108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0615 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0615  hypothetical protein  100 
 
 
154 aa  320  5e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3837  formate-dependent nitrite reductase  55.19 
 
 
154 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0181  formate-dependent nitrite reductase  53.9 
 
 
153 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4153  formate-dependent nitrite reductase  53.9 
 
 
153 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4285  formate-dependent nitrite reductase  53.9 
 
 
153 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.128151 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0182  formate-dependent nitrite reductase  53.9 
 
 
153 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3764  formate-dependent nitrite reductase  54.55 
 
 
154 aa  180  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3962  formate-dependent nitrite reductase  54.55 
 
 
154 aa  179  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0313  formate-dependent nitrite reductase  53.64 
 
 
154 aa  175  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3563  hypothetical protein  47.3 
 
 
166 aa  147  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0241  hypothetical protein  43.54 
 
 
157 aa  140  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3156  hypothetical protein  41.1 
 
 
154 aa  135  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2902  hypothetical protein  40.69 
 
 
153 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3967  formate-dependent nitrite reductase  42.57 
 
 
156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0518  hypothetical protein  34.64 
 
 
156 aa  114  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0240  formate-dependent nitrite reductase  37.96 
 
 
157 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03943  nitrite reductase, formate-dependent, penta-heme cytochrome c  34.94 
 
 
188 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3921  cytochrome c nitrite reductase, pentaheme subunit  34.94 
 
 
188 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4316  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  34.94 
 
 
188 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4627  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  34.94 
 
 
188 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2431  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
189 aa  96.7  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5576  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  34.94 
 
 
188 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03903  hypothetical protein  34.94 
 
 
188 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3956  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4533  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4592  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  94.7  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4623  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4621  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342396 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4530  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4537  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4672  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  33.73 
 
 
188 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2734  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  32.53 
 
 
189 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4360  decaheme cytochrome c  33.86 
 
 
304 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1305  cytochrome c family protein  32.56 
 
 
310 aa  73.9  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000952698 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0352  cytochrome c family protein  30.39 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.101331 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0268  cytochrome C family protein  27.43 
 
 
314 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3675  cytochrome C family protein  27.43 
 
 
315 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2230  cytochrome C family protein  32.82 
 
 
309 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0468166  decreased coverage  0.000802637 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3126  cytochrome C family protein  34.62 
 
 
333 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00631921  hitchhiker  0.0000243395 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3130  cytochrome C family protein  29.83 
 
 
317 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.849943  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2149  cytochrome c family protein  34.92 
 
 
304 aa  70.9  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0950345  normal  0.491991 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3686  cytochrome C family protein  33.59 
 
 
314 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1402  cytochrome c family protein  31.17 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1427  decaheme cytochrome c  32.06 
 
 
318 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2925  cytochrome c family protein  34.11 
 
 
315 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1477  cytochrome C family protein  33.85 
 
 
334 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000779097  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2511  cytochrome C family protein  33.08 
 
 
329 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115309  hitchhiker  0.00672893 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2579  cytochrome C family protein  33.08 
 
 
329 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.069167  normal  0.0206665 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2677  cytochrome C family protein  33.08 
 
 
329 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.376662  normal  0.0163011 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0227  cytochrome c family protein  31.91 
 
 
316 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2638  cytochrome C family protein  31.54 
 
 
329 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.838087  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4082  hypothetical protein  31.68 
 
 
307 aa  64.7  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0556738  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1207  decaheme cytochrome c MtrA  33.08 
 
 
326 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0298799  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1616  cytochrome C family protein  32.84 
 
 
321 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.093642  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1777  decaheme cytochrome c MtrA  33.08 
 
 
333 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1593  cytochrome C family protein  34.07 
 
 
321 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000481816  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1577  cytochrome C family protein  32.31 
 
 
333 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000354628  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1611  cytochrome C family protein  32.31 
 
 
333 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.173927  normal  0.248798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0231  cytochrome C family protein  32.06 
 
 
316 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2766  cytochrome C family protein  32.31 
 
 
333 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0218266  hitchhiker  0.000000422231 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2761  cytochrome C family protein  32.09 
 
 
319 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.309572  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1530  cytochrome c family protein  32.06 
 
 
321 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.892773  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003115  cytochrome c-type protein nrfB precursor  28.03 
 
 
200 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1524  cytochrome c family protein  30.77 
 
 
333 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2820  cytochrome C family protein  32.82 
 
 
312 aa  62.4  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1582  cytochrome C family protein  32.09 
 
 
321 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000911408  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02726  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  24.86 
 
 
200 aa  62  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2519  cytochrome C family protein  31.34 
 
 
322 aa  61.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.589751  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2526  cytochrome C family protein  30.77 
 
 
329 aa  61.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2672  cytochrome C family protein  30.6 
 
 
321 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.655979  normal  0.0486911 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1213  decaheme cytochrome c MtrD  30.77 
 
 
318 aa  60.8  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.766107  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2574  cytochrome C family protein  30.6 
 
 
321 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.448859  hitchhiker  0.00699839 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1588  cytochrome C family protein  31.54 
 
 
333 aa  60.8  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00373932  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2699  cytochrome C family protein  30.53 
 
 
328 aa  60.8  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.840713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1782  decaheme cytochrome c MtrD  25.84 
 
 
306 aa  60.5  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1998  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  25.76 
 
 
197 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2506  cytochrome C family protein  29.85 
 
 
321 aa  58.9  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.365224  hitchhiker  0.00105775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2692  cytochrome C family protein  31.06 
 
 
319 aa  58.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0397  cytochrome C family protein  30 
 
 
299 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.265526 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003777  decaheme cytochrome c MtrA  32.65 
 
 
326 aa  55.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3626  cytochrome C family protein  26.75 
 
 
299 aa  53.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0125  hypothetical protein  25 
 
 
618 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2203  cytochrome c family protein  26.81 
 
 
363 aa  48.9  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1402  double CXXCH motif-containing protein  27.27 
 
 
317 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0638375 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1744  cytochrome c family protein  29.93 
 
 
337 aa  47  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.740978 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1577  cytochrome c family protein  26.51 
 
 
372 aa  46.2  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0361  decaheme cytochrome c MtrA  26.87 
 
 
286 aa  46.6  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.162857  hitchhiker  0.000223849 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3859  cytochrome C family protein  29.13 
 
 
287 aa  46.6  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00158078  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0274  cytochrome c family protein  23.44 
 
 
619 aa  45.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00552346  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3118  cytochrome C family protein  31.51 
 
 
334 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0747  multiheme cytochrome  28.03 
 
 
487 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.568299  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1144  cytochrome C family protein  33.64 
 
 
334 aa  44.7  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0100  cytochrome c family protein  21.64 
 
 
618 aa  43.9  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000214934  normal  0.444755 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0594  cytochrome c family protein  28.89 
 
 
349 aa  43.5  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.127637  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0064  cytochrome c family protein  30.56 
 
 
689 aa  43.5  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3218  cytochrome c family protein  28.68 
 
 
480 aa  42.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0562793  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2928  cytochrome c family protein  27.67 
 
 
350 aa  42.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000703284  decreased coverage  2.01033e-17 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3639  cytochrome C family protein  29.31 
 
 
353 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0348181  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0077  hypothetical protein  21.64 
 
 
616 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.09082e-34 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2525  decaheme cytochrome c  28.19 
 
 
656 aa  42  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837992  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>