22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A2284 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A1083  gifsy-1 prophage PrpO  100 
 
 
327 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00906063  hitchhiker  0.00000468495 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2284  gifsy-1 prophage PrpO  100 
 
 
325 aa  669    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0857509  normal  0.0949977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1053  gifsy-1 prophage PrpO  100 
 
 
327 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0283915  hitchhiker  0.00000186889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2834  replication protein O  35.62 
 
 
294 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.314144 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2284  protein of unknown function DUF1376  45.83 
 
 
285 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.492747  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3553  replication protein O  35.48 
 
 
312 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.609117  hitchhiker  1.07069e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00721  hypothetical protein  33.18 
 
 
299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.180512  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10024  DNA replication protein  33.18 
 
 
299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.222522  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3234  phage replication protein O  30.81 
 
 
334 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.69672  hitchhiker  0.00032454 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0784  phage replication protein O  31.61 
 
 
269 aa  84  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.133854  hitchhiker  0.00108821 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2985  prophage LambdaSo, replication protein O  42.72 
 
 
338 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2617  phage replication protein O  41.75 
 
 
355 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.398794  hitchhiker  0.0000603764 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1119  replication protein O  36.97 
 
 
301 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.676639  normal  0.807311 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2921  replication of DNA  37.62 
 
 
273 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  hitchhiker  6.39526e-16 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0620  gp59  36.72 
 
 
286 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0966725  decreased coverage  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0624  DNA replication protein gp18  31.97 
 
 
277 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00127495 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0384  DNA replication protein gp18  31.97 
 
 
271 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0966455  hitchhiker  0.00000000000236015 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1906  GP60  33.33 
 
 
339 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000000738533  normal  0.0210495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3894  phage replication protein O, putative  34.44 
 
 
276 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3439  putative transcriptional regulator  33 
 
 
249 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119584  unclonable  9.09525e-17 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1303  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  27.96 
 
 
304 aa  43.1  0.007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.187485  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1845  hypothetical protein  33.87 
 
 
248 aa  42.7  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.918053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>