130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3965 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A3965  universal stress protein A  100 
 
 		 144 aa  295  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3861  universal stress protein A  100 
 
 		 144 aa  295  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0446526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3904  universal stress protein A  100 
 
 		 144 aa  295  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.79916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3784  universal stress protein A  100 
 
 		 144 aa  295  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0353489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3794  universal stress protein A  100 
 
 		 144 aa  295  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03344  universal stress global response regulator  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.134289  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0220  UspA domain protein  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03297  hypothetical protein  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.17194  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4841  universal stress protein A  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3695  universal stress protein A  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3977  universal stress protein A  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0221  UspA domain-containing protein  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3784  universal stress protein A  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3827  universal stress protein A  99.31 
 
 		 144 aa  295  2e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3909  UspA domain-containing protein  98.61 
 
 		 145 aa  293  7e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4691  UspA domain-containing protein  95.14 
 
 		 148 aa  286  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4484  UspA domain protein  93.75 
 
 		 145 aa  280  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4201  UspA domain protein  93.06 
 
 		 145 aa  278  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4035  universal stress protein A  93.01 
 
 		 148 aa  277  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4090  universal stress protein A  93.01 
 
 		 148 aa  277  3e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0120  UspA domain-containing protein  92.31 
 
 		 148 aa  276  8e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.792174  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3927  UspA domain protein  91.67 
 
 		 144 aa  273  8e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.864114  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4114  UspA domain protein  89.58 
 
 		 144 aa  272  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1121  universal stress protein A  67.14 
 
 		 141 aa  207  6e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00532  universal stress protein  60.99 
 
 		 141 aa  187  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001946  universal stress protein A  60.28 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2438  universal stress protein A  58.16 
 
 		 141 aa  183  6e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2946  universal stress protein A  58.16 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0955  universal stress protein  50.7 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001381  universal stress protein family 8  43.26 
 
 		 189 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000691396  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06392  hypothetical protein  43.26 
 
 		 143 aa  128  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2471  universal stress protein UspC  40 
 
 		 141 aa  115  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000143058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0959  universal stress protein  38.78 
 
 		 148 aa  111  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.151387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0125  universal stress protein  43.36 
 
 		 140 aa  110  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.749286 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1969  UspA domain-containing protein  40.69 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0857578  hitchhiker  0.00755954 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1317  universal stress protein UspC  40.71 
 
 		 142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0725531  hitchhiker  3.24254e-23 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2991  universal stress protein UspC  42.86 
 
 		 139 aa  107  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.764967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2088  universal stress protein UspC  40.71 
 
 		 142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0115018  hitchhiker  1.03858e-28 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2143  universal stress protein UspC  40.71 
 
 		 142 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0567863  hitchhiker  5.63035e-26 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2082  universal stress protein UspC  40.71 
 
 		 142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.025537  decreased coverage  0.000000291933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1194  universal stress protein UspC  40.71 
 
 		 142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000126998  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0954  universal stress protein  41.67 
 
 		 142 aa  107  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2632  universal stress protein UspC  40 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00097653  hitchhiker  0.0000000000000132668 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1234  universal stress protein  40.14 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.144061 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01864  universal stress protein  39.29 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.113188  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01853  hypothetical protein  39.29 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.171198  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1992  universal stress protein UspC  39.29 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000020089  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2127  universal stress protein UspC  39.29 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000153827  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1739  universal stress protein UspC  39.29 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.342522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1290  universal stress protein UspC  39.29 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000158426  hitchhiker  0.0000000604455 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1747  UspA domain protein  39.29 
 
 		 142 aa  102  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.17703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5378  universal stress protein UspD  35.92 
 
 		 142 aa  101  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4363  universal stress protein UspD  35.92 
 
 		 142 aa  101  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.54659 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03808  stress-induced protein  35.92 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4062  UspA domain protein  35.92 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03757  hypothetical protein  35.92 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4154  universal stress protein UspD  35.92 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4457  universal stress protein UspD  35.92 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4095  universal stress protein UspD  35.92 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4405  universal stress protein UspD  35.92 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000133  universal stress protein family 2  39.57 
 
 		 129 aa  100  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0671042  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1452  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  31.97 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  31.97 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  26.57 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1309  UspA domain protein  29.03 
 
 		 153 aa  52.4  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.678787 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14170  universal stress protein, UspA family  28 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2397  hypothetical protein  27.74 
 
 		 151 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  27.4 
 
 		 166 aa  48.9  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  24.82 
 
 		 143 aa  48.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1780  universal stress protein  25.55 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.134073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  26.32 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3555  universal stress protein family protein  25 
 
 		 165 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3608  UspA domain-containing protein  46.15 
 
 		 146 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358614  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1674  UspA domain-containing protein  46.15 
 
 		 146 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  27.33 
 
 		 146 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  28.19 
 
 		 155 aa  47  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0997  UspA domain protein  28.77 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41880  universal stress protein  25 
 
 		 165 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1081  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  26.17 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2132  universal stress protein  43.59 
 
 		 146 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0989997 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1766  UspA domain-containing protein  27.93 
 
 		 166 aa  44.7  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81708  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1801  UspA domain-containing protein  27.93 
 
 		 166 aa  44.7  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  26.09 
 
 		 144 aa  44.3  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2088  UspA domain-containing protein  26.75 
 
 		 153 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0358891 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3201  hypothetical protein  28.39 
 
 		 156 aa  43.9  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  27.89 
 
 		 309 aa  43.9  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1273  universal stress protein  33.33 
 
 		 166 aa  43.5  0.0008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4983  hypothetical protein  26.83 
 
 		 145 aa  43.5  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  23.94 
 
 		 162 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3293  hypothetical protein  27.03 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25040  hypothetical protein  24.83 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  27.39 
 
 		 306 aa  43.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2142  hypothetical protein  24.83 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5296  UspA domain-containing protein  25.5 
 
 		 158 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2117  universal stress protein family protein  25.35 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  27.35 
 
 		 283 aa  43.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  27.59 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0206  universal stress protein A  25.35 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>