More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1000 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00874  conserved protein with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  84.03 
 
 		 476 aa  825    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.32789  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2773  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.24 
 
 		 476 aa  827    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.489378  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00880  hypothetical protein  84.03 
 
 		 476 aa  825    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.317629  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0898  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  85.29 
 
 		 476 aa  834    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.668207 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0973  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  84.24 
 
 		 476 aa  827    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0933  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  99.37 
 
 		 477 aa  969    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0942  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  84.24 
 
 		 476 aa  827    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.286438  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1000  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 		 477 aa  972    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  81.34 
 
 		 478 aa  809    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.03 
 
 		 476 aa  826    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1031  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  99.58 
 
 		 477 aa  967    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1050  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  98.11 
 
 		 477 aa  953    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1030  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  84.45 
 
 		 476 aa  829    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2462  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  84.24 
 
 		 476 aa  827    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.661697  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0968  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  99.16 
 
 		 477 aa  967    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1661  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.41 
 
 		 479 aa  632  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.255928  normal  0.778441 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.03 
 
 		 496 aa  612  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2621  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.03 
 
 		 496 aa  612  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1587  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.03 
 
 		 496 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.77 
 
 		 478 aa  592  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.738889  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.13 
 
 		 478 aa  586  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746995  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.13 
 
 		 489 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 		 491 aa  457  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003773  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  48.12 
 
 		 492 aa  448  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02651  hypothetical protein  46.76 
 
 		 481 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.2 
 
 		 478 aa  437  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.577692  normal  0.772598 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1238  hypothetical protein  45.88 
 
 		 478 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0298417  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.62 
 
 		 504 aa  344  2.9999999999999997e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2058  NmrA family protein  35.28 
 
 		 506 aa  280  5e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.584993  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1606  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.85 
 
 		 482 aa  279  8e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0236  hypothetical protein  36.46 
 
 		 538 aa  276  5e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1322  NmrA family protein  35.55 
 
 		 513 aa  275  9e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.180223  normal  0.0774954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1726  hypothetical protein  32.57 
 
 		 482 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.55 
 
 		 474 aa  259  6e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.837731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.61 
 
 		 512 aa  249  5e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05895  hypothetical protein  30.77 
 
 		 473 aa  249  1e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0008  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.93 
 
 		 510 aa  248  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.53 
 
 		 530 aa  247  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2079  NmrA family protein  33.93 
 
 		 605 aa  239  8e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3487  NmrA family protein  33.75 
 
 		 498 aa  239  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.19435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6237  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 		 505 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00211622  normal  0.83215 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21160  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  33.4 
 
 		 561 aa  237  4e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1356  NmrA family protein  33.33 
 
 		 563 aa  234  3e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.055285  hitchhiker  0.0000216517 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.4 
 
 		 528 aa  233  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.908268 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3376  NmrA family protein  31.48 
 
 		 513 aa  233  5e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.388935  normal  0.205054 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3565  NmrA family protein  35.34 
 
 		 498 aa  231  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.803676 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3741  hypothetical protein  29.81 
 
 		 470 aa  230  4e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7062  NmrA family protein  32.98 
 
 		 512 aa  221  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3532  NmrA family protein  31.6 
 
 		 513 aa  219  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.959368 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1152  NmrA-like  31.64 
 
 		 510 aa  219  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17190  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  31.71 
 
 		 491 aa  217  4e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04460  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  32.72 
 
 		 503 aa  216  5e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.873482  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1297  NmrA family protein  30.39 
 
 		 511 aa  215  9.999999999999999e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000203122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5626  hypothetical protein  34.16 
 
 		 515 aa  211  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.349109 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.64 
 
 		 305 aa  211  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1242  NmrA family protein  29.42 
 
 		 498 aa  207  3e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  37.5 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.63 
 
 		 296 aa  201  3e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.79 
 
 		 301 aa  194  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 		 573 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3337  hypothetical protein  32.23 
 
 		 491 aa  189  8e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.246336  normal  0.84548 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.33 
 
 		 325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.862088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.08 
 
 		 326 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000218299  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000606737 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 		 355 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0987842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4923  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 		 325 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0144299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4540  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.451447  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01040  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  29 
 
 		 465 aa  172  1e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.35 
 
 		 313 aa  172  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.210288  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 		 318 aa  170  6e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3124  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.7 
 
 		 335 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198985  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4565  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 		 298 aa  169  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 		 459 aa  167  4e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0520232 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0008  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 		 311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.97826 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.7 
 
 		 335 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 		 335 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.837895  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.229904  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 		 325 aa  159  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2209  hypothetical protein  29.72 
 
 		 514 aa  157  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0075  hypothetical protein  34.46 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1874  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  48.41 
 
 		 165 aa  150  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.943983  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1931  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 		 300 aa  139  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00493208  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.165536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4073  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 		 382 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.158916  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 		 382 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.521039  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 		 326 aa  124  4e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.09 
 
 		 299 aa  121  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.476783  normal  0.268513 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2122  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 		 378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273569  normal  0.188278 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.119022  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 		 506 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 		 294 aa  93.6  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5277  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 		 312 aa  86.7  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  22.89 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.89 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>