70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1982 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C1492  inner membrane transport protein YdiM  93.3 
 
 		 403 aa  742    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.915768  normal  0.0211513 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1473  inner membrane transport protein YdiM  92.54 
 
 		 402 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179045 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1457  inner membrane transport protein YdiM  92.31 
 
 		 413 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0786899  normal  0.351467 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1811  inner membrane transport protein YdiM  93.3 
 
 		 403 aa  744    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1982  inner membrane transport protein YdiM  100 
 
 		 380 aa  761    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000218358 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1506  major facilitator family transporter  73.38 
 
 		 404 aa  578  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340818  hitchhiker  0.000395679 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1952  major facilitator superfamily MFS_1  73.13 
 
 		 404 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.17424  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1941  major facilitator transporter  73.13 
 
 		 404 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.923029  hitchhiker  0.000874845 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1906  major facilitator family transporter  72.89 
 
 		 404 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1771  major facilitator family transporter  72.89 
 
 		 393 aa  556  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2406  major facilitator family transporter  72.25 
 
 		 384 aa  536  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.114813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1382  major facilitator superfamily MFS_1  61.56 
 
 		 413 aa  477  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2189  putative transport system permease protein  41.55 
 
 		 408 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2184  permease  39.34 
 
 		 422 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.23848e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1812  transporter, major facilitator family  35.42 
 
 		 411 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1456  transporter major facilitator family  35.42 
 
 		 411 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0765913  normal  0.139077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1472  major facilitator family protein  35.66 
 
 		 411 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286209 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1491  major facilitator family transporter  35.42 
 
 		 411 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0164303 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1384  major facilitator superfamily MFS_1  34.55 
 
 		 422 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1983  major facilitator family transporter  35.42 
 
 		 411 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000795412 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01649  hypothetical protein  34.18 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1940  major facilitator transporter  34.18 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090025 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1772  major facilitator transporter  34.18 
 
 		 423 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2407  transporter, major facilitator family  34.18 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.197436 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01660  predicted transporter  34.18 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1907  major facilitator transporter  34.18 
 
 		 423 aa  232  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1951  major facilitator superfamily MFS_1  34.18 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.214686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1505  major facilitator transporter  33.93 
 
 		 421 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.890529  hitchhiker  0.000754157 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0148  major facilitator superfamily permease  33.07 
 
 		 395 aa  197  4.0000000000000005e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0066  major facilitator superfamily permease  29.27 
 
 		 401 aa  168  2e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.110022  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09330  arabinose efflux permease family protein  25.06 
 
 		 440 aa  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000513104  normal  0.568099 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08740  Major Facilitator Superfamily transporter  33.97 
 
 		 452 aa  82.8  0.00000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.240638 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1894  transporter, major facilitator family  37.89 
 
 		 139 aa  70.5  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2753  hypothetical protein  31.25 
 
 		 399 aa  48.1  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2900  hypothetical protein  31.25 
 
 		 399 aa  48.5  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1334  major facilitator transporter  36.92 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.152063 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0089  major facilitator superfamily MFS_1  27.52 
 
 		 408 aa  45.4  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0315  proline/glycine betaine transporter  43.86 
 
 		 500 aa  45.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0135583 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.1 
 
 		 411 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.638949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2519  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  36.73 
 
 		 452 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0704393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2777  proline/glycine betaine transporter  32.35 
 
 		 500 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.426081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2914  proline/glycine betaine transporter  32.35 
 
 		 500 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.839203 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0914  multidrug translocase MdfA  36.92 
 
 		 410 aa  43.9  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03943  hypothetical protein  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5624  proline/glycine betaine transporter  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3916  proline/glycine betaine transporter  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382911  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03982  proline/glycine betaine transporter  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4576  proline/glycine betaine transporter  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3881  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08413  Exporter (Eurofung)  26.1 
 
 		 487 aa  43.9  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1407  putative sialic acid transporter  26.38 
 
 		 510 aa  43.9  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4351  proline/glycine betaine transporter  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4665  proline/glycine betaine transporter  37.5 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00809  multidrug efflux system protein  35.38 
 
 		 410 aa  43.5  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2800  major facilitator superfamily MFS_1  35.38 
 
 		 410 aa  43.5  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.245605  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00826  hypothetical protein  35.38 
 
 		 410 aa  43.5  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4370  major facilitator transporter  28.85 
 
 		 413 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342792 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1298  putative sialic acid transporter  26.38 
 
 		 510 aa  43.5  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0995  multidrug translocase MdfA  35.38 
 
 		 410 aa  43.5  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.0714029 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2770  putative sialic acid transporter  26.38 
 
 		 510 aa  43.5  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00045382 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0904  multidrug translocase MdfA  35.38 
 
 		 410 aa  43.5  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2800  major facilitator transporter  35.38 
 
 		 410 aa  43.5  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1354  major facilitator transporter  28.85 
 
 		 414 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00928923  normal  0.137177 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0869  multidrug translocase MdfA  35.38 
 
 		 410 aa  43.5  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.468939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4552  proline/glycine betaine transporter  41.07 
 
 		 500 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4545  proline/glycine betaine transporter  41.07 
 
 		 500 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4636  proline/glycine betaine transporter  41.07 
 
 		 500 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4636  proline/glycine betaine transporter  41.07 
 
 		 500 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09090  arabinose efflux permease family protein  26.49 
 
 		 434 aa  43.1  0.009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0241408  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0954  major facilitator superfamily MFS_1  28.71 
 
 		 435 aa  43.1  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>