More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0428 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03656  DNA helicase and single-stranded DNA-dependent ATPase  68.11 
 
 		 673 aa  935    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0354982  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4199  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.11 
 
 		 673 aa  935    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0151  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.42 
 
 		 674 aa  929    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5264  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.34 
 
 		 669 aa  698    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4124  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.41 
 
 		 707 aa  935    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4301  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.41 
 
 		 674 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165801  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  54.42 
 
 		 667 aa  743    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4193  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.41 
 
 		 674 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0300  ATP-dependent DNA helicase Rep  67.36 
 
 		 677 aa  949    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3994  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.11 
 
 		 673 aa  935    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4325  ATP-dependent DNA helicase Rep  89.7 
 
 		 671 aa  1258    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.19 
 
 		 669 aa  715    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.87 
 
 		 675 aa  933    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0253  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.34 
 
 		 669 aa  696    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.7 
 
 		 665 aa  651    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4012  ATP-dependent DNA helicase Rep  89.7 
 
 		 670 aa  1278    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.7 
 
 		 665 aa  652    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0075  ATP-dependent DNA helicase RepA  51.04 
 
 		 669 aa  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.688079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.69 
 
 		 677 aa  646    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  70.54 
 
 		 671 aa  984    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4143  ATP-dependent DNA helicase Rep  67.96 
 
 		 673 aa  931    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3599  ATP-dependent DNA helicase Rep  90.3 
 
 		 670 aa  1269    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0305  ATP-dependent DNA helicase Rep  88.51 
 
 		 670 aa  1230    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  52.54 
 
 		 668 aa  712    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5519  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.19 
 
 		 669 aa  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277049 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4139  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.41 
 
 		 674 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  70.24 
 
 		 671 aa  981    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3990  ATP-dependent DNA helicase Rep  89.85 
 
 		 670 aa  1278    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4225  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.11 
 
 		 673 aa  935    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5211  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.26 
 
 		 673 aa  937    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  51.39 
 
 		 677 aa  682    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4242  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.41 
 
 		 674 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.907548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4007  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.06 
 
 		 673 aa  941    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00646067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0206  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.04 
 
 		 669 aa  697    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0188843 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4288  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.11 
 
 		 673 aa  935    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.47 
 
 		 673 aa  924    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0468  ATP-dependent DNA helicase Rep  87.91 
 
 		 670 aa  1254    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  49.11 
 
 		 679 aa  657    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  53.06 
 
 		 672 aa  727    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.4 
 
 		 690 aa  642    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0406  ATP-dependent DNA helicase Rep  92.09 
 
 		 670 aa  1276    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  53.39 
 
 		 682 aa  747    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  49.53 
 
 		 677 aa  645    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3651  ATP-dependent DNA helicase Rep  52.62 
 
 		 682 aa  715    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4142  ATP-dependent DNA helicase Rep  68.11 
 
 		 673 aa  935    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0070  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.12 
 
 		 671 aa  907    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0156  ATP-dependent DNA helicase Rep  69.55 
 
 		 674 aa  957    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4147  ATP-dependent DNA helicase Rep  87.31 
 
 		 670 aa  1212    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0515139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  62.54 
 
 		 670 aa  895    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0376  ATP-dependent DNA helicase Rep  90 
 
 		 671 aa  1260    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.158989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3913  ATP-dependent DNA helicase Rep  89.7 
 
 		 670 aa  1278    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3650  ATP-dependent DNA helicase Rep  90 
 
 		 671 aa  1259    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0428  ATP-dependent DNA helicase Rep  100 
 
 		 670 aa  1386    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12866  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.34 
 
 		 706 aa  695    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69910  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.49 
 
 		 669 aa  696    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0360  ATP-dependent DNA helicase Rep  89.24 
 
 		 671 aa  1248    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.69251  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  53.13 
 
 		 671 aa  716    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.47 
 
 		 673 aa  924    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.47 
 
 		 673 aa  922    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5316  ATP-dependent DNA helicase Rep  50.74 
 
 		 669 aa  693    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.640166  normal  0.0761543 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  50 
 
 		 685 aa  665    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0374  ATP-dependent DNA helicase Rep  90 
 
 		 671 aa  1260    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.34 
 
 		 669 aa  698    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  68.26 
 
 		 671 aa  972    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  71.24 
 
 		 671 aa  975    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0249  UvrD/REP helicase  49.4 
 
 		 663 aa  635    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000268408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4106  ATP-dependent DNA helicase Rep  89.7 
 
 		 685 aa  1277    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3266  ATP-dependent DNA helicase Rep  85.67 
 
 		 670 aa  1194    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3473  ATP-dependent DNA helicase Rep  65.27 
 
 		 669 aa  926    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.406551 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  53.81 
 
 		 672 aa  698    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00076  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.57 
 
 		 671 aa  906    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03605  hypothetical protein  68.11 
 
 		 673 aa  935    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0230376  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  53.49 
 
 		 669 aa  704    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0199  ATP-dependent DNA helicase Rep  66.57 
 
 		 674 aa  922    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4207  ATP-dependent DNA helicase Rep  67.01 
 
 		 673 aa  934    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.75 
 
 		 663 aa  619  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1537  UvrD/REP helicase  47.74 
 
 		 688 aa  614  9.999999999999999e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3329  UvrD/REP helicase  47.91 
 
 		 695 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544954  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  47.99 
 
 		 721 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0163  UvrD/REP helicase  47.76 
 
 		 695 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  47.76 
 
 		 695 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0137  UvrD/REP helicase  47.76 
 
 		 695 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0060  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.54 
 
 		 696 aa  598  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2905  UvrD/REP helicase  47.61 
 
 		 695 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.306179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0150  UvrD/REP helicase  47.61 
 
 		 695 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275527  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3877  UvrD/REP helicase  47.39 
 
 		 696 aa  597  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3260  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.46 
 
 		 848 aa  597  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.807902  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3991  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.31 
 
 		 695 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282307  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0122  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.31 
 
 		 733 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3919  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.31 
 
 		 695 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0828794  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3000  UvrD/REP helicase  47.38 
 
 		 731 aa  594  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.120838 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3478  ATP-dependent DNA helicase Rep  46.78 
 
 		 695 aa  594  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.23 
 
 		 662 aa  595  1e-168  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  47.23 
 
 		 662 aa  595  1e-168  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3289  ATP-dependent DNA helicase REP protein  47.86 
 
 		 705 aa  588  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3485  UvrD/REP helicase  48.73 
 
 		 706 aa  586  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3327  ATP-dependent DNA helicase Rep  45.96 
 
 		 704 aa  585  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0992503  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0166  ATP-dependent DNA helicase Rep  46.62 
 
 		 660 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.119958 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3158  UvrD/REP helicase  48.28 
 
 		 706 aa  585  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154088  normal  0.513844 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3303  ATP-dependent DNA helicase Rep  46.81 
 
 		 700 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>