18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3399 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A3399  6S / SsrS RNA  100 
 
 		 184 bp  365  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000417353  normal  0.539614 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3220  6S / SsrS RNA  100 
 
 		 184 bp  365  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000181471  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3294  6S / SsrS RNA  100 
 
 		 184 bp  365  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000161257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3232  6S / SsrS RNA  100 
 
 		 184 bp  365  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00281758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3297  6S / SsrS RNA  99.46 
 
 		 184 bp  357  6.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000721942  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0015  6S RNA  98.37 
 
 		 184 bp  341  4e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980362  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4204  6S / SsrS RNA  98.37 
 
 		 184 bp  341  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000104434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0017  6S ribosomal RNA  98.37 
 
 		 184 bp  341  4e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000754579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4771  6S / SsrS RNA  98.36 
 
 		 183 bp  339  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000609037  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0016  6S RNA  91.85 
 
 		 184 bp  246  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0015  6S RNA  91.35 
 
 		 185 bp  232  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3332  putative ligase  98.39 
 
 		 747 bp  230  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000964755  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3330    95.16 
 
 		 141 bp  198  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000766097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0081  6S RNA  88.59 
 
 		 183 bp  190  9e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.477987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4241  6S / SsrS RNA  86.74 
 
 		 182 bp  161  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000128814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4304  6S / SsrS RNA  86.74 
 
 		 182 bp  161  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000154886  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0074  6S RNA  85.87 
 
 		 184 bp  159  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3922  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  97.62 
 
 		 681 bp  75.8  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203046  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>