114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4165 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4051  PTS system fructose-specific transporter subunit IIA  100 
 
 
141 aa  285  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0648289 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4102  PTS system fructose IIA component  100 
 
 
141 aa  285  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3979  PTS system fructose IIA component  100 
 
 
141 aa  285  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3997  PTS system fructose IIA component  100 
 
 
141 aa  285  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4165  PTS system fructose transporter subunit IIA  100 
 
 
141 aa  285  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.315728 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3277  PTS system fructose IIA component  85.21 
 
 
142 aa  243  4e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3864  PTS system fructose subfamily IIA component  45.04 
 
 
136 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  33.86 
 
 
138 aa  68.2  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  33.86 
 
 
138 aa  68.2  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  28.8 
 
 
134 aa  67  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0382  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  29.63 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  34.15 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3205  PTS system fructose subfamily IIA component  35.42 
 
 
143 aa  62  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1272  PTS system fructose subfamily IIA component  23.97 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  31.36 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  31.93 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1287  PTS system fructose subfamily IIA component  31.09 
 
 
130 aa  56.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.178169  hitchhiker  0.00000226517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2162  PTS system fructose subfamily IIA component  30.51 
 
 
130 aa  55.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  30.33 
 
 
142 aa  55.1  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  30.83 
 
 
135 aa  55.5  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  33.05 
 
 
133 aa  53.9  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0132  PTS system fructose subfamily IIA component  31.53 
 
 
136 aa  53.9  0.0000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  28.81 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2096  PTS system fructose subfamily IIA component  31.5 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  30.58 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  27.12 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  33.87 
 
 
138 aa  52.8  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  33.61 
 
 
141 aa  52  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  27.78 
 
 
152 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  28.81 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  28.81 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1902  PTS system, IIA component  32.2 
 
 
144 aa  50.8  0.000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00331996  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  34.45 
 
 
133 aa  50.4  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  29.92 
 
 
129 aa  50.4  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  30.85 
 
 
134 aa  50.4  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4281  PTS system fructose subfamily IIA component  29.66 
 
 
142 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0200  protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  30.69 
 
 
329 aa  50.1  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000259121  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3696  PTS system fructose subfamily IIA component  25.93 
 
 
143 aa  49.3  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000385193  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0120  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  21.14 
 
 
132 aa  48.9  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000167564  hitchhiker  1.7476000000000002e-20 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  30 
 
 
145 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  29.66 
 
 
133 aa  48.9  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  28.81 
 
 
136 aa  48.1  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  26.92 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  31.67 
 
 
151 aa  47.8  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  31.73 
 
 
130 aa  47  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1795  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  27.45 
 
 
332 aa  47  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.172068  hitchhiker  1.3720900000000001e-24 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0345  PTS system, IIA component  24.19 
 
 
143 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  31.53 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  31.91 
 
 
135 aa  46.2  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  27.97 
 
 
133 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0948  PTS system fructose subfamily IIA component  26.67 
 
 
137 aa  47  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01787  fused mannose-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0965607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  28.81 
 
 
133 aa  46.2  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  29.31 
 
 
172 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  34.13 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0818  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  27.45 
 
 
326 aa  45.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0804  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  27.45 
 
 
326 aa  45.4  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  28.57 
 
 
135 aa  45.4  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0372  mannose PTS system component IIAB  25.24 
 
 
330 aa  45.4  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000136714  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1068  PTS system fructose subfamily IIA component  30 
 
 
146 aa  45.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1863  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  26.72 
 
 
329 aa  44.7  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00596376  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1768  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  31.68 
 
 
314 aa  44.7  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000481917  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  32.5 
 
 
133 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0150  PTS system fructose subfamily IIA component  29.6 
 
 
141 aa  45.1  0.0004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  32.5 
 
 
133 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  34.34 
 
 
131 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  28.18 
 
 
136 aa  44.7  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  31.09 
 
 
133 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0361  PTS system, mannose-specific IIAB components  26.21 
 
 
336 aa  43.9  0.0007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00370358  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03001  putative phosphotransferase system enzyme subunit (N-acetyl-galactosamine/galactosamine PTS system enzyme IIA component)  30.39 
 
 
144 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3326  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  30.39 
 
 
144 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3616  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  30.39 
 
 
144 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0564  PTS system fructose subfamily IIA component  30.39 
 
 
144 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.576662  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0752  sugar transport protein  31.13 
 
 
130 aa  43.9  0.0008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0666  PTS system fructose subfamily IIA component  31.13 
 
 
130 aa  43.9  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02952  hypothetical protein  30.39 
 
 
144 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  30.4 
 
 
320 aa  43.5  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  29.66 
 
 
133 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  31.67 
 
 
133 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  30.08 
 
 
133 aa  42.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  26.96 
 
 
138 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  29.13 
 
 
152 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  30.83 
 
 
133 aa  43.5  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3576  PTS system fructose subfamily IIA component  30.39 
 
 
144 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.440401  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3433  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  30.39 
 
 
144 aa  43.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  27.93 
 
 
151 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  27.27 
 
 
133 aa  42.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  27.27 
 
 
133 aa  42.7  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0630  putative PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  30.85 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0689  putative PTS system mannose-specific enzyme iiab  30.85 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.190711  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  29.06 
 
 
163 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  29.27 
 
 
133 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  25.83 
 
 
131 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  41.07 
 
 
140 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>