116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1550 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A1904  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  544  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  normal  0.448983 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1968  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  544  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.213248  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1910  putative transcriptional regulator  99.63 
 
 
269 aa  543  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1366  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  544  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0144221  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1550  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  544  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2334  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  481  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01189  predicted transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.506875  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2433  sirB1 protein  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00804318  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01199  hypothetical protein  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1319  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000562395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1362  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00721974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2412  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.402469  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1928  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0634354  normal  0.0610741 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1378  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0629002  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1695  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0244126  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2075  putative transcriptional regulator  67.66 
 
 
269 aa  374  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2111  putative transcriptional regulator  66.54 
 
 
269 aa  371  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1858  putative transcriptional regulator  65.8 
 
 
269 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155221  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2404  putative transcriptional regulator  66.91 
 
 
269 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1993  putative transcriptional regulator  63.2 
 
 
269 aa  353  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.236117  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2063  putative transcriptional regulator  63.94 
 
 
269 aa  344  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000599802  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2457  putative transcriptional regulator  63.94 
 
 
269 aa  344  1e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.507867  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2176  putative transcriptional regulator  63.94 
 
 
269 aa  344  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.064164  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004200  protein SirB1  40.15 
 
 
269 aa  226  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01253  hypothetical protein  40.89 
 
 
269 aa  225  7e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1753  hypothetical protein  38.89 
 
 
270 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302338  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0793  protein SirB1  36.43 
 
 
269 aa  186  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.293934  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0947  hypothetical protein  40.28 
 
 
264 aa  154  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1610  hypothetical protein  32.17 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119985  normal  0.579551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0701  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3610  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0588613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3733  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3542  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000309634 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0807  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0923  hypothetical protein  28.9 
 
 
260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00500148  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0773  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2563  hypothetical protein  29.36 
 
 
262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.610667  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3165  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0801  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.871928  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3829  hypothetical protein  30.73 
 
 
262 aa  105  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3123  hypothetical protein  30.28 
 
 
262 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.292454  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0726  hypothetical protein  29.82 
 
 
262 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.935088  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2559  hypothetical protein  28.79 
 
 
304 aa  102  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.026679  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1758  hypothetical protein  27.38 
 
 
280 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.542914  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3549  hypothetical protein  30.54 
 
 
273 aa  99  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2558  hypothetical protein  29.57 
 
 
281 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3676  hypothetical protein  29.82 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113679  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2906  hypothetical protein  31.48 
 
 
282 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.938112 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2428  hypothetical protein  29.96 
 
 
281 aa  95.9  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2834  hypothetical protein  29.96 
 
 
281 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0875238  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2767  hypothetical protein  29.51 
 
 
282 aa  92.8  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0761  hypothetical protein  26.05 
 
 
280 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3201  hypothetical protein  26.17 
 
 
280 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0130133  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3452  hypothetical protein  29.36 
 
 
262 aa  89.7  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1937  hypothetical protein  28.92 
 
 
280 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658551  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2598  hypothetical protein  28.3 
 
 
280 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2549  hypothetical protein  28.92 
 
 
280 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.934561  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2573  hypothetical protein  28.92 
 
 
280 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.590374 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5881  hypothetical protein  29.8 
 
 
280 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.624652  normal  0.456824 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2906  hypothetical protein  29.36 
 
 
262 aa  88.2  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.849831 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0533  hypothetical protein  27.06 
 
 
283 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0747  hypothetical protein  27.94 
 
 
280 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.583133  normal  0.492979 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2468  hypothetical protein  27.36 
 
 
284 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867567 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1078  hypothetical protein  27.83 
 
 
280 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0922  hypothetical protein  27.83 
 
 
280 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.425881  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0925  hypothetical protein  27.83 
 
 
280 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.872313  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0737  hypothetical protein  27.36 
 
 
280 aa  85.5  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0834  hypothetical protein  26.05 
 
 
281 aa  85.5  8e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0745  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 
281 aa  85.5  8e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0679  transcriptional regulator  27.94 
 
 
280 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2514  hypothetical protein  27.94 
 
 
280 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0128  hypothetical protein  27.94 
 
 
280 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3285  hypothetical protein  26.47 
 
 
281 aa  81.6  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.646924  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2894  hypothetical protein  25.67 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4192  hypothetical protein  27.31 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00269295 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1339  hypothetical protein  23.45 
 
 
284 aa  75.5  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2183  hypothetical protein  27.87 
 
 
281 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02386  tetratricopeptide repeat domain protein  24.11 
 
 
293 aa  72  0.000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2624  hypothetical protein  27.66 
 
 
271 aa  71.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000153014  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3249  hypothetical protein  31.22 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1775  hypothetical protein  22.8 
 
 
283 aa  68.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0042  hypothetical protein  27.35 
 
 
294 aa  67  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00533467  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3024  hypothetical protein  27.88 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0503  hypothetical protein  23.53 
 
 
274 aa  66.2  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.794885  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1368  hypothetical protein  24.79 
 
 
272 aa  66.2  0.0000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.880811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1707  hypothetical protein  27.49 
 
 
270 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1473  hypothetical protein  25.41 
 
 
218 aa  63.2  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.797183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1456  transglutaminase domain protein  23.43 
 
 
283 aa  62.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4618  hypothetical protein  27.65 
 
 
268 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19860  hypothetical protein  27.8 
 
 
270 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0730355  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3003  hypothetical protein  23.37 
 
 
283 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4602  hypothetical protein  26.15 
 
 
268 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795214  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0820  hypothetical protein  27.06 
 
 
268 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2475  hypothetical protein  26.47 
 
 
265 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2425  hypothetical protein  27.16 
 
 
282 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4478  hypothetical protein  27.06 
 
 
268 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.242324  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3633  hypothetical protein  26.05 
 
 
265 aa  59.7  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2998  hypothetical protein  26.72 
 
 
282 aa  58.9  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.398739  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1169  hypothetical protein  23.66 
 
 
283 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.617808  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0284  hypothetical protein  25.85 
 
 
289 aa  57.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.964229  normal  0.168748 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>