63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3613 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B3445  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  100 
 
 		 154 aa  310  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3613  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  100 
 
 		 154 aa  310  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.397916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3553  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  100 
 
 		 154 aa  310  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3516  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  100 
 
 		 154 aa  310  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0319619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3447  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  99.35 
 
 		 154 aa  308  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.487344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0970  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  61.33 
 
 		 150 aa  199  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.381164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2382  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  60.67 
 
 		 150 aa  198  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3073  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  60.67 
 
 		 150 aa  198  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478831 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1553  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  60.67 
 
 		 150 aa  198  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2230  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  60.67 
 
 		 150 aa  198  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.846174  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1563  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  60.67 
 
 		 150 aa  198  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00172388  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02020  galactitol-specific enzyme IIA component of PTS  60 
 
 		 150 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01986  hypothetical protein  60 
 
 		 150 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1144  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  60 
 
 		 150 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.199908  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1144  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIA  50 
 
 		 148 aa  151  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3257  galactitol-specific phosphotransferase enzyme iia component  45.07 
 
 		 159 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000435521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1645  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  39.85 
 
 		 147 aa  104  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000320453 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3386  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  32.8 
 
 		 149 aa  82.8  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000117799  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3554  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  32.52 
 
 		 153 aa  81.6  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3717  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  35.94 
 
 		 154 aa  80.5  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3753  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.1 
 
 		 150 aa  77  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0121  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.79 
 
 		 157 aa  76.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0315962  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0234  phosphotransferase system galacitol-specific IIA domain-containing protein  34.91 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0214  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  25.56 
 
 		 153 aa  72.8  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3262  PTS system mannitol-specific eiicba component  30 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.71965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3159  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  26.28 
 
 		 154 aa  70.1  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1732  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.46 
 
 		 155 aa  67  0.00000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1640  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.03 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233864  hitchhiker  0.0036959 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0154  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.89 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.882818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4120  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  33.33 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.105011  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0655  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.93 
 
 		 645 aa  53.9  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0037  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  24.09 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2222  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  25.62 
 
 		 165 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.694399 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0823  transcriptional antiterminator, BglG  24.16 
 
 		 652 aa  50.8  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.325703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3767  PEP-dependent sugar transporting PTS family, IIA component  27.2 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1935  PTS system, IIA component, putative  25.37 
 
 		 157 aa  49.7  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.025117  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4823  PEP-dependent sugar transporting PTS family, IIA component  27.2 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0372  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  31.29 
 
 		 156 aa  47.4  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.207714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4010  putative phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, eiia 2  24 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4115  putative phosphoenolpyruvate-dependent sugar PTS system eiia 2  24 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4065  putative PTS system mannitol/fructose-specific transporter subunit IIA  24 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.405107  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0495  phosphotransferase system galacitol-specific IIA domain-containing protein  27.43 
 
 		 166 aa  47  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000311069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3994  putative phosphotransferase system mannitol/fructose-specific IIA domain  24 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.489093 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0225  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  30.37 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0855  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  34.65 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.767445  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0724  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  33.66 
 
 		 158 aa  45.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4149  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  33.33 
 
 		 154 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57960  nitrogen regulatory IIA protein  34.65 
 
 		 154 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03830  phosphotransferase system mannitol/fructose-specifc IIA component (Ntr-type)  28.57 
 
 		 200 aa  44.3  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5037  nitrogen regulatory IIA protein  33.66 
 
 		 154 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22320  PTS system IIA component/PTS system IIB component/PTS system IIC component  29.27 
 
 		 708 aa  42  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.215617  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4852  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  28.97 
 
 		 710 aa  42  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.250026  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1683  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  32.32 
 
 		 646 aa  42  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2260  PTS system, fructose-specific IIABC components  30.85 
 
 		 646 aa  41.6  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4455  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  31.62 
 
 		 154 aa  41.6  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.384019  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0505  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  21.98 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0750012  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001632  phosphotransferase system mannitol-specific  23.88 
 
 		 650 aa  41.6  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3180  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 		 150 aa  41.6  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0472  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.03 
 
 		 156 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3793  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  30.63 
 
 		 157 aa  41.6  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1933  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  29.36 
 
 		 172 aa  40.8  0.007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000195157  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0187  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  27.82 
 
 		 837 aa  40.8  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4265  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  28.57 
 
 		 154 aa  40.4  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>