More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2055 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A2055  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
252 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0500413 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01739  predicted DNA-binding transcriptional regulator  88.49 
 
 
252 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1862  DeoR family transcriptional regulator  88.1 
 
 
252 aa  461  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.553225  hitchhiker  0.0000200167 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2494  transcriptional regulator, DeoR family  88.49 
 
 
252 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1421  DeoR family transcriptional regulator  88.1 
 
 
252 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1854  DeoR family transcriptional regulator  88.49 
 
 
252 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0330559  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01727  hypothetical protein  88.49 
 
 
252 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1872  transcriptional regulator, DeoR family  87.7 
 
 
252 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0191084  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1994  DeoR family transcriptional regulator  87.7 
 
 
252 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3215  transcriptional regulator, DeoR family  67.06 
 
 
252 aa  360  9e-99  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  40.32 
 
 
257 aa  175  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  39.22 
 
 
254 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  36.48 
 
 
258 aa  139  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0079  putative transcriptional regulator IolR  30.08 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  34.48 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2030  DeoR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1446  L-fucose operon activator  31.67 
 
 
250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000392431  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  30.56 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 
253 aa  132  5e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
254 aa  132  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  33.76 
 
 
250 aa  131  9e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
274 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3405  DNA-binding transcriptional activator FucR  33.62 
 
 
238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3057  regulatory protein, DeoR  28.46 
 
 
278 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111728  normal  0.668147 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4020  transcriptional regulator, DeoR family  30.77 
 
 
255 aa  126  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000472549  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  30.83 
 
 
260 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  29.36 
 
 
254 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3191  transcriptional regulator, DeoR family  28.06 
 
 
252 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.932095  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0042  transcriptional regulator, DeoR family  28.85 
 
 
252 aa  122  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  31.23 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
264 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2986  DeoR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
260 aa  119  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247134  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2802  DeoR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
262 aa  119  6e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.364979  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
258 aa  118  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3773  DeoR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
268 aa  119  7e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.933723  normal  0.169904 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
260 aa  118  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  32.28 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02656  DNA-binding transcriptional activator  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02617  hypothetical protein  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0883  transcriptional regulator, DeoR family  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0907  DNA-binding transcriptional activator FucR  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3111  DNA-binding transcriptional activator FucR  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2949  DNA-binding transcriptional activator FucR  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000516509  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4069  DNA-binding transcriptional activator FucR  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00240232  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2946  DNA-binding transcriptional activator FucR  32.19 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000344425  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3304  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.06 
 
 
236 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3264  DeoR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3397  DeoR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2377  DeoR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.167661 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3141  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.06 
 
 
236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03230  transcriptional regulator, DeoR family  29.75 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.65196e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3204  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.06 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.25899  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3189  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.06 
 
 
236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3124  DNA-binding transcriptional activator FucR  34.06 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0169368  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3893  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.48 
 
 
252 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.256044  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1644  DeoR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
251 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000364234 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  31.91 
 
 
260 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3724  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.48 
 
 
252 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3831  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.48 
 
 
252 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4122  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.88 
 
 
252 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3929  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.88 
 
 
252 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3790  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.48 
 
 
252 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3861  regulatory protein DeoR  29.96 
 
 
249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  30.21 
 
 
258 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  31.12 
 
 
267 aa  112  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0231  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.88 
 
 
252 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0386  glycerol-3-phosphate repressor protein  30 
 
 
255 aa  111  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
267 aa  111  9e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  28.4 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3715  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.08 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0457  glycerol-3-phosphate regulon repressor  30.2 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2109  DeoR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3258  DeoR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000943791  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0313  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.08 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.04 
 
 
257 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.9 
 
 
258 aa  109  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4674  DeoR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
255 aa  110  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3687  regulatory protein, DeoR  30.31 
 
 
259 aa  110  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.300297  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  30.08 
 
 
254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  27.67 
 
 
254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3702  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  28.69 
 
 
252 aa  109  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0515  glycerol-3-phosphate regulon repressor (glp operon repressor)  27.82 
 
 
252 aa  109  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128818  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3804  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  28.69 
 
 
252 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4730  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  28.69 
 
 
252 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2626  DeoR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
273 aa  109  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3898  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  28.69 
 
 
252 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3832  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.48 
 
 
252 aa  109  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.365514  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03314  transcriptional regulator  28.57 
 
 
263 aa  108  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5984  transcriptional regulator, DeoR family  28.57 
 
 
257 aa  108  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4915  DeoR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
260 aa  108  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>