More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1619 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B1438  GTP cyclohydrolase II  100 
 
 
224 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000192324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1898  GTP cyclohydrolase II  100 
 
 
225 aa  403  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19727  hitchhiker  5.04107e-18 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1835  GTP cyclohydrolase II  100 
 
 
224 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.330812  hitchhiker  6.51891e-26 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1619  GTP cyclohydrolase II  100 
 
 
196 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0401046  hitchhiker  5.16935e-18 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1840  GTP cyclohydrolase II  99.49 
 
 
225 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0570684  hitchhiker  0.000249821 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01254  GTP cyclohydrolase II protein  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00398896  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2370  GTP cyclohydrolase II  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000012144  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2349  GTP cyclohydrolase II  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000287804  unclonable  0.00000001679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01265  hypothetical protein  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1911  GTP cyclohydrolase II  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  unclonable  2.54095e-24 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1479  GTP cyclohydrolase II  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197135  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1852  GTP cyclohydrolase II  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000364314  unclonable  3.76243e-21 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1388  GTP cyclohydrolase II  95.41 
 
 
196 aa  386  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000869982  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1505  GTP cyclohydrolase II  94.9 
 
 
196 aa  383  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000597872  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2191  GTP cyclohydrolase II  93.37 
 
 
196 aa  380  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.197973  hitchhiker  0.0000459928 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2653  GTP cyclohydrolase II  92.35 
 
 
197 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000762781  unclonable  0.000000032518 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1919  GTP cyclohydrolase II  89.29 
 
 
196 aa  364  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000740242  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2231  GTP cyclohydrolase II  89.29 
 
 
200 aa  365  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000127606  hitchhiker  0.00523239 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2029  GTP cyclohydrolase II  89.29 
 
 
200 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.221958  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2371  GTP cyclohydrolase II  90.21 
 
 
197 aa  363  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0830078  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2653  GTP cyclohydrolase II  90.21 
 
 
197 aa  363  1e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.176799  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1732  GTP cyclohydrolase II  90.72 
 
 
197 aa  362  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1699  GTP cyclohydrolase II  89.69 
 
 
197 aa  360  6e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00137979  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0300  GTP cyclohydrolase II  84.54 
 
 
199 aa  348  3e-95  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1043  GTP cyclohydrolase II  68.39 
 
 
216 aa  274  7e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2439  GTP cyclohydrolase II  65.1 
 
 
228 aa  266  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1277  GTP cyclohydrolase II  62.24 
 
 
205 aa  262  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126287 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0115  GTP cyclohydrolase II  61.54 
 
 
207 aa  261  4.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.993773  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0696  GTP cyclohydrolase II  64.02 
 
 
221 aa  256  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2831  GTP cyclohydrolase II  60.71 
 
 
203 aa  255  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4456  GTP cyclohydrolase II  64.55 
 
 
221 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2446  GTP cyclohydrolase II  59.18 
 
 
205 aa  255  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.654451  unclonable  0.0000021691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2690  GTP cyclohydrolase II  60.71 
 
 
204 aa  255  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1690  GTP cyclohydrolase II  60.71 
 
 
204 aa  255  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0604412  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1653  GTP cyclohydrolase II  60.71 
 
 
204 aa  255  3e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.475314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06800  GTP cyclohydrolase II  62.76 
 
 
208 aa  254  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.447222  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2438  GTP cyclohydrolase II  60.71 
 
 
203 aa  254  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.353841  hitchhiker  0.000666769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2508  GTP cyclohydrolase II  60.2 
 
 
203 aa  254  8e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615598 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2600  GTP cyclohydrolase II  60.2 
 
 
203 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000766111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1668  GTP cyclohydrolase II  60.2 
 
 
204 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2616  GTP cyclohydrolase II  59.18 
 
 
209 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1543  GTP cyclohydrolase II  60.71 
 
 
203 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.802853  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1054  GTP cyclohydrolase II  61.73 
 
 
205 aa  251  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11510  GTP cyclohydrolase II  62.24 
 
 
205 aa  251  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1603  GTP cyclohydrolase II  58.16 
 
 
205 aa  251  7e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.851848 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0522  GTP cyclohydrolase II  62.89 
 
 
205 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156317  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0568  GTP cyclohydrolase II  62.89 
 
 
205 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.405317  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0557  GTP cyclohydrolase II  62.89 
 
 
205 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3046  GTP cyclohydrolase II  58.16 
 
 
205 aa  249  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.19934  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0575  GTP cyclohydrolase II  62.89 
 
 
205 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2438  GTP cyclohydrolase II  58.67 
 
 
202 aa  248  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000479214  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3848  GTP cyclohydrolase II  62.43 
 
 
219 aa  247  9e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.372386  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3450  GTP cyclohydrolase II  58.67 
 
 
200 aa  246  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00082081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5011  GTP cyclohydrolase II  62.43 
 
 
220 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.693732 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000986  uncharacterized domain/GTP cyclohydrolase II  60.42 
 
 
353 aa  245  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1447  GTP cyclohydrolase II  56.12 
 
 
205 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000211682  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0302  GTP cyclohydrolase II  62.3 
 
 
403 aa  236  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.837062 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2136  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  61.86 
 
 
404 aa  233  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0938  GTP cyclohydrolase II  60.62 
 
 
396 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4061  GTP cyclohydrolase II  56.41 
 
 
202 aa  231  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3093  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  59.28 
 
 
409 aa  229  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0810119 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1858  GTP cyclohydrolase II  59.79 
 
 
409 aa  229  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0726  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  56.25 
 
 
419 aa  228  3e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1253  GTP cyclohydrolase II  57.81 
 
 
399 aa  228  6e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0022  GTP cyclohydrolase II  57.81 
 
 
396 aa  226  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2004  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  57.51 
 
 
420 aa  224  5.0000000000000005e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.012993  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2237  bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II protein  57.29 
 
 
397 aa  223  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2436  GTP cyclohydrolase II / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  56.7 
 
 
407 aa  223  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0930969  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1591  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  55.44 
 
 
409 aa  221  4.9999999999999996e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0749105 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1788  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  54.17 
 
 
413 aa  221  6e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1188  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II  56.48 
 
 
403 aa  220  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0674576  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0999  GTP cyclohydrolase II  56.99 
 
 
403 aa  220  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.858453  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08550  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  53.37 
 
 
404 aa  219  1.9999999999999999e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2782  GTP cyclohydrolase II  56.99 
 
 
400 aa  217  7e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0387  bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II protein  55.21 
 
 
397 aa  217  8.999999999999998e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0106  GTP cyclohydrolase II  57.22 
 
 
413 aa  217  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_971  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II  56.25 
 
 
432 aa  216  1e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000135166  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0600  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / GTP cyclohydrolase II  54.17 
 
 
429 aa  217  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3961  GTP cyclohydrolase II  56.08 
 
 
204 aa  216  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.627344  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3464  hypothetical protein  58.76 
 
 
403 aa  215  4e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1220  GTP cyclohydrolase II  56.02 
 
 
398 aa  215  4e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.52662  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3022  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  55.73 
 
 
400 aa  214  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.225515  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1228  GTP cyclohydrolase II  55.21 
 
 
400 aa  214  7e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00154476 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1980  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  56.48 
 
 
411 aa  214  9e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0917  GTP cyclohydrolase II  57.14 
 
 
403 aa  213  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00160336  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0532  riboflavin biosynthesis protein RibA  55.79 
 
 
399 aa  213  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.720092  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0881  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  56.48 
 
 
399 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2181  GTP cyclohydrolase II  55.21 
 
 
400 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00037969  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1966  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  54.21 
 
 
427 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00337459  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0548  riboflavin biosynthesis protein RibA  55.79 
 
 
399 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.913835  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1289  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  56.48 
 
 
400 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10010  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  54.92 
 
 
404 aa  212  2.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0050  GTP cyclohydrolase II  60.24 
 
 
362 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.331797 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2810  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  55.21 
 
 
402 aa  211  5.999999999999999e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0568847  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1761  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  54.4 
 
 
413 aa  211  7e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0629  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  53.09 
 
 
470 aa  209  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2810  bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II protein  55.56 
 
 
397 aa  209  2e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1751  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  54.36 
 
 
401 aa  209  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.020709  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00192  GTP cyclohydrolase II  55.61 
 
 
204 aa  209  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1074  GTP cyclohydrolase II  52.6 
 
 
398 aa  209  3e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.554349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>