase region  51.56 
 
 
463 aa  503  1e-141  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1064  pyruvate carboxylase subunit B  41.65 
 
 
634 aa  504  1e-141  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000214042  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1230  Conserved carboxylase region  48.88 
 
 
475 aa  499  1e-140  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1284  pyruvate carboxylase subunit B  44.28 
 
 
618 aa  496  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.01303  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2603  pyruvate carboxylase subunit B  41.71 
 
 
624 aa  491  1e-137  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000143186  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1594  oxaloacetate decarboxylase  50 
 
 
480 aa  491  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.244683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2433  oxaloacetate decarboxylase  50.22 
 
 
470 aa  484  1e-135  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>